cmtk-convertx - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

convertx - Tukar antara format fail imej dan jenis data.

SINOPSIS

convertx [pilihan] fail dalam fail

DESCRIPTION

Alat ini menukar antara format fail imej dan jenis data piksel. Ia juga boleh memohon
operasi imej yang mudah dan tujuan umum dalam proses. Bilangan operasi yang sewenang-wenangnya
boleh ditentukan pada baris arahan, yang akan digunakan tepat dalam susunan yang diberikan.

PILIHAN

Global Toolkit Pilihan (ini adalah dikongsi by semua CMTK alatan)
- membantu
Tulis senarai pilihan baris arahan asas kepada output standard.

--bantu-semua
Tulis senarai lengkap pilihan baris perintah asas dan lanjutan kepada output standard.

--wiki
Tulis senarai pilihan baris arahan kepada output standard dalam penanda MediaWiki.

--lelaki
Tulis sumber halaman manual dalam penanda 'nroff' kepada output standard.

--versi
Tulis versi kit alat kepada output standard.

--gema
Tulis baris arahan semasa kepada output standard.

--peringkat-verbose
Tetapkan tahap verbositi.

--verbose, -v
Naikkan tahap verbositi sebanyak 1 (ditamatkan; disokong untuk keserasian ke belakang).

--benang
Tetapkan bilangan maksimum utas selari (untuk utas POSIX dan OpenMP).

Imej/Transformasi Pangkalan Data
--db
Laluan ke pangkalan data imej/transformasi yang harus dikemas kini dengan yang baru dibuat
gambar. [Lalai: TIADA]

Input Image Kawalan
--set-padding
Tetapkan nilai padding: semua piksel dalam imej input yang mempunyai nilai ini akan diabaikan
dalam semua operasi seterusnya.

--unset-padding
Nyahtetapkan nilai padding: untuk semua operasi seterusnya, semua piksel akan dirawat
mengikut nilai mereka.

--label
Tentukan bahawa nilai imej akan dianggap sebagai label diskret. Ini akan terhasil
dalam kod niat yang sesuai untuk ditetapkan dalam fail output dalam format NIfTI.

--kelabu
Tentukan bahawa nilai imej akan dianggap sebagai tahap kelabu berterusan. Ini akan
tetapkan semula kod niat dalam fail yang dibaca daripada format NIfTI.

Tarikh Jenis Penukaran
--char
8 bit, integer bertanda

--bait
8 bit, integer tidak bertanda

--pendek
16 bit, integer bertanda

--ushort
16 bit, integer tidak bertanda

--int
32 bit integer yang ditandatangani

--uint
32 bit integer tidak bertanda

--terapung
32 bit titik terapung

--berganda
64 bit titik terapung

nilai Pemetaan
--nilai-peta
Gunakan fungsi pemetaan pada nilai piksel. Pemetaan ditakrifkan sebagai
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' untuk memetakan nilai VAL0, VAL1, dsb. kepada nilai baharu NEWVAL. Jika
NEWVAL tidak diberikan, nilai ditetapkan kepada padding.

--nilai-peta-sahaja
Gunakan fungsi pemetaan pada nilai piksel dan gantikan piksel yang tidak dipetakan dengan pelapik.
Berbilang peraturan pemetaan sedemikian boleh digabungkan sebagai RULE0+RULE1[+...]; semua
peraturan bercantum akan digunakan secara serentak.Pemetaan ditakrifkan sebagai
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' untuk memetakan nilai VAL0, VAL1, dsb. kepada nilai baharu NEWVAL. Jika
NEWVAL tidak diberikan, nilai ditetapkan kepada padding. Pelbagai peraturan pemetaan itu boleh
digabungkan sebagai RULE0+RULE1[+...]; semua peraturan yang digabungkan akan digunakan
pada masa yang sama.

--ganti-padding
Gantikan data piksel berlapik dengan nilai yang diberikan.

--ganti-inf-nan
Gantikan semua piksel tak terhingga dan bukan nombor dengan nilai yang diberikan.

Image Membalikkan
--flip-x
Balikkan (cermin) di sepanjang arah x

--flip-y
Balikkan (cermin) di sepanjang arah-y

--flip-z
Balikkan (cermin) di sepanjang arah z

Image Masking and Ambang
--topeng
Nama fail topeng binari: hapuskan semua piksel imej dengan topeng ialah 0. Piksel bertopeng
TIDAK akan ditetapkan kepada sifar, tetapi sebaliknya akan digantikan dengan padding yang ditetapkan pada masa ini
nilai. Gunakan '--set-padding 0' sebelum '--mask' untuk memaksa tetapan kepada sifar.

--topeng- songsang
Nama fail topeng binari songsang menghapuskan semua piksel imej dengan topeng BUKAN 0. Lihat
juga nota mengenai padding di bawah '--mask' di atas.

--mengirik-di bawah
Tetapkan semua nilai di bawah ambang kepada nilai ambang.

--mengirik-di atas
Tetapkan semua nilai di atas ambang kepada nilai ambang.

--thresh-bawah-untuk-padding
Tetapkan semua nilai di bawah ambang kepada nilai padding.

--mengirik-di atas-untuk-padding
Tetapkan semua nilai di atas ambang kepada nilai padding.

--binarize-thresh
Tetapkan semua nilai di bawah ambang kepada 0, semua nilai sama atau lebih tinggi kepada 1.

--otsu-thresh
Binarikan imej kepada 0/1 menggunakan ambang yang dikira dengan kaedah Otsu. Hujah adalah nombor
tong histogram untuk pengiraan ambang.

--otsu-thresh-nbins
Penduaan menggunakan kaedah Otsu dengan bilangan tong histogram yang ditentukan pengguna untuk
pengiraan ambang.

--prun-histogram
Imej ambang mengikut 'pencantasan histogram keamatan', iaitu, untuk hujah n
[tong histogram] menentukan ambang supaya pecahan ke-1/n-tertinggi dan
voxel terendah adalah ambang.

--pangkas-histogram-tinggi
Seperti '--prune-histograms', tetapi hanya mengeluarkan intensiti tinggi.

--pangkas-histogram-rendah
Seperti '--prun-histograms', tetapi hanya keluarkan keamatan rendah.

intensiti Transformasi
--skala-ke-julat
Skalakan keamatan imej kepada julat 'dari:kepada', mis., '0:255' sebelum penukaran kepada bait
data.

--histogram-penyamaan
Gunakan penyamaan histogram.

--histogram-penyamaan-nbins
Gunakan penyamaan histogram dengan bilangan tong.

--padanan-histogram
Ubah keamatan untuk memadankan taburan dalam imej yang disediakan sebagai hujah
untuk perintah ini.

--match-min-sdev
Skala keamatan untuk memadankan min dan taburan piawai bagi keamatan dalam
imej disediakan sebagai hujah untuk arahan ini.

Morfologi operasi
--kembali
Kembalikan topeng binari, iaitu, tukar latar depan dan latar belakang.

--menghakis
Pengendali hakisan morfologi (mengikut piksel)

--melebarkan
Operator pelebaran morfologi (mengikut piksel)

--menghakis-jarak
Pengendali hakisan morfologi (mengikut jarak). Selalunya lebih baik untuk data anisotropik.

--menghakis-jarak-berbilang label
Operator hakisan morfologi (mengikut jarak) untuk peta berbilang label. Hasilnya akan menjadi
sama ada bait, tidak bertanda pendek atau data int tidak bertanda, bergantung pada indeks
label terpakai terbesar dalam input.

--dilate-jarak
Operator pelebaran morfologi (mengikut jarak). Selalunya lebih baik untuk anisotropik
data.

--komponen-bersambung
Buat peta komponen bersambung dengan kawasan bernombor dengan mengecilkan saiz komponen

--peta-sempadan
Buat peta sempadan

--peta berbilang sempadan
Buat peta sempadan berbilang nilai

--peta-jarak
Kira peta jarak Euclidean yang tidak ditandatangani. Imej input ditafsirkan sebagai topeng binari.

--ditandatangani-peta-jarak
Hitung ditandatangani (dalam=negatif, luar=positif) Peta jarak Euclidean

Saring operasi
--penapis median
Penapis median. Operasi ini mengambil jejari penapis dalam piksel sebagai parameter. A
integer tunggal mentakrifkan jejari kernel dalam ketiga-tiga dimensi. Tiga koma-
integer dipisahkan mentakrifkan jejari berasingan untuk tiga dimensi.

--penapis min
Penapis min serantau. Operasi ini mengambil jejari penapis dalam piksel sebagai
parameter. Integer tunggal mentakrifkan jejari kernel dalam ketiga-tiga dimensi. Tiga
integer dipisahkan koma mentakrifkan jejari berasingan untuk tiga dimensi.

--penapis-min cepat
Penapis min serantau (pelaksanaan masa yang pantas dan linear). Operasi ini mengambil masa
jejari penapis dalam piksel sebagai parameter. Integer tunggal mentakrifkan jejari kernel
dalam ketiga-tiga dimensi. Tiga integer dipisahkan koma mentakrifkan jejari berasingan untuk
tiga dimensi.

--variance-filter
Penapis varians serantau. Operasi ini mengambil jejari penapis dalam piksel sebagai
parameter. Integer tunggal mentakrifkan jejari kernel dalam ketiga-tiga dimensi. Tiga
integer dipisahkan koma mentakrifkan jejari berasingan untuk tiga dimensi.

--fast-variance-filter
Penapis varians serantau (masa linear) pantas. Operasi ini mengambil jejari penapis
dalam piksel sebagai parameter. Integer tunggal mentakrifkan jejari kernel dalam ketiga-tiganya
dimensi. Tiga integer dipisahkan koma mentakrifkan jejari berasingan untuk ketiga-tiganya
dimensi.

--penapis-saat-ketiga
Penapis momen ketiga serantau. Operasi ini mengambil jejari penapis dalam piksel sebagai
parameter. Integer tunggal mentakrifkan jejari kernel dalam ketiga-tiga dimensi. Tiga
integer dipisahkan koma mentakrifkan jejari berasingan untuk tiga dimensi.

--penapis sisihan piawai
Penapis sisihan piawai serantau. Operasi ini mengambil jejari penapis dalam piksel
sebagai parameter. Integer tunggal mentakrifkan jejari kernel dalam ketiga-tiga dimensi.
Tiga integer dipisahkan koma mentakrifkan jejari berasingan untuk tiga dimensi.

--penapis-kehalusan
Penapis 'kelicinan' serantau. Operasi ini mengambil jejari penapis dalam piksel sebagai
parameter. Integer tunggal mentakrifkan jejari kernel dalam ketiga-tiga dimensi. Tiga
integer dipisahkan koma mentakrifkan jejari berasingan untuk tiga dimensi.

--gaussian-filter-sigma
Tapis imej dengan kernel Gaussian. Operasi ini memerlukan satu nilai sebenar
parameter, yang menentukan sigma pekali kernel dalam unit dunia [cth., mm] sebagai
parameter.

--gaussian-filter-fwhm
Tapis imej dengan kernel Gaussian. Operasi ini memerlukan satu nilai sebenar
parameter, yang menentukan lebar penuh kernel pada separuh maksimum dalam unit dunia
[cth., mm].

--laplace-penapis
Tapis imej dengan kernel Laplacian yang meningkatkan kelebihan.

Grid operasi
--downsample-select
Sampel imej mengikut pemilihan piksel menggunakan faktor per paksi 'Fx,Fy,Fz' atau menggunakan tunggal
faktor 'Fxyz'

--downsample-purata
Sampel imej dengan purata menggunakan faktor per paksi 'Fx,Fy,Fz' atau menggunakan tunggal
faktor 'Fxyz'

--sampel semula
Sampel semula imej kepada piksel hampir isotropik sambil mengekalkan medan pandangan imej.
Mengambil satu hujah, resolusi sasaran dalam unit dunia [cth., mm]

--sampel-tepat
Sampel semula imej kepada piksel isotropik tepat pada resolusi yang diberikan sambil memadankan
medan pandangan imej sedekat mungkin. Mengambil satu hujah, resolusi sasaran
dalam unit dunia [cth., mm]

--crop-by-index
Pangkas imej ke rantau yang ditentukan oleh satu set enam koordinat indeks grid yang diberikan sebagai
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--tanaman demi ambang
Pangkas imej ke rantau yang ditentukan melalui ambang yang diberikan. Imej yang terhasil akan
mengandungi semua piksel yang lebih besar daripada parameter yang diberikan.

--crop-by-threshold-write-region
Pangkas imej ke kawasan yang ditentukan melalui ambang yang diberikan dan tulis kawasan pemangkasan ke
keluaran standard.

--crop-by-threshold-write-xform
Pangkas imej ke kawasan yang ditentukan melalui ambang tertentu dan pemangkasan tulis
transformasi kepada keluaran standard.

PENGARANG

Torsten Rohlfing, dengan sumbangan daripada Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff, dan Yaroslav Halchenko

Gunakan cmtk-convertx dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net