babel - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

Babel, obabel — penukar untuk fail data pemodelan kimia dan molekul

SINOPSIS

Babel [-H pilihan bantuan]
Babel [PILIHAN] [-i jenis input] dalam fail [-o jenis keluaran] fail luar

obabel [-H pilihan bantuan]
obabel [PILIHAN] [-i jenis input | -"SMILES-string"] dalam fail [-o jenis keluaran] -O fail luar

DESCRIPTION

Babel ialah program merentas platform yang direka untuk menukar antara banyak format fail yang digunakan dalam
pemodelan molekul dan kimia pengiraan dan bidang berkaitan.

obabel and Babel adalah sedikit berbeza. Yang pertama adalah lebih dekat dengan konvensyen Unix biasa
untuk program baris perintah dan lebih fleksibel apabila pengguna perlu menentukan nilai parameter
pada pilihan. Dengan Babel ini hanya berfungsi apabila pilihan adalah yang terakhir pada baris; dengan obabel
tiada sekatan sedemikian dikenakan. Ia selanjutnya mempunyai pintasan untuk memasukkan rentetan SMILES, yang
boleh digunakan sebagai ganti fail input.

Open Babel juga merupakan kit alat pengaturcara yang lengkap untuk membangunkan perisian kimia. Untuk
maklumat lanjut, lihat halaman web Open Babelhttp://openbabel.org/>.

PILIHAN

Jika hanya fail input dan output diberikan, Open Babel akan meneka jenis fail dari fail
sambungan nama fail.

-"SMILES-string"
Masukkan rentetan SMILES dan gunakannya sebagai ganti fail input. Rentetan SMILES sepatutnya
disertakan dalam tanda petikan. Lebih daripada satu boleh digunakan, dan tajuk molekul boleh digunakan
disertakan jika disertakan dalam petikan.

-a pilihan
Pilihan input khusus format. Lihat -H format-ID untuk pilihan yang dibenarkan oleh sesuatu tertentu
format

--tambah tajuk
Tambahkan teks pada tajuk molekul semasa

--tambah formula
Tambahkan formula molekul selepas tajuk molekul semasa

-b Tukarkan ikatan datif: cth, [N+]([O-])=O kepada N(=O)=O

-c Pusatkan koordinat atom pada (0,0,0)

-C Gabungkan molekul dalam fail pertama dengan molekul lain yang mempunyai nama yang sama

-e Teruskan selepas kesilapan

-d Padamkan Hidrogen

---tahap ralat 2
Tapis tahap ralat dan amaran yang dipaparkan:
1 = ralat kritikal sahaja
2 = sertakan amaran juga (lalai)
3 = sertakan mesej maklumat juga
4 = sertakan mesej "log audit" perubahan kepada data
5 = sertakan mesej penyahpepijatan juga

-f # Untuk input berbilang masukan, mulakan import dengan molekul # sebagai entri pertama

-F Keluarkan jenis cap jari yang tersedia

-h Tambah hidrogen

-H Output maklumat penggunaan

-H format-ID
Maklumat pemformatan output dan pilihan untuk format yang ditentukan

-Dewan
Maklumat pemformatan output dan pilihan untuk semua format

-i
Tentukan format input, lihat di bawah untuk format yang tersedia

-j

--sertai
Sertai semua molekul input ke dalam satu kemasukan molekul output

-k Terjemah kata kunci pemodelan kimia pengiraan (cth, GAMESS dan Gaussian)

-m Menghasilkan berbilang fail output, untuk membolehkan:
- Membahagi satu fail input - letakkan setiap molekul ke dalam nombor berturut-turut
fail keluaran
- Penukaran kelompok - tukar setiap berbilang fail input kepada yang ditentukan
format output

-l # Untuk input berbilang masukan, hentikan import dengan molekul # sebagai entri terakhir

-o format-ID
Tentukan format output, lihat di bawah untuk format yang tersedia

-O fail luar
Nyatakan fail output. Pilihan ini digunakan untuk obabel sahaja.

-p Tambah Hidrogen yang sesuai untuk pH (gunakan transformasi dalam phmodel.txt)

--harta benda
Tambah atau gantikan harta (cth, dalam fail SD MDL)

-s PINTAR
Tukar hanya molekul yang sepadan dengan corak SMARTS yang ditentukan

--berpisah
Asingkan serpihan yang terputus ke dalam rekod molekul individu

-t Semua fail input menerangkan satu molekul

--tajuk tajuk
Tambah atau gantikan tajuk molekul

-x pilihan
Pilihan output khusus format. Lihat -H format-ID untuk pilihan yang dibenarkan oleh sesuatu tertentu
format

-v PINTAR
Menukarkan molekul sahaja TIDAK padanan corak SMARTS ditentukan

-V Keluarkan nombor versi dan keluar

-z Mampatkan output dengan gzip

FAIL FORMATS

Format berikut kini disokong oleh Open Babel:
acr -- Kristal ASCI Carine
alc -- Format alkimia
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II format CAR [Baca sahaja]
bgf -- format MSI BGF
kotak -- Dok 3.5 Format kotak
bs -- Format Bola dan Kayu
c3d1 -- Format Chem3D Cartesian 1
c3d2 -- Format Chem3D Cartesian 2
caccrt -- Format Cacao Cartesian
cache -- Format CAChe MolStruct [Tulis sahaja]
cacint -- Format Dalaman Cacao [Tulis sahaja]
boleh -- Format Canonical SMILES
kereta -- Format CAR Accelrys/MSI Biosym/Insight II [Baca sahaja]
ccc -- Format CCC [Baca sahaja]
cdx -- Format binari ChemDraw [Baca sahaja]
cdxml -- Format ChemDraw CDXML
cht -- Format Chemtool [Tulis sahaja]
cif -- Fail Maklumat Kristalografi
cml -- Bahasa Penanda Kimia
cmlr -- Format Reaksi CML
com -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [Tulis sahaja]
copy -- Menyalin teks mentah [Tulis sahaja]
crk2d -- Format gambar rajah 2D Kit Sumber Kimia
crk3d -- Kit Sumber Kimia format 3D
csr -- Format Accelrys/MSI Quanta CSR [Tulis sahaja]
cssr -- Format CSD CSSR [Tulis sahaja]
ct -- Format Jadual Sambungan ChemDraw
dmol -- Format koordinat DMol3
en -- Format Bank Data Protein
fa -- Format FASTA [Tulis sahaja]
fasta -- Format FASTA [Tulis sahaja]
fch -- Format fail pusat pemeriksaan berformat Gaussian [Baca sahaja]
fchk -- Format fail pusat pemeriksaan berformat Gaussian [Baca sahaja]
fck -- Format fail pusat pemeriksaan berformat Gaussian [Baca sahaja]
feat -- Format ciri
fh -- Format Fenske-Hall Z-Matrix [Tulis sahaja]
betulkan -- Format SMILES FIX [Tulis sahaja]
fpt -- Format cap jari [Tulis sahaja]
pecahan -- Format Pecahan Bentuk Percuma
fs -- Buka pangkalan data Babel FastSearching
fsa -- Format FASTA [Tulis sahaja]
g03 -- Output Gaussian 98/03 [Baca sahaja]
g98 -- Output Gaussian 98/03 [Baca sahaja]
gam -- Output GAMESS [Baca sahaja]
gamin -- Input GAMESS [Tulis sahaja]
gamout -- Output GAMESS [Baca sahaja]
gau -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [Tulis sahaja]
gjc -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [Tulis sahaja]
gjf -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [Tulis sahaja]
gpr -- Format ghemical
gr96 -- format GROMOS96 [Tulis sahaja]
hin -- Format HyperChem HIN
inchi -- IUPAC InChI [Tulis sahaja]
inp -- Input GAMESS [Tulis sahaja]
ins -- Format ShelX [Baca sahaja]
jin -- Format input Jaguar [Tulis sahaja]
jout -- Format output Jaguar [Baca sahaja]
mdl -- format MDL MOL
mmd -- format MacroModel
mmod -- format MacroModel
mol -- format MDL MOL
mol2 -- format Sybyl Mol2
molreport -- Laporan molekul Babel terbuka [Tulis sahaja]
moo -- Format Output MOPAC [Baca sahaja]
mop -- format MOPAC Cartesian
mopcrt -- Format MOPAC Cartesian
mopin -- MOPAC Dalaman
mopout -- Format Output MOPAC [Baca sahaja]
mpc -- Format MOPAC Cartesian
mpd -- Format deskriptor Sybyl [Tulis sahaja]
mpqc -- Format output MPQC [Baca sahaja]
mpqcin -- MPQC format input dipermudahkan [Tulis sahaja]
nw -- Format input NWChem [Tulis sahaja]
nwo -- Format output NWChem [Baca sahaja]
pc -- Format PubChem [Baca sahaja]
pcm -- Format PCModel
pdb -- Format Bank Data Protein
pov -- Format input POV-Ray [Tulis sahaja]
pqs -- Format Penyelesaian Kuantum Selari
persediaan -- Format Amber Prep [Baca sahaja]
qcin -- Format input Q-Chem [Tulis sahaja]
qcout -- Format output Q-Chem [Baca sahaja]
laporan -- Format laporan Babel terbuka [Tulis sahaja]
res -- Format ShelX [Baca sahaja]
rxn -- format MDL RXN
sd -- format MDL MOL
sdf -- format MDL MOL
smi -- format SMILES
sy2 -- format Sybyl Mol2
tdd -- Format termo
ujian -- Format ujian [Tulis sahaja]
therm -- Format termo
tmol -- Format TurboMole Coordinate
txyz -- Format MM2 Tinker [Tulis sahaja]
unixyz -- format UniChem XYZ
vmol -- Format ViewMol
xed -- Format XED [Tulis sahaja]
xml -- Format XML umum [Baca sahaja]
xyz -- Format koordinat kartesian XYZ
yob -- YASARA.org Format YOB
zin -- Format input ZINDO [Tulis sahaja]

FORMAT PILIHAN

Format fail individu mungkin mempunyai pilihan pemformatan tambahan.

Pilihan format input didahului dengan 'a', cth -as

Pilihan format output didahului oleh 'x', cth -xn

Untuk maklumat dan pilihan khusus lanjut, gunakan -H
cth, -Hcml

CONTOH

Penukaran standard:
babel -ixyz etanol.xyz -opdb etanol.pdb
Penukaran daripada fail SMI dalam STDIN kepada fail Mol2 yang ditulis kepada STDOUT:
babel -ismi -omol2
Pisahkan fail berbilang molekul kepada new1.smi, new2.smi, dsb.:
babel infile.mol new.smi -m

Gunakan babel dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net