clustalw - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

clustalw - Penjajaran berbilang asid nukleik dan urutan protein

SINOPSIS

clustalw [-dalam fail] fail.ext [PILIHAN]

clustalw [-membantu | -fullhelp]

DESCRIPTION

Clustal W ialah program penjajaran berbilang tujuan umum untuk DNA atau protein.

Program ini melakukan penjajaran serentak bagi banyak urutan nukleotida atau asid amino. Ia
lazimnya dijalankan secara interaktif, menyediakan menu dan bantuan dalam talian. Jika anda lebih suka menggunakan
dalam mod baris arahan (batch), anda perlu memberikan beberapa pilihan, yang minimum
-dalam fail.

PILIHAN

DATA (urutan)
-infile=fail.ext
Urutan input.

-profil1=fail.ext and -profil2=fail.ext
Profil (penjajaran lama)

KATA KERJA (buat perkara)
-pilihan
Senaraikan parameter baris arahan.

-membantu or -semak
Gariskan params baris arahan.

-fullhelp
Keluarkan kandungan bantuan penuh.

-selaraskan
Lakukan penjajaran berbilang penuh.

-pokok
Kira pokok NJ.

-pim
Matriks identiti peratus keluaran (semasa mengira pokok).

-kain tali pinggang=n
Bootstrap pokok NJ (n= bilangan bootstrap; def. = 1000).

-menukar
Keluarkan urutan input dalam format fail yang berbeza.

PARAMETER (set perkara)
Umum tetapan:
-interaktif
Baca baris arahan, kemudian masukkan menu interaktif biasa.

-pohon cepat
Gunakan algoritma FAST untuk pepohon panduan penjajaran.

-jenis=
PROTEIN or DNA urutan.

-negatif
Penjajaran protein dengan nilai negatif dalam matriks.

-outfile=
Nama fail penjajaran jujukan.

-output=
GCG, DOM, PHYLIP, IRP or NEXUS.

-urutan keluaran=
INPUT or SEjajar

-kad
RENDAH or UPPER (untuk keluaran GDE sahaja).

-seqnos=
OFF or ON (untuk keluaran Clustal sahaja).

-seqnos_range=
OFF or ON (BARU: untuk semua format output).

-julat=m,n
Julat jujukan untuk menulis bermula m kepada m+n.

-maxseqlen=n
Panjang jujukan input maksimum yang dibenarkan.

-senyap
Kurangkan output konsol kepada minimum.

-stats=fail
Log beberapa statistik penjajaran ke fail.

Cepat Berpasangan Penjajaran:
-ktuple=n
Saiz perkataan.

-topdiags=n
Bilangan rajah terbaik.

-tingkap=n
Tetingkap di sekeliling rajah terbaik.

-pasangan=n
Penalti jurang.

-skor
PERATUS or ABSOLUTE.

Memperlahankan Berpasangan Penjajaran:
-pwmatrix=
:Matriks berat protein=BLOSUM, PAM, GONNET, ID or nama fail

-pwdnamatrix=
Matriks berat DNA=BLOSUMIUB, BLOSUMCLUSTALW atau BLOSUMnama fail.

-pwgapopen=f
Penalti pembukaan jurang.

-pwgapext=f
Penalti lanjutan jurang.

Pelbagai Penjajaran:
-newtree=
Failkan untuk pokok panduan baharu.

-usetree=
Fail untuk pokok panduan lama.

-matriks=
Matriks berat protein=BLOSUM, PAM, GONNET, ID or nama fail.

-dnamatrix=
Matriks berat DNA=IUB, CLUSTALW or nama fail.

-gapopen=f
Penalti pembukaan jurang.

-gapext=f
Penalti lanjutan jurang.

-engaps
Tiada pen pemisah jurang hujung.

-gaptist=n
Pen pemisah jurang. julat.

-nogap
Jurang khusus sisa terputus.

-nohgap
Jurang hidrofilik terputus.

-hgapresidues=
Senaraikan semula hidrofilik.

-maxdiv=n
Peratus identiti untuk kelewatan.

-jenis=
PROTEIN or DNA

-transweight=f
Pemberat peralihan.

-lelaran=
NONE or POKOK or PENJELASAN.

-nombor=n
Bilangan maksimum lelaran untuk dilakukan.

Profil Penjajaran:
-profil
Gabungkan dua penjajaran mengikut penjajaran profil.

-newtree1=
Fail untuk pokok panduan baharu untuk profil1.

-newtree2=
Fail untuk pokok panduan baharu untuk profil2.

-usetree1=
Fail untuk pokok panduan lama untuk profil1.

-usetree2=
Fail untuk pokok panduan lama untuk profil2.

Urutan kepada Profil Penjajaran:
-urutan
Tambah jujukan profile2 secara berurutan pada penjajaran profile1.

-newtree=
Failkan untuk pokok panduan baharu.

-usetree=
Fail untuk pokok panduan lama.

struktur Penjajaran:
-nosecstr1
Jangan gunakan topeng penalti jurang struktur sekunder untuk profil 1.

-nosecstr2
Jangan gunakan topeng penalti jurang struktur sekunder untuk profil 2.

-secstrout=STRUKTUR or MASK or DUA or NONE
Output dalam fail penjajaran.

-helixgap=n
Penalti jurang untuk sisa teras heliks.

-strandgap=n
Penalti jurang untuk sisa teras helai.

loopgap=n
Penalti jurang untuk kawasan gelung.

-terminalgap=n
Penalti jurang untuk struktur termini.

-helixendin=n
Bilangan sisa di dalam heliks untuk dianggap sebagai terminal.

-helixendout=n
Bilangan sisa di luar heliks untuk dianggap sebagai terminal.

-strandendin=n
Bilangan sisa di dalam helai untuk dirawat sebagai terminal.

-terkandas=n
Bilangan sisa di luar helai untuk dianggap sebagai terminal.

Pokok:
-outputtree=nj OR philip OR dist OR nexus

-benih=n
Nombor benih untuk bootstrap.

-kimura
Gunakan pembetulan Kimura.

- tossgaps
Abaikan kedudukan dengan jurang.

-label but=nod
Kedudukan nilai bootstrap dalam paparan pokok.

-berkelompok=
NJ atau UPGMA.

Gunakan clustalw dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net