Ini ialah arahan create_matrix yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
create_matrix - hitung matriks persamaan kelimpahan genom
SINOPSIS
cipta_matriks [pilihan] NAMA
DESCRIPTION
Kira matriks persamaan.
Pertama, satu set bacaan disimulasikan untuk setiap genom rujukan menggunakan simulator baca daripada
core/tools.py ditentukan melalui -s. Kedua, bacaan simulasi setiap spesies dipetakan
terhadap semua genom rujukan menggunakan pemeta yang ditentukan dengan -m. Ketiga, terhasil
Fail-SAM dianalisis untuk mengira matriks persamaan. Matriks persamaan disimpan
sebagai fail numpy (-o).
PILIHAN
NAMA Nama fail bagi fail nama; fail nama teks biasa hendaklah mengandungi satu nama setiap
barisan. Nama digunakan sebagai pengecam dalam keseluruhan algoritma.
-h, - membantu
tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar
-s SIMULATOR, --simulator=SIMULATOR
Pengecam simulator baca yang ditakrifkan dalam core/tools.py [default: none]
-r RUJ, --rujukan=REF
Corak fail jujukan rujukan untuk simulator baca. Pemegang tempat untuk nama ialah
"%s". [lalai: ./ref/%s.fasta]
-m MAPPER, --pemeta=MAPPER
Pengecam pemeta yang ditakrifkan dalam core/tools.py [lalai: tiada]
-i INDEKS, --indeks=INDEKS
Fail indeks rujukan untuk pemeta baca. Pemegang tempat untuk nama ialah "%s".
[lalai: ./ref/%s.fasta]
-t SUHU, --temp=TEMP
Direktori untuk menyimpan set data simulasi sementara dan fail SAM. [lalai: ./temp]
-o KELUAR, --pengeluaran=OUT
Fail matriks persamaan output. [lalai: ./similarity_matrix.npy]
Gunakan create_matrix dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
