codonw - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

codonw - Analisis Surat-menyurat Penggunaan Kodon

DESCRIPTION

codonW [inputfile] [outputfile] [bulkoutfile] [options] Pilihan umum dan lalai:

-h(elp)
Mesej bantuan ini

-nomenu
Elakkan antara muka menu dipaparkan

-nowarkan
Elakkan amaran tentang urutan dipaparkan

-senyap
Tulis ganti fail secara senyap

-jumlah
Gabungkan semua gen dalam fail input

-mesin
Output yang boleh dibaca mesin

-manusia Keluaran yang boleh dibaca manusia

-kod N
Kod genetik seperti yang ditakrifkan di bawah pilihan menu 3 5

-f_type N
Kodon Fop/CBI seperti yang ditakrifkan oleh menu 3 pilihan 6

-c_type N
Nilai kecergasan Cai seperti yang ditakrifkan oleh menu 3 pilihan 7

-t (char)
Pemisah lajur untuk digunakan dalam fail output (koma, tab, ruang)

Indeks penggunaan kodon dan indeks asid Amino

-cai kira Indeks Penyesuaian Kodon (CAI)

-fop kira Kekerapan indeks kodon OPtimal (FOP)

-cbi kira Indeks Bias Kodon (CBI)

-selain itu Bilangan Kodon Berkesan (ENc)

-gc Kandungan G+C gen (semua 3 kedudukan kodon)

-gcs3 GC kodon sinonim kedudukan ke-3

-sil_base
Komposisi asas pada kedudukan kodon ketiga yang sinonim

-L_sym Bilangan kodon sinonim

-L_aa Jumlah bilangan kodon sinonim dan tidak sinonim

-semua_indeks
Semua indeks di atas

-aro Kira aromatik protein

-hid Kira hidropatik protein

-cai_file
{file} Fail input pengguna bagi nilai CAI

-cbi_file
{file} Fail input pengguna bagi nilai CBI

-fop_file
{file} Fail input pengguna bagi nilai Fop

Pilihan analisis surat menyurat (COA).

-coa_cu
COA frekuensi penggunaan kodon

-coa_rscu
COA Penggunaan Kodon Sinonim Relatif

-coa_aa
COA kekerapan penggunaan asid amino

-pakar_coa
Hasilkan statistik terperinci (pakar) tentang COA

-coaxes N
Pilih bilangan paksi untuk dirakam

-bilangan_coa N
Pilih bilangan gen untuk digunakan untuk mengenal pasti nilai kodon optimum boleh menjadi keseluruhan
nombor atau peratusan (5 atau 10%)

Pilihan output pukal | hanya satu boleh dipilih setiap analisis

-aau Penggunaan Asid Amino (AAU)

-raau Penggunaan Asid Amino Relatif (RAAU)

-dengan Penggunaan Kodon (CU) (lalai)

-cutab Penjadualan penggunaan kodon

-cutot Penjadualan penggunaan kodon set data

-rscu Penggunaan Kodon Sinonim Relatif (RSCU)

-fasta format fasta

-kemas format fasta

-pembaca
Format pembaca (kodon dipisahkan oleh ruang)

-terjemah
Terjemahan konsep DNA kepada asid amino

-pangkalan Laporan terperinci komposisi kodon G+C

-dinuc Penggunaan dinukleotida bagi tiga pos kodon.

-noblk Tiada output pukal untuk ditulis ke fail

Di mana {file} mewakili nama fail input, dan N nilai integer Keluar terkawal <>

Gunakan codonw dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net