circos - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/

bulat itu bagus

circos - menjana grafik maklumat tersusun bulat

SINOPSIS

# teka lokasi fail konfigurasi
sarkas

# gunakan fail konfigurasi tertentu
circos -conf circos.conf [-senyap]

# mendiagnosis modul yang diperlukan
circos -modul

# halaman manusia
circos -man

# penyahpepijatan terperinci untuk komponen kod
# lihat http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# penyahpepijatan penuh
circos -debug_group _all

# pembuangan konfigurasi blok (atau pokok blok) daripada
# sebarang parameter yang sepadan dengan REGEXP (pilihan)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}

# parameter konfigurasi mengatasi
circos -param imej/jejari=2000p -param ideogram/tunjuk=no

# untuk keseronokan - rawak semua warna dalam imej kecuali untuk
# COLOR1 dan COLOR2
circos -warna rawak COLOR1,[COLOR2,...]

DESCRIPTION

Circos adalah untuk menggambarkan data dalam susun atur bulat, sesuai untuk meneroka perhubungan
antara objek atau kedudukan. Terdapat sebab lain mengapa susun atur bulat
berfaedah, bukan sahaja fakta bahawa ia menarik.

Circos bukan penyelesaian. Ia adalah alat untuk menyelesaikan masalah visualisasi. Untuk diberikan
masalah, anda tidak dijamin bahawa ia sesuai.

Anda mempunyai kawalan yang baik ke atas cara setiap elemen data dipaparkan, membantu anda memadankan
kepentingan kepada kepentingan.

CONFIGURATION

Tetapan dimaksudkan untuk dihantar menggunakan fail konfigurasi teks biasa. Fail ini boleh
dibuat secara manual atau oleh skrip lain, yang membolehkan Circos diautomatikkan sepenuhnya.

Untuk dokumentasi penuh, lihat

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

Syntax
Konfigurasi ialah teks biasa dan terdiri daripada blok hierarki. Beberapa blok, seperti
" adalah wajib, manakala yang lain seperti " adalah pilihan.

Untuk bermula, rujuk tutorial panduan ringkas.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

Fail konfigurasi biasa mungkin kelihatan seperti ini

# saiz dan format imej

...


# kedudukan dan saiz ideogram

...


# kedudukan, jenis dan format trek data


...

...


# warna, fon dan corak isian
< >

# parameter sistem
< >

Modularity
"< > arahan mengimport satu fail konfigurasi ke yang lain. ini
kemudahan membantu mengekalkan fail konfigurasi modular.

Takrifan parameter yang tidak kerap berubah, seperti takrifan warna dan fon,
diimport secara konvensional daripada fail yang terdapat dalam dan lain-lain/ dalam pengagihan.

Dalam tutorial, anda akan mendapati bahawa " dan" blok diimport ke dalam
fail konfigurasi utama. Kerana blok ini boleh menjadi agak besar, yang utama
fail konfigurasi lebih mudah dibaca jika ia diturunkan kepada fail berasingan.

Menimpa bersama *
Untuk mengatasi parameter yang telah disertakan daripada fail, gunakan akhiran "*". Akhiran
diperlukan kerana takrifan berbilang parameter tidak dibenarkan, kecuali dalam kes
di mana parameter mungkin mempunyai lebih daripada satu nilai.


# fail yang disertakan mentakrifkan 'radius'
< >
# ini akan mengatasi nilai jejari
jejari* = 2500p


Akhiran "*" boleh diulang untuk menentukan nilai yang diutamakan dalam blok.

jejari = 1500p
jejari* = 2500p
jejari** = 3000p # tika jejari ini akan digunakan

Menimpa bersama Perintah Talian
Sebarang parameter konfigurasi dalam nama blok unik boleh ditentukan pada baris arahan
menggunakan

-param PATH/PARAM=nilai

Sebagai contoh,


tunjukkan = tidak
...


-param ideogram/show=no

and



lalai = 0.01r

...


-param ideogram/jarak/lalai=0.01r

Bila conf() digunakan dalam fail konfigurasi untuk mendapatkan semula nilai parmameter (sebarang
parameter, bukan hanya yang ditetapkan oleh -param), anda mendapat sistem yang fleksibel untuk menukar
konfigurasi pada baris arahan.

spesis = manusia
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(spesies).txt

-param spesis=tikus

Berbilang parameter boleh ditakrifkan semula, setiap satu dengan bendera "-param" sendiri

-param show_ticks=no -param image/radius=2000p

Penggabungan Blok
Berbilang contoh blok berikut digabungkan secara automatik: " ,
" , " , " , " , " , " dan" .

Tujuan ini adalah untuk membolehkan anda menambah definisi kanonik.

# fail ini mentakrifkan lalai , dan
< >

# tambah pada blok warna

mycolor = 150,25,25

PILIHAN

konfigurasi
-configfile FAIL
Nama fail konfigurasi. Ini diperlukan.

Circos akan cuba meneka lokasi fail ini, mencari "circos.conf" dalam
".", "..", dan "../ ..".

Output format
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Togol output fail PNG dan SVG.

Image Elements
-tunjuk_kutik, -tidak_tunjuk_kutik
-label_tanda_tunjuk, -label_tanda_tunjuk
Gantikan paparan kutu dan labelnya. Kedua-duanya biasanya ditakrifkan dalam
blok.

Output Laluan
-outputdir DIR, -dir DIR
-fail keluaran FAIL, -fail FAIL
Tukar direktori output dan nama fail. FILE boleh mengandungi laluan.

Debugging
-nyahpepijat
Hidupkan output penyahpepijatan asas. Melaporkan maklumat daripada

imej, io, lapisan, ringkasan, pemasa

kumpulan nyahpepijat (lihat di bawah).

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
Hidupkan output penyahpepijatan untuk kumpulan tertentu. Untuk senarai kumpulan, lihat

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

Untuk menambah kumpulan pada output awalan dengan +. Untuk mengeluarkannya, dengan -.

# gunakan kumpulan penyahpepijatan lalai tetapi kecualikan lapisan dan io
-debug -debug_group -layer,-io

# gunakan kumpulan penyahpepijatan lalai dan tambahkan jarak
-debug -debug_group +jarak

# nyatakan kumpulan secara eksplisit
-debug_group png,io,pemasa

Untuk menyenaraikan kumpulan yang disokong, gunakan bendera tanpa hujah

-debug_group

-masa
Laporkan maklumat masa. Sama seperti -debug_group +pemasa

-senyap
Menjana tiada pelaporan.

-paranoid, -noparanoid
Jalankan dalam mod paranoid (lalai), atau tidak. Lalai untuk tetapan ini ditakrifkan oleh
'paranoid' dalam etc/housekeeping.conf.

-amaran, -tiada amaran
Paparkan amaran, atau tidak (lalai). Lalai untuk tetapan ini ditakrifkan oleh
'amaran' dalam etc/housekeeping.conf.

-fakeerror =item -fakeerror CAT =item -fakeerror ,ID =item -fakeerror CAT,ID
Memalsukan ralat dengan memaparkan mesej ralat untuk kategori CAT dan ID nama ralat. Jika
satu atau tidak dinyatakan, menyenaraikan ralat yang tersedia.

Melainkan anda benar-benar seronok melihat mesej ralat, sepatutnya ada sedikit sebab untuk anda melakukannya
nak guna ni.

Penggunaan
-turun
Tunjukkan versi.

-membantu
Tunjukkan sinopsis penggunaan ringkas.

-lelaki
Tunjukkan halaman lelaki.

Mengarut sekitar
-warna rawak [warna1, warna2,...]
Rawak warna setiap elemen dalam imej, kecuali senarai pilihan
warna.

Contohnya, untuk mengekalkan latar belakang putih dan apa-apa yang hitam,

-warna rawak putih,hitam

Gunakan circos dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net