bp_papplmaker.plp - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

papplmaker.PLS - Penjana modul alat analisis

SINOPSIS

# dapatkan bantuan
pembuat papplmaker.PLS -h

# jana modul untuk program 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# begitu juga, tetapi nyatakan tempat untuk mencari 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://localhost:8080/paksi/perkhidmatan

# begitu juga, tetapi tentukan kaedah akses bukan lalai untuk 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-korba

# menjana modul untuk semua analisis yang tersedia
# (menggunakan lokasi lalai dan kaedah akses lalai)
papplmaker.PLS

# jangan jana tetapi lihat apa yang akan dihasilkan
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# jana modul untuk analisis 'edit::seqret'
# tetapi namakannya 'MySeqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret

# ...dan gunakannya
gunakan MySeqret;
cetak MySeqret baharu->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
->osformat ('embl')
->tunggu_untuk
->outseq;

# begitu juga tetapi letakkan hasilnya ke dalam direktori '/tmp/my'
# (direktori tidak perlu wujud)
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# menjana modul untuk semua analisis yang namanya
# padanan diberi ungkapan biasa (tidak sensitif huruf besar-besaran)
papplmaker.PLS -r 'edit'

# begitu juga, tetapi modul yang dijana nama dengan nama anda sendiri
# (membiarkan papplmaker.PLS menggantikan bahagian nama anda)
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_$ANALYSIS'

DESCRIPTION

Modul "Bio::Tools::Run::Analysis" menyediakan akses kepada analisis tempatan dan jauh
alatan dalam cara yang bersatu (ditakrifkan dalam "Bio::AnalysisI"). Modul ini menggunakan pendekatan umum
membenarkan untuk menetapkan data input sewenang-wenangnya dan untuk mendapatkan semula hasil dengan menamakannya. Walau bagaimanapun,
kadangkala lebih mudah untuk menggunakan modul tertentu, mewakili satu alat analisis,
yang sudah mengetahui tentang input dan nama hasil yang tersedia.

Penjana "papplmaker.PLS" mencipta modul khusus sedemikian.

"papplmaker.PLS" menggunakan kaedah capaian yang sama seperti modul umum - yang bermaksud itu
bergantung pada parameter "akses" ia boleh menggunakan SOAP, CORBA atau mana-mana yang lain (disokong)
protokol, atau ia boleh mengakses analisis tempatan (tersedia pada mesin yang sama di mana
"papplmaker.PLS" digunakan).

"papplmaker.PLS" melakukan tugasnya sama ada untuk satu analisis bernama (dinyatakan oleh pilihan "-n",
atau ia menggunakan modul "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" untuk mencari analisis yang
tersedia, dan boleh mengehadkan bilangan mereka dengan memadankan dengan ungkapan biasa yang diberikan oleh
pilihan "-r".

Modul atau modul yang dihasilkan dinamakan secara lalai sama dengan nama-nama
analisis yang sepadan, tetapi ini boleh diubah dengan pilihan "-m" yang sebenarnya a
templat di mana rentetan berikut diiktiraf dan diganti:

$ANALYSIS atau ${ANALYSIS}
Akan digantikan dengan nama analisis.

$CATEGORY atau ${CATEGORY}
Akan digantikan dengan nama kategori di mana analisis berada.

$SERVICE atau ${SERVICE}
Akan digantikan dengan nama keseluruhan perkhidmatan (yang biasanya merupakan gabungan
kategori dan nama analisis, dan ia digunakan juga sebagai nama modul lalai, btw).

Apakah perbezaan antara "perkhidmatan" dan "analisis", dan apakah maksud "kategori"?
Kadangkala istilah ini mungkin mengelirukan kerana ia mungkin bermaksud perkara yang sedikit berbeza
bergantung kepada kaedah capaian yang digunakan untuk berkomunikasi dengan mereka. Secara amnya, "analisis" adalah
program (aplikasi, alat) berjalan di suatu tempat, tetapi kadangkala pada mesin tempatan. An
contoh analisis ialah "seqret" (daripada pakej EMBOSS). Analisis boleh dikumpulkan
ke dalam kategori mengikut fungsi mereka atau mengikut jenis data yang mereka hadapi (tetapi kadangkala ada
tiada kategori sama sekali). Setiap analisis boleh diakses menggunakan tahap yang lebih tinggi daripada
abstraksi, "perkhidmatan". Perkhidmatan biasanya pembungkus yang bergantung kepada protokol, seperti Web
Perkhidmatan, atau perkhidmatan CORBA. Sebagai contoh terdapat perkhidmatan "edit::seqret" yang
mewakili analisis "seqret" dalam kategori "edit".

Maklum balas

Mailing senarai
Maklum balas pengguna adalah sebahagian daripada evolusi ini dan modul Bioperl yang lain. Hantar
komen dan cadangan anda sebaiknya ke senarai mel Bioperl. Penyertaan anda
amat dihargai.

[e-mel dilindungi] - Perbincangan umum
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Mengenai senarai mel

laporan bugs
Laporkan pepijat kepada sistem penjejakan pepijat Bioperl untuk membantu kami menjejaki pepijat dan pepijatnya
resolusi. Laporan pepijat boleh diserahkan melalui web:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

Gunakan bp_papplmaker.plp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net