Ini ialah arahan andi yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
andi - menganggarkan jarak evolusi
SINOPSIS
andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODEL] [-t INT] FILES...
DESCRIPTION
andi menganggarkan jarak evolusi antara genom yang berkait rapat. Untuk ini andi
membaca urutan input daripada CEPAT fail dan mengira jarak penambat berpasangan. The
idea di sebalik ini dijelaskan dalam makalah oleh Haubold et al. (lihat di bawah).
OUTPUT
Keluaran ialah matriks jarak simetri dalam PHYLIP format, dengan setiap entri mewakili
perbezaan dengan nombor nyata positif. Jarak sifar bermakna dua jujukan adalah
sama, manakala nilai lain adalah anggaran untuk kadar penggantian nukleotida (Jukes-
Cantor diperbetulkan). Atas sebab teknikal perbandingan mungkin gagal dan tiada anggaran boleh berlaku
dikira. Dalam kes sebegini nan dicetak. Ini sama ada bermakna urutan input adalah
terlalu pendek (200) untuk kaedah kami berfungsi dengan betul.
PILIHAN
-b, --bootstrap
Kirakan matriks jarak berbilang, dengan n-1 bootstrapped dari yang pertama. Lihat
kertas Klötzl & Haubold (2016, dalam ulasan) untuk penjelasan terperinci.
-j, --sertai
Gunakan mod ini jika setiap daripada anda CEPAT fail mewakili satu perhimpunan dengan banyak
contigs. andi kemudian akan menganggap semua jujukan yang terkandung setiap fail sebagai satu
genom. Dalam mod ini sekurang-kurangnya satu nama fail mesti disediakan melalui baris arahan
hujah. Untuk output nama fail digunakan untuk mengenal pasti setiap urutan.
-l, --ingatan yang lemah
Dalam mod berbilang benang, andi memerlukan memori linear kepada jumlah benang. The
mod memori rendah menukar ini kepada permintaan berterusan yang bebas daripada nombor yang digunakan
daripada benang. Malangnya, ini datang pada kos masa jalan yang ketara.
-m, --model
Model evolusi nukleotida yang berbeza disokong. Secara lalai, Jukes-Cantor
pembetulan digunakan.
-p
Kepentingan pasangan sauh; lalai: 0.05.
-t
Bilangan benang yang akan digunakan; secara lalai, semua pemproses yang tersedia digunakan.
Multithreading hanya tersedia jika andi telah disusun dengan sokongan OpenMP.
-v, --verbose
Mencetak maklumat tambahan. Sapukan beberapa kali untuk keterlaluan tambahan.
-h, - membantu
Mencetak sinopsis dan penjelasan tentang pilihan yang tersedia.
--versi
Mengeluarkan maklumat versi dan pengakuan.
HAKCIPTA
Hak Cipta © 2014, 2015 Fabian Klötzl Lesen GPLv3+: GNU GPL versi 3 atau lebih baru.
Ini adalah perisian percuma: anda bebas untuk menukar dan mengedarkannya semula. TIADA WARANTI,
setakat yang dibenarkan oleh undang-undang. Teks lesen penuh boleh didapati di
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
PENGHARGAAN
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. and Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Cepat dan tepat
anggaran jarak evolusi antara genom yang berkait rapat
2) Algoritma: Ohlebusch, E. (2013). Algoritma Bioinformatik. Analisis Jujukan, Genom
Penyusunan Semula, dan Pembinaan Semula Filogenetik. ms 118f.
3) Pembinaan SA: Mori, Y. (2005). Penerangan ringkas tentang akhiran dua peringkat yang dipertingkatkan
algoritma pengisihan. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
Gunakan andi dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
