Ini ialah arahan autogrid4 yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
autogrid - menyediakan protein dan ligan untuk analisis AutoDock
SINOPSIS
autogrid4 [pilihan] -p gridparameterfile
DESCRIPTION
AutoGrid menyediakan perwakilan grid 3D bagi tenaga interaksi bukan kovalen yang
pelbagai jenis atom ligan yang ditentukan pengguna akan mengalami sekitar sasaran yang ditentukan pengguna
makromolekul. Di samping itu, potensi elektrostatik dan grid tenaga bebas desolvasi
peta juga boleh dikira. Peta grid disimpan dalam fail teks biasa dengan
sambungan '.map' dan diperlukan oleh AutoDock 4 untuk melakukan dok. AutoGrid juga
mengeluarkan fail '.xyz' yang menerangkan keluasan spatial kotak grid dan AVS
medan '.fld' fail yang menerangkan set konsisten peta grid pertalian atom yang
dikira bersama untuk makromolekul sasaran tertentu. Nota: adalah perlu untuk
hitung peta grid untuk semua jenis atom dalam ligan atau set ligan yang akan
berlabuh, serta peta grid potensi elektrostatik dan peta tenaga bebas desolvasi.
Contohnya, jika ligan mempunyai karbon alifatik dan oksigen penerima ikatan hidrogen
atom, adalah perlu untuk mengira kedua-dua peta 'C' dan peta 'OA'. Lihat
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
parameter untuk mendapatkan maklumat lanjut tentang jenis atom AutoDock 4.
Input kepada AutoGrid disediakan dengan terbaik dengan suite program AutoDockTools. Tidak ada
cara untuk menjalankan autodock4 tanpa grid.
PILIHAN
-o Gunakan format PDBq lama (q dalam lajur 55-61)
-u Maklumat penggunaan, juga -h pada Debian.
-d Peningkatan verbositi mesej untuk membantu nyahpepijat.
-l fail log
-p nama fail Menentukan Fail Parameter Grid
CONTOH
Pelbagai ujian disediakan dengan sumber AutoGrid yang boleh digunakan seperti berikut:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Tests
$ cd / tmp
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg
Perintah ini menyediakan fail peta grid untuk setiap jenis atom AutoDock yang dinyatakan dalam
fail parameter grid (dalam kes ini: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
fail medan (hsg1_sm.maps.fld) dan hsg1_sm.maps.xyz. Untuk melakukan pengiraan cocking,
AutoDock harus dilaksanakan, walaupun ia memerlukan fail parameter dok berasingan (dengan
sambungan .dpf). 'DPF' merujuk kepada fail peta grid yang diperlukan untuk dok
dan membenarkan penetapan parameter penting lain, seperti kaedah carian dan cara
banyak dok nak buat.
Gunakan autogrid4 dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
