combineMUMs - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

mummer - pakej untuk penjajaran jujukan pelbagai genom

SINOPSIS

mummer-anotasi
menggabungkanMUMs
dnadiff [pilihan]atau [pilihan]-d<deltafail>
persis-tandem
jurang
paparan peta [pilihan]<coordsfail>[UTRkord][CDSkord]
mgaps [-d][-f][-l][-s]
mummer [pilihan]
mummerplot [pilihan]<perlawananfail>
nucmer [pilihan]
nucmer2xfig
promer [pilihan]
ulang-perlawanan [pilihan]
rungut1 <fastarujukan><fastapertanyaan>[-r]
rungut3 <fastarujukan><berbilang pantaspertanyaan>
menunjukkan-menjajarkan [pilihan]<refID><qryID>

Input ialah output .delta sama ada program "nucmer" atau "promer" yang dihantar pada
baris perintah.

Output adalah untuk stdout, dan terdiri daripada semua penjajaran antara pertanyaan dan rujukan
urutan yang dikenal pasti pada baris arahan.

NOTA: Tiada pengisihan dilakukan secara lalai, oleh itu penjajaran akan dipesan seperti yang terdapat dalam
yang input.
show-coords [pilihan]
tunjukkan-snps [pilihan]
tunjuk jubin [pilihan]

DESCRIPTION

PILIHAN

Semua alatan (kecuali untuk jurang) mematuhi pilihan -h, --help, -V dan --version seperti yang akan dilakukan
jangkakan. Bantuan ini sangat baik dan menjadikan halaman manual ini pada dasarnya usang.
menggabungkanMUMs Menggabungkan MUM dalam dengan memanjangkan perlawanan di luar hujung dan antara MUM.
ialah fail fasta bagi urutan rujukan. adalah pelbagai
fail fasta bagi urutan yang dipadankan dengan rujukan

-D Hanya output untuk melihat kedudukan perbezaan
dan watak
-n Benarkan padanan hanya antara nukleotida, iaitu, ACGT
-N num Break perlawanan di atau lebih berturut-turut bukan ACGT
tag -q Digunakan untuk melabel padanan pertanyaan
tag -r Digunakan untuk melabel padanan rujukan
-S Output semua perbezaan dalam rentetan
-t Label pertanyaan sepadan dengan pengepala cepat pertanyaan
-v num Tetapkan tahap verbose untuk output tambahan
-W fail Tetapkan semula nama fail output lalai witherrors.gaps
-x Jangan keluarkan fail .cover
-e Tetapkan pemotongan kadar ralat kepada e (cth 0.02 ialah dua peratus)
dnadiff Jalankan analisis perbandingan dua set jujukan menggunakan nucmer dan yang berkaitan
utiliti dengan parameter yang disyorkan. Lihat dokumentasi MUMmer untuk mendapatkan maklumat yang lebih terperinci
penerangan tentang output. Menghasilkan fail output berikut:

.laporan - Ringkasan penjajaran, perbezaan dan SNP
.delta - Output penjajaran nucmer standard
.1delta - penjajaran 1-ke-1 daripada penapis delta -1
.mdelta - penjajaran M-ke-M daripada delta-filter -m
.1coords - 1-to-1 koordinat daripada show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - Koordinat M-ke-M daripada show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP daripada show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Titik putus rujukan terkelas daripada show-diff -rH .mdelta
.qdiff - Titik putus qry terkelas daripada show-diff -qH .mdelta
.unref - ID rujukan tidak sejajar dan panjang (jika berkenaan)
.unqry - ID dan panjang pertanyaan tidak sejajar (jika berkenaan)

WAJIB:
rujukan Tetapkan rujukan input nama fail multi-FASTA
pertanyaan Tetapkan nama fail berbilang FASTA pertanyaan input
or
fail delta Fail penjajaran .delta tidak ditapis daripada nucmer

PILIHAN:
-d|delta Menyediakan fail delta prakiraan untuk analisis
-h
--help Paparkan maklumat bantuan dan keluar
-p|prefix Tetapkan awalan fail output (lalai "keluar")
-V
--version Paparkan maklumat versi dan keluar

paparan peta
-h
--help Paparkan maklumat bantuan dan keluar
-m|mag Tetapkan pembesaran di mana angka itu diberikan,
ini adalah pilihan untuk fig2dev yang digunakan untuk menjana
fail PDF dan PS (lalai 1.0)
-n|num Tetapkan bilangan fail output yang digunakan untuk membahagikan
output, ini adalah untuk mengelakkan menjana fail yang terlalu
besar untuk dipaparkan (lalai 10)
-p|prefix Tetapkan awalan fail output
(lalai "PROMER_graph atau NUCMER_graph")
-v
--verbose Pengelogan Verbose bagi fail yang diproses
-V
--version Paparkan maklumat versi dan keluar
Koordinat -x1 Tetapkan sempadan koordinat bawah paparan
-x2 coordinat Tetapkan sempadan atas koordinat paparan
-g|ref Jika fail input disediakan oleh 'mgaps', tetapkan
ID jujukan rujukan (seperti yang terdapat dalam lajur pertama
daripada fail kord UTR/CDS)
-I Paparkan nama urutan pertanyaan
-Ir Paparkan nama gen rujukan
mummer Cari dan keluarkan (untuk stdout) kedudukan dan panjang semua yang cukup panjang
padanan maksimum subrentetan dalam dan

-mak mengira padanan maksimum yang unik dalam kedua-dua jujukan
-mumcand sama seperti -mumreference
-mumreference mengira padanan maksimum yang unik dalam
urutan rujukan tetapi tidak semestinya dalam urutan pertanyaan
(lalai)
-maxmatch mengira semua padanan maksimum tanpa mengira keunikan mereka
-n hanya sepadan dengan aksara a, c, g atau t
mereka boleh dalam huruf besar atau kecil
-l menetapkan panjang minimum padanan
jika tidak ditetapkan, nilai lalai ialah 20
-b mengira padanan pelengkap ke hadapan dan belakang
-r hanya mengira padanan pelengkap terbalik
-s menunjukkan subrentetan yang sepadan
-c laporkan kedudukan pertanyaan bagi padanan pelengkap terbalik
berbanding dengan urutan pertanyaan asal
-F memaksa 4 lajur format output tanpa mengira bilangan
input jujukan rujukan
-L menunjukkan panjang jujukan pertanyaan pada baris pengepala
nuncmer
nucmer menjana penjajaran nukleotida antara dua input mutli-FASTA
fail. Dua fail output dihasilkan. Senarai fail output .cluster
kelompok padanan antara setiap urutan. Fail .delta menyenaraikan
jarak antara sisipan dan pemadaman yang menghasilkan pemarkahan maksimum
penjajaran antara setiap urutan.

WAJIB:
Rujukan Tetapkan rujukan input nama fail berbilang FASTA
Pertanyaan Tetapkan nama fail berbilang FASTA pertanyaan input

--mak Gunakan padanan sauh yang unik dalam kedua-dua rujukan
dan pertanyaan
--mumcand Sama seperti --mumreference
--mumreference Gunakan padanan sauh yang unik dalam rujukan
tetapi tidak semestinya unik dalam pertanyaan (tingkah laku lalai)
--maxmatch Gunakan semua padanan utama tanpa mengira keunikan mereka

-b|breaklen Tetapkan jarak yang akan cuba dilakukan oleh sambungan penjajaran
meluaskan kawasan pemarkahan yang lemah sebelum menyerah (lalai 200)
-c|mincluster Menetapkan panjang minimum kelompok padanan (lalai 65)
--[no]delta Togol penciptaan fail delta (lalai --delta)
--depend Cetak maklumat pergantungan dan keluar
-d|diagfactor Tetapkan faktor pemisahan perbezaan pepenjuru pengelompokan
(lalai 0.12)
--[no]lanjutkan Togol langkah sambungan kelompok (lalai --lanjutkan)
-f
--forward Gunakan hanya helai ke hadapan bagi urutan Pertanyaan
-g|maxgap Tetapkan jurang maksimum antara dua padanan bersebelahan dalam a
kelompok (lalai 90)
-h
--help Paparkan maklumat bantuan dan keluar
-l|minmatch Tetapkan panjang minimum padanan tunggal (lalai 20)
-o
--coords Menjana kord NUCmer1.1 asal secara automatik
fail output menggunakan program 'show-coords'
--[no]optimumkan Togol pengoptimuman skor penjajaran, iaitu jika penjajaran
sambungan mencapai penghujung jujukan, ia akan berundur
untuk mengoptimumkan skor penjajaran dan bukannya menamatkan
penjajaran pada penghujung jujukan (lalai --optimumkan)
-p|prefix Tetapkan awalan fail output (lalai "keluar")
-r
--reverse Gunakan hanya pelengkap terbalik bagi urutan Pertanyaan
--[no]permudahkan Permudahkan penjajaran dengan mengalih keluar kelompok berbayang. pusing
pilihan ini dimatikan jika menjajarkan jujukan kepada dirinya sendiri untuk melihat
untuk ulangan (lalai --mudahkan)

promer
promer menjana penjajaran asid amino antara dua input DNA mutli-FASTA
fail. Dua fail output dihasilkan. Senarai fail output .cluster
kelompok padanan antara setiap urutan. Fail .delta menyenaraikan
jarak antara sisipan dan pemadaman yang menghasilkan pemarkahan maksimum
penjajaran antara setiap urutan. Input DNA diterjemahkan ke dalam semua 6
membaca bingkai untuk menjana output, tetapi koordinat output
rujuk input DNA asal.

WAJIB:
Rujukan Tetapkan rujukan input fail DNA berbilang FASTA
Pertanyaan Tetapkan pertanyaan input fail DNA berbilang FASTA

--mak Gunakan padanan sauh yang unik dalam kedua-dua rujukan
dan pertanyaan
--mumcand Sama seperti --mumreference
--mumreference Gunakan padanan sauh yang unik dalam rujukan
tetapi tidak semestinya unik dalam pertanyaan (tingkah laku lalai)
--maxmatch Gunakan semua padanan utama tanpa mengira keunikan mereka

-b|breaklen Tetapkan jarak yang akan cuba dilakukan oleh sambungan penjajaran
meluaskan kawasan pemarkahan yang lemah sebelum berputus asa, diukur dalam
asid amino (lalai 60)
-c|mincluster Menetapkan panjang minimum gugusan padanan, diukur dalam
asid amino (lalai 20)
--[no]delta Togol penciptaan fail delta (lalai --delta)
--depend Cetak maklumat pergantungan dan keluar
-d|diagfactor Tetapkan faktor pemisahan perbezaan pepenjuru pengelompokan
(lalai .11)
--[no]lanjutkan Togol langkah sambungan kelompok (lalai --lanjutkan)
-g|maxgap Tetapkan jurang maksimum antara dua padanan bersebelahan dalam a
kelompok, diukur dalam asid amino (lalai 30)
-l|minmatch Tetapkan panjang minimum padanan tunggal, diukur dalam amino
asid (lalai 6)
-m|masklen Tetapkan lenth penutup hujung buku maksimum, diukur dalam amino
asid (lalai 8)
-o
--coords Menjana PROmer1.1 ".coords" asal secara automatik
fail output menggunakan program "show-coords".
--[no]optimumkan Togol pengoptimuman skor penjajaran, iaitu jika penjajaran
sambungan mencapai penghujung jujukan, ia akan berundur
untuk mengoptimumkan skor penjajaran dan bukannya menamatkan
penjajaran pada penghujung jujukan (lalai --optimumkan)

-p|prefix Tetapkan awalan fail output (lalai "keluar")
-x|matriks Tetapkan nombor matriks penjajaran kepada 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] atau 3 [BLOSUM 80] (lalai 2)
ulang-perlawanan Cari semua padanan tepat maksimum dalam
-E Gunakan carian menyeluruh (perlahan) untuk mencari padanan
-f Helai ke hadapan sahaja, jangan gunakan pelengkap terbalik
-n # Tetapkan panjang padanan tepat minimum kepada #
-t Hanya tandem keluaran berulang
-V # Tetapkan tahap cetakan verbose (debug) kepada #
menunjukkan-menjajarkan
-h Paparkan maklumat bantuan
-q Isih penjajaran mengikut koordinat mula pertanyaan
-r Isih penjajaran mengikut koordinat mula rujukan
-w int Tetapkan lebar skrin - lalai ialah 60
-x int Tetapkan jenis matriks - lalai ialah 2 (BLOSUM 62),
pilihan lain termasuk 1 (BLOSUM 45) dan 3 (BLOSUM 80)
nota: hanya mempunyai kesan pada penjajaran asid amino
show-coords
-b Menggabungkan penjajaran bertindih tanpa mengira dir padanan
atau bingkai dan tidak memaparkan sebarang maklumat identiti.
-B Tukar output kepada format btab
-c Sertakan maklumat liputan peratus dalam output
-d Paparkan arah penjajaran dalam tambahan
Lajur FRM (lalai untuk promer)
-g Pilihan ditamatkan. Sila gunakan 'penapis delta' sebaliknya
-h Paparkan maklumat bantuan
-H Jangan cetak pengepala output
-I float Tetapkan identiti peratus minimum untuk dipaparkan
-k Jajaran Kalah Mati (jangan paparkan) yang bertindih
penjajaran lain dalam bingkai berbeza sebanyak lebih daripada 50%
panjangnya, DAN mempunyai persamaan peratus yang lebih kecil
atau kurang daripada 75% daripada saiz penjajaran yang lain
(promer sahaja)
-l Sertakan maklumat panjang jujukan dalam output
-L panjang Tetapkan panjang penjajaran minimum untuk dipaparkan
-o Tuliskan penjajaran maksimum antara dua jujukan, iaitu
bertindih antara rujukan dan urutan pertanyaan
-q Isih baris keluaran mengikut ID dan koordinat pertanyaan
-r Isih baris keluaran mengikut ID rujukan dan koordinat
-T Tukar output kepada format tab-dihad

Input ialah output .delta sama ada program "nucmer" atau "promer" yang dihantar pada
baris perintah.

Output adalah untuk stdout, dan terdiri daripada senarai koordinat, peratus identiti dan lain-lain
maklumat berguna berkenaan data penjajaran yang terkandung dalam fail .delta yang digunakan sebagai
input.

NOTA: Tiada pengisihan dilakukan secara lalai, oleh itu penjajaran akan dipesan seperti yang ditemui
di dalam input.
tunjukkan-snps
-C Jangan laporkan SNP daripada penjajaran dengan samar-samar
pemetaan, iaitu hanya melaporkan SNP di mana [R] dan [Q]
lajur sama dengan 0 dan jangan keluarkan lajur ini
-h Paparkan maklumat bantuan
-H Jangan cetak pengepala output
-Saya Tidak melaporkan indels
-l Sertakan maklumat panjang jujukan dalam output
-q Isih baris keluaran mengikut ID pertanyaan dan kedudukan SNP
-r Isih baris keluaran mengikut ID rujukan dan kedudukan SNP
-S Tentukan penjajaran yang hendak dilaporkan dengan lulus
baris 'show-coords' ke stdin
-T Beralih kepada format yang dibataskan tab
-x int Sertakan x aksara konteks SNP sekeliling dalam
output, lalai 0

Input ialah output .delta sama ada program nucmer atau promer yang dihantar pada arahan
line.

Output adalah untuk stdout, dan terdiri daripada senarai SNP (atau penggantian asid amino untuk
promer) dengan jawatan dan maklumat berguna lain. Output akan diisih dengan -r secara lalai
dan lajur [BUFF] akan sentiasa merujuk kepada urutan yang kedudukannya telah diisih.
Nilai ini menentukan jarak dari SNP ini ke ketidakpadanan terdekat (akhir penjajaran,
indel, SNP, dll) dalam penjajaran yang sama, manakala lajur [DIST] menentukan jarak
daripada SNP ini ke hujung jujukan terdekat. SNP yang mana lajur [R] dan [Q] adalah
lebih besar daripada 0 harus dinilai dengan berhati-hati, kerana lajur ini menentukan bilangan
penjajaran lain yang bertindih dengan kedudukan ini. Gunakan -C untuk memastikan SNP hanya dilaporkan daripada
kawasan penjajaran unik.

tunjuk jubin
-a Terangkan laluan jubin dengan mencetak tab yang dipisahkan
koordinat kawasan penjajaran ke stdout
-c Andaikan urutan rujukan adalah bulat, dan benarkan
contigs berjubin untuk merentangi asal
-g int Tetapkan jurang maksimum antara penjajaran berkelompok [-1, INT_MAX]
Nilai -1 akan mewakili infiniti
(nucmer lalai = 1000)
(lalai promer = -1)
-i float Tetapkan identiti peratus minimum kepada jubin [0.0, 100.0]
(nucmer lalai = 90.0)
(lalai promer = 55.0)
-l int Tetapkan sambungan panjang minimum untuk melaporkan [-1, INT_MAX]
Nilai -1 akan mewakili infiniti
(lalai biasa = 1)
-p fail Keluarkan molekul pseudo pertanyaan bersambung ke 'fail'
-R Berurusan dengan contig berulang dengan meletakkannya secara rawak
dalam salah satu lokasi salinan mereka (menyiratkan -V 0)
-t file Keluarkan senarai contig gaya TIGR bagi setiap urutan pertanyaan
yang cukup sepadan dengan rujukan (bukan bulatan)
-u fail Keluarkan koordinat wilayah penjajaran yang dibataskan tab
daripada contigs yang tidak boleh digunakan untuk 'fail'
-v float Tetapkan liputan contig minimum kepada jubin [0.0, 100.0]
(nucmer lalai = 95.0) jumlah penjajaran individu
(promer lalai = 50.0) takat kawasan sintenik
-V float Tetapkan perbezaan liputan contig minimum [0.0, 100.0]
iaitu perbezaan yang diperlukan untuk menentukan satu penjajaran
adalah 'lebih baik' daripada penjajaran lain
(nucmer lalai = 10.0) jumlah penjajaran individu
(promer lalai = 30.0) takat kawasan sintenik
-x Terangkan laluan jubin dengan mencetak sambungan XML
menghubungkan maklumat dengan stdout

Input ialah output .delta program nucmer, dijalankan pada data jujukan yang hampir sama, atau
output .delta program promer, dijalankan pada data jujukan berbeza.

Output adalah untuk stdout, dan terdiri daripada lokasi yang diramalkan bagi setiap pertanyaan penjajaran
contig seperti yang dipetakan kepada urutan rujukan. Koordinat ini merujuk sejauh mana
keseluruhan contig pertanyaan, walaupun hanya peratusan tertentu contig itu sebenarnya
sejajar (melainkan pilihan -a digunakan). Lajur ialah, mula dalam ref, berakhir dalam ref, jarak ke
contig seterusnya, panjang contig ini, liputan penjajaran, identiti, orientasi dan ID
masing-masing.

Gunakan combineMUMs dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net