Ini ialah arahan cleanasn yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
cleanasn - membersihkan penyelewengan dalam objek NCBI ASN.1
SINOPSIS
cleanasn [-] [-A nama fail] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L nama fail] [-M nama fail]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i nama fail] [-j nama fail] [-k nama fail] [-m str] [-n jalan]
[-o nama fail] [-p jalan] [-q jalan] [-r jalan] [-v jalan] [-x ext]
DESCRIPTION
cleanasn ialah program utiliti untuk membersihkan penyelewengan dalam objek NCBI ASN.1.
PILIHAN
Ringkasan pilihan disertakan di bawah.
- Cetak mesej penggunaan
-A nama fail
Fail senarai kesertaan
-C str Operasi jujukan, mengikut bendera dalam str:
c Memampatkan
d Nyahmampat
v Jurang maya di dalam jujukan bersegmen
s Tukarkan set tersegmen kepada jujukan delta
-D str Bersihkan deskriptor, mengikut bendera dalam str:
t Alih Keluar Tajuk
c Alih Keluar Ulasan
n Alih keluar tajuk Set Nuc-Prot
e Alih keluar tajuk Pop/Phy/Mut/Eco Set
m Alih keluar tajuk mRNA
p Keluarkan tajuk Protein
-F str Membersihkan ciri, mengikut bendera dalam str:
u Alih keluar objek Pengguna
d Alih keluar db_xrefs
e Alih keluar /bukti and /inferens
r Alih keluar xref gen berlebihan
f Fius ciri pendua
k Pakej pengekodan-rantau atau ciri bahagian
z Padam atau kemas kini nombor EC
-K str Lakukan pembersihan umum, mengikut bendera dalam str:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (melalui utiliti luaran)
s SeriusSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n Normalkan susunan deskriptor
u Alih Keluar Objek Pengguna NcbiCleanup
c Segerakkan Kod genetik
d Segerakkan semula separa CDS
m Segerakkan semula separa mRNA
t Segerakkan semula separa Peptida
a Laraskan sambatan konsensus
i Naikkan pangkat kepada Seq-ID yang "terburuk".
-L nama fail
Fail log
-M nama fail
Fail makro
-N str Bersihkan pautan, mengikut bendera dalam str:
o Pautkan mRNA CDS secara Bertindih
p Pautkan mRNA CDS mengikut Produk
r Tetapkan semula ID ciri
f Betulkan ID ciri timbal balik yang hilang
c Kosongkan ID ciri
-P Pilihan penerbitan:
a Alih keluar Semua penerbitan
s Keluarkan nombor siri
f Alih keluar Rajah, penomboran dan nama
r Alih keluar Catatan
u Kemas kini penerbitan PMID sahaja
# Gantikan yang tidak diterbitkan dengan PMID
-Q str Lapor:
c Rekod kiraan
r ASN.1 Laporan BSEC
s laporan ASN.1 SSEC
n laporan NORM lwn. SSEC
e laporan AutoDef PopPhyMutEco
o Laporan bertindih
l Beza negara latitud-longitud
d Log perbezaan SSEC
g GenBank SSEC perbezaan
f asn2gb/asn2flat diff
h Seg-ke-delta GenBank perbezaan
v Pengesah SSEC perbezaan
m Memodenkan Gen/RNA/PCR
u Carian Pub yang tidak diterbitkan
p Carian Pub yang diterbitkan
j Laporan Jurnal tidak diindeks
x Imbasan tersuai
-R Pengambilan jauh daripada ID (pangkalan data jujukan NCBI)
-S str Penapis perbezaan terpilih (huruf besar langkau)
s SSEC
b BSEC
Seorang Pengarang
p Penerbitan
l Lokasi
r RNA
q Susunan isihan kelayakan
g Blok Genbank
k Pakej CdRegion atau ciri bahagian
m Pindahkan penerbitan
o Tinggalkan penerbitan Bioseq pendua
d Garis definisi automatik
e baris definisi Pop/Phy/Mut/Eco Set
-T Carian Taksonomi
-U str Permodenkan, mengikut bendera dalam str:
g Gen
r RNA
p Primer PCR
-V str Alih keluar ciri mengikut keterukan pengesah:
r Tolak
e Ralat
w Amaran
i Maklumat
-X str Pelbagai pilihan, setiap str:
d Garis definisi automatik
e baris definisi Pop/Phy/Mut/Eco Set
n Tajuk NC segera
m Tajuk NM segera
x Tajuk XM Istimewa
p Tajuk Protein Segera
c Cipta mRNA untuk urutan pengekodan
f Betulkan id_protein timbal balik/id_transkrip
-Z str Alih keluar objek Pengguna yang ditunjukkan
-a str ASN.1 jenis
a Mana-mana (lalai)
e Kemasukan seq
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-serahkan
t Pemprosesan Kelompok [String]
-b Input ASN.1 ialah Perduaan
-c Input ASN.1 adalah Mampat
-d str Pangkalan data sumber
a Mana-mana (lalai)
g GenBank
e EMBL
d DDBJ
b EMBL atau DDBJ
r RefSeq
n NCBI
v Hanya jujukan bersegmen
w Kecualikan urutan tersegmen
x Kecualikan EMBL/DDBJ
y Kecualikan gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts
-f str Penapis subrentetan
-i nama fail
Fail input tunggal (lalai kepada stdin)
-j nama fail
Nama fail pertama
-k nama fail
Nama fail terakhir
-m str Mod fail rata:
r Lepaskan
e Entrez
s Labuci
d Buang
-n jalan
asn2flat boleh laku (lalai ialah /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)
-o nama fail
Fail output tunggal (lalai kepada stdout)
-p jalan
Proses semua fail yang sepadan masuk jalan
-q jalan
ffdiff boleh laku (lalai ialah /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)
-r jalan
Laluan untuk hasil
-v jalan
asnval boleh laku (lalai ialah /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)
-x ext Akhiran pemilihan fail untuk digunakan dengan -p (lalai untuk .ent)
Gunakan cleanasn dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
