cmtk - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

cmtk - Kit Alat Morfometri Pengiraan

SINOPSIS

cmtk [pilihan]

DESCRIPTION

Skrip pembantu ini menyediakan akses bersatu kepada semua alat baris arahan yang disediakan oleh CMTK.
Sila nyatakan arahan CMTK untuk dijalankan dan pilihannya. Lihat cmtk- (1) halaman manual atau
keluaran dari cmtk - membantu untuk pilihan tertentu

PERINTAH

pembahagian
Daftarkan imej sasaran pada atlas, menggunakan affine diikuti dengan B-spline yang tidak tegar
pendaftaran, kemudian format semula peta label atlas kepada imej sasaran.

asegment_sri24
Daftar imej sasaran ke saluran terpilih atlas otak manusia SRI24, kemudian
format semula salah satu peta label atlas kepada imej sasaran. Nota: diandaikan bahawa
imej sasaran dilucutkan tengkorak, iaitu, hanya mengandungi otak.

average_affine
Alat ini mengira purata jujukan koordinat afin yang disediakan pengguna
transformasi.

purata_imej
Alat ini mengira purata pixelwiase, varians, sisihan piawai, skor z atau
imej entropi daripada senarai imej intensiti yang disediakan pengguna.

purata_label
Purata imej label yang didaftarkan bersama menggunakan volum separa

avg_adm
Kira imej purata keamatan bentuk purata dan peta ubah bentuk menggunakan aktif
model ubah bentuk.

concat_affine
Alat ini mengira penggabungan eksplisit koordinat berbilang afin
transformasi, setiap satunya boleh disongsangkan secara pilihan.

convert_warp
Alat ini menukarkan koordinat ubah bentuk format bebas B-spline tidak tegar
transformasi antara perwakilan yang berbeza (cth, mutlak lwn relatif
vektor). Juga mencipta transformasi pecahan.

convertx
Alat ini menukar antara format fail imej dan jenis data piksel. Ia juga boleh memohon
operasi imej yang mudah dan tujuan umum dalam proses. Bilangan sewenang-wenangnya
operasi boleh ditentukan pada baris arahan, yang akan digunakan tepat dalam
pesanan diberi.

dbtool
Alat ini mengubah suai dan menanyakan pangkalan data imej dan transformasi antara
Mereka.

dcm2image
Gabungkan set kepingan DICOM kepada susunan imej 3D

menggambarkan
Alat ini mencetak penerangan terperinci tentang fail input sebagai sama ada imej atau
transformasi.

memusnahkan
Program ini membetulkan artifak jalur dalam tindanan imej yang diperoleh yang boleh terhasil daripada
perbezaan skala keamatan antara kepingan.

detect_adni_phantom
Alat ini mengesan lokasi semua tanda tempat sfera dalam imej 3D
Hantu pengimejan struktur Magphan EMR051 (aka ADNI Phantom).

detect_spheres_matched_filter
Alat ini mengesan objek sfera dalam imej tiga dimensi.

dof2mat
Tukar penjelmaan affine daripada perwakilan darjah-kebebasan kepada bentuk matriks

dwi_mask_bad_slices
Alat ini membaca satu set imej MR berwajaran penyebaran 3D dan mencari kepingan buruk. A teruk
hirisan dalam imej resapan dikesan sebagai satu yang keamatan minnya berada di luar a
selang yang ditentukan di sekitar min bagi semua keping yang sepadan daripada
imej penyebaran yang tinggal.

epiunwarp
Betulkan herotan akibat ketidakhomogenan medan B0 dalam Imej Echo Planar (cth,
imej berwajaran penyebaran) menggunakan dua imej yang diperoleh dengan pengekodan fasa bertentangan
arahan.

fib2image
Hasil penjejakan gentian daripada alat Penjejakan Fiber UNC dibaca daripada Input Standard
dan semua titik gentian dilukis ke dalam imej 3D. Hasilnya ditulis dalam salah satu
format fail imej yang disokong.

fibxform
Fail dengan hasil penjejakan gentian daripada alat Penjejakan Fiber UNC dibaca daripada
Input Standard dan satu atau lebih transformasi koordinat (bercantum) digunakan
kepada semua koordinat titik gentian. Hasilnya ditulis kepada Output Standard, sekali lagi dalam
Format fail gentian UNC.

filem Alat ini membahagikan imej input berjalin ke dalam imej pas, mendaftarkannya bersama,
dan membina semula imej yang diperbetulkan gerakan

menapis
Alat ini menggunakan operator penapisan spatial, termasuk sensitif-noten
operator, berdasarkan kernel Gaussian terpilih.

fit_affine_dfield
Pasangkan penjelmaan afin linear kepada penjelmaan tidak tegar, sama ada penjepit B
ubah bentuk bentuk bebas atau medan ubah bentuk bukan parametrik.

fit_afine_xform
Muatkan penjelmaan afin linear ke senarai gabungan, terbalik pilihan,
transformasi.

fit_affine_xform_landmarks
Pasangkan transformasi afin linear pada set tanda tempat yang dipadankan.

fit_spline_dfield
Pasangkan penjelmaan tak tegar parametrik (ubah bentuk bentuk bebas spline B) kepada a
medan ubah bentuk

fit_spline_xform
Muatkan penjelmaan tak tegar parametrik (ubah bentuk bentuk bebas spline B) pada senarai
daripada gabungan, terbalik pilihan, transformasi.

fview

padanan geo
Alat ini membaca dua atau lebih imej dan menguji sama ada dimensi grid mereka, piksel
saiz, dan transformasi imej-ke-ruang sepadan. Secara pilihan, semua imej adalah
diorientasikan semula ke dalam orientasi standard sebelum melakukan ujian. Jika semua imej sepadan,
alat kembali dengan kod keluar 0, jika tidak ia kembali dengan kod keluar 2. Sekiranya berlaku
ralat (cth, salah satu imej tidak boleh dibaca), kod keluar ialah 1.

glm Pemodelan statistik keamatan piksel dalam berbilang imej menggunakan Linear Umum
Model.

hmm Bahagikan imej kepada kelas c menggunakan algoritma EM untuk campuran Gaussian dengan
keutamaan pilihan.

gregxform
ALAT INI SUDAH SUSUT. SILA GUNAKAN streamxform SEBALIKNYA.

groupwise_affine
Alat ini mendaftarkan populasi imej input secara serentak, tanpa templat,
menggunakan sama ada algoritma 'congealing' atau ukuran persamaan mengikut kumpulan berdasarkan a
penghampiran berterusan maklumat bersama ('RMI').

groupwise_init
Kira penjajaran afin awal untuk sekumpulan imej input, yang boleh digunakan sebagai
input untuk pendaftaran mengikut kumpulan

groupwise_warp
Alat ini secara tidak tegar mendaftarkan populasi imej input secara serentak, tanpa a
templat, menggunakan sama ada algoritma 'congealing' atau ukuran persamaan mengikut kumpulan
berdasarkan anggaran berterusan maklumat bersama ('RMI').

hausdorff
Alat ini mengira jarak Hausdorff antara dua imej label.

histogram
Buat histogram keamatan imej dan tulis sebagai fail teks yang dipisahkan tab ke
output standard

imagemath
Lakukan operasi pada imej menggunakan tatatanda postfix berasaskan tindanan.

interleaved_bad_slices
Alat ini membaca siri masa imej 3D dan mengesan outlier.

iteratif_shape_averaging

jidb Alat ini membahagikan imej input berjalin ke dalam imej pas, mendaftarkannya bersama,
dan membina semula imej yang diperbetulkan gerakan

set tahap
Pembahagian jenis levelset bagi latar depan/latar belakang menggunakan varians serantau minimum
tenaga

lmsba
Alat ini menggabungkan berbilang segmentasi berbilang kelas daripada berdaftar bersama dan
atlas yang diformat semula menggunakan Purata Berdasarkan Bentuk wajaran tempatan.

lsba Alat ini menggabungkan berbilang segmentasi binari daripada yang didaftarkan bersama dan diformatkan semula
atlas menggunakan Purata Berdasarkan Bentuk wajaran tempatan.

lvote
Alat ini menggabungkan berbilang segmentasi dari atlas yang didaftarkan bersama dan diformat semula
menggunakan undian berwajaran tempatan.

buat_initial_afine
Kira penjelmaan afin awal dengan menjajarkan pusat jisim atau paksi utama

mat2dof
Tukar matriks penjelmaan kepada darjah kebebasan

mcaffine
Pendaftaran imej afin berbilang saluran menggunakan berasaskan histogram atau berasaskan kovarians
ukuran entropi bersama

mcwarp
Pendaftaran imej B-spline tidak tegar berbilang saluran menggunakan berasaskan histogram atau
ukuran entropi sendi berasaskan kovarians

mk_adni_phantom
Hasilkan imej hantu penentukuran pengimejan struktur ADNI (aka Magphan
EMR051).

mk_analyze_hdr
Buat fail pengepala mengikut format Analzye 7.5 berdasarkan parameter yang dibekalkan pengguna untuk
geometri, jenis data, orientasi, dsb.

mk_nifti_hdr
Buat fail pengepala mengikut format fail NIFTI berdasarkan parameter yang dibekalkan pengguna untuk
geometri, jenis data, orientasi, dsb.

mk_phantom_3d
Hasilkan imej hantu digital 3D menggunakan pilihan arahan lukisan

mrbias
Program ini membetulkan artifak ketidakhomogenan intensiti dalam imej MR menggunakan bias
medan dianggarkan melalui pengecilan entropi.

bertindih
Kira ukuran pertindihan antara dua atau lebih imej

siasatan
Alat ini mencetak nilai piksel atau label simbolik pada senarai imej yang disediakan pengguna
koordinat.

pxsearch
Alat ini membaca fail imej, serta senarai koordinat piksel daripada standard
input. Untuk setiap piksel, kejiranan tempatan dalam imej dicari untuk
nilai maksimum. Lokasi maksimum kemudiannya ditulis kepada output standard.

reformatx
Alat pemformat semula volum lanjutan untuk mengira imej yang diformat semula dan peta Jacobian
jujukan sewenang-wenang transformasi bercantum

pendaftaran
Program ini melakukan pendaftaran imej tegar dan affine menggunakan resolusi berbilang
pengoptimuman ukuran persamaan imej berasaskan voxel.

pendaftaranx
Program ini melakukan pendaftaran imej tegar dan affine menggunakan resolusi berbilang
pengoptimuman ukuran persamaan imej berasaskan voxel.

mundur
Regresi linear (dan polinomial peringkat tinggi) medan ubah bentuk dan imej.

mengorientasikan semula
Tukar antara orientasi imej, iaitu, susun semula tatasusunan piksel secara fizikal dan sesuaikan
maklumat orientasi anatomi yang disimpan

SBA Segmen purata (medan label) menggunakan Transformasi Jarak Euclidean. Semua
imej input mestilah dalam ruang yang sama. EDT dikira dalam ruang ini juga. Lihat
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 untuk butiran algoritma asas.

sbai Segmen purata (medan label) menggunakan Transformasi Jarak Euclidean. ini
alat melakukan interpolasi bersama dan purata dengan interpolasi daripada EDT. ini
memerlukan input adalah transformasi daripada tetap yang sama kepada (tidak semestinya)
imej bergerak yang berbeza. Pengiraan EDT dilakukan dalam ruang setiap imej bergerak.
Lihat http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 untuk butiran asas
algoritma.

turutan
Menganalisis urutan nilai berangka, yang dibaca daripada input standard

kesamaan
Kirakan ukuran persamaan seperti perbezaan keamatan atau pertindihan label antara
dua imej.

berpecah
Pisahkan imej volum kepada sub-imej, iaitu, untuk mengasingkan imej bersilang ke dalam pas

statistik
Pengiraan statistik pada keamatan piksel imej, iaitu, min dan standard
penyelewengan

stream_pixels
Alat ini membaca satu atau lebih imej dan menulis semua pikselnya ke output standard
bentuk binari. Secara pilihan, setiap imej boleh diorientasikan semula kepada anatomi yang ditentukan
orientasi dan/atau ditukar kepada jenis data yang berbeza. Ini berguna untuk paip
data imej melalui saluran paip, cth, kit alat Camino DTI.

streamxform
Senarai koordinat titik format ASCII dibaca daripada input standard dan pengguna-
dengan syarat urutan penjelmaan koordinat (setiap pilihan songsang) digunakan
kepada mereka. Titik yang diubah kemudiannya ditulis kepada output standard.

sympl
Kira satah simetri anggaran imej untuk menentukan, sebagai contoh,
satah pertengahan sagittal dalam imej otak manusia. Pelbagai bentuk output disokong,
cth, menulis imej input dengan satah simetri yang dilukis ke dalamnya, atau input
imej dijajarkan semula di sepanjang satah simetri.

symplx
Kira satah simetri anggaran imej untuk menentukan, sebagai contoh,
satah pertengahan sagittal dalam imej otak manusia. Pelbagai bentuk output disokong,
cth, menulis imej input dengan satah simetri yang dilukis ke dalamnya, atau input
imej dijajarkan semula di sepanjang satah simetri.

ttest
Ujian mengikut arah piksel bagi kepentingan statistik. Juga mengira korelasi dan skor-z

tidak berpecah
Sertai tindanan imej yang berasingan ke dalam satu volum imej bersilang

unwarp_image_phantom
Alat ini mengira sama ada transformasi polinomial atau bentuk bebas B-spline
ubah bentuk untuk membongkar imej. Transformasi adalah berdasarkan jangkaan dan dikesan
tanda tempat dalam imej hantu struktur yang diperoleh pada pengimbas yang sama. Menggunakan
alat 'detect_adni_phantom' untuk mengesan tanda tempat ADNI Phantom dalam imej dan
jana fail penerangan hantu yang sesuai untuk digunakan dengan alat ini.

vol2csv
Alat ini mengira volum kawasan dalam imej label. Ia secara pilihan menerima
peta ketumpatan (cth, untuk tisu yang berbeza) dan mengira serta mencetak setiap wilayah
kandungan untuk setiap. Selain itu, alat ini boleh menerima peta 'volume piksel' pilihan ke akaun
untuk variasi volum piksel tempatan, cth, disebabkan herotan spatial.

suntikan_volume
Pembinaan semula volum resolusi tinggi daripada berbilang yang didaftarkan bersama (peleraian rendah)
imej menggunakan suntikan volum hadapan

volume_reconstruction
Pembinaan semula volum berulang daripada imej yang didaftarkan bersama menggunakan interpolasi songsang
atau penyahkaburan sendi

vtkxform
Fail VTK format ASCII dibaca daripada input standard dan koordinat yang disediakan pengguna
penjelmaan (secara pilihan songsang) digunakan pada koordinat bucu. A VTK
fail dengan mata yang diubah kemudiannya ditulis kepada output standard.

meledingkan Program ini melakukan pendaftaran imej tidak tegar menggunakan pengoptimuman berbilang resolusi
ukuran persamaan imej berasaskan voxel dan B-spline berbilang resolusi
model transformasi.

warp2ps
Tulis medan ubah bentuk sebagai grid cacat dalam format PostScript untuk visualisasi dan
ilustrasi

warpx
Program ini melakukan pendaftaran imej tidak tegar menggunakan pengoptimuman berbilang resolusi
ukuran persamaan imej berasaskan voxel dan B-spline berbilang resolusi
model transformasi.

xform2dfield
Tukarkan penjelmaan tegar atau tak tegar parametrik kepada medan ubah bentuk, dijadikan sampel pada
lokasi piksel imej rujukan yang diberikan

xform2itk
Alat ini menukarkan transformasi koordinat daripada format CMTK kepada format ITK dan, dalam
proses, juga betul untuk perbezaan dalam konvensyen koordinat imej

xform2scalar
Alat ini mengekstrak ukuran skalar daripada medan transformasi dan ubah bentuk,
diambil sampel di lokasi grid, dan menulis hasilnya pada imej. Contoh yang disokong
ukuran skalar ialah: x,y,z komponen penjelmaan, magnitud bagi
transformasi, dan penentu Jacobian.

PENGARANG

Torsten Rohlfing, dengan sumbangan daripada Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff, dan Yaroslav Halchenko

Gunakan cmtk dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net