cutadapt - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

cutadapt - halaman manual untuk cutadapt 1.8.3

DESCRIPTION

versi cutadapt 1.8.3 Hak Cipta © 2010-2015 Marcel Martin[e-mel dilindungi]>

cutadapt mengalih keluar jujukan penyesuai daripada bacaan jujukan throughput tinggi.

Penggunaan:
cutadapt -a ADAPTER [pilihan] [-o output.fastq] input.fastq

Untuk berpasangan-akhir Berbunyi:
cutadapt -a ADAPT1 -A ADAPT2 [pilihan] -o keluar1.fastq -p keluar2.cepat masuk1.cepatq
dalam2.fastq

Gantikan "ADAPTER" dengan urutan sebenar penyesuai 3' anda. Aksara kad bebas IUPAC
disokong. Pelengkap terbalik *tidak* dicari secara automatik. Semua dibaca dari
input.fastq akan ditulis kepada output.fastq dengan urutan penyesuai dialih keluar. Penyesuai
pemadanan adalah tahan ralat. Urutan penyesuai berbilang boleh diberikan (guna lanjut -a
pilihan), tetapi hanya penyesuai padanan terbaik akan dialih keluar.

Input juga mungkin dalam format FASTA. Input dan output termampat disokong dan
dikesan secara automatik daripada nama fail (.gz, .xz, .bz2). Gunakan nama fail '-' untuk standard
input/output. Tanpa -o pilihan, output dihantar ke output standard.

Sesetengah lain tersedia ciri-ciri ialah:
* Pelbagai jenis penyesuai lain (penyesuai 5', penyesuai "campuran" 5'/3' dll.) *
Memangkas bilangan tapak tetap * Pemangkasan kualiti * Pemangkasan ruang warna dibaca *
Penapisan dibaca mengikut pelbagai kriteria

Gunakan "cutadapt - membantu" untuk melihat semua pilihan baris perintah. Lihat
http://cutadapt.readthedocs.org/ untuk dokumentasi penuh.

PILIHAN

--versi
tunjukkan nombor versi program dan keluar

-h, - membantu
tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar

-f FORMAT, --format=FORMAT
Format fail input; boleh sama ada 'fasta', 'fastq' atau 'sra-fastq'. Diabaikan bila
membaca fail csfasta/qual (lalai: auto-kesan daripada sambungan nama fail).

Pilihan yang mempengaruhi cara penyesuai ditemui:

Setiap tiga parameter berikut (-a, -b, -g) boleh digunakan beberapa kali dan
dalam sebarang kombinasi untuk mencari keseluruhan set penyesuai yang mungkin berbeza
jenis. Hanya penyesuai padanan terbaik dipangkas daripada setiap bacaan (tetapi lihat
--kali pilihan). Daripada memberikan penyesuai secara langsung, anda juga boleh menulis
file:FILE dan urutan penyesuai akan dibaca dari FILE yang diberikan (yang mesti
dalam format FASTA).

-a Adapter, --penyesuai=ADAPTER
Urutan penyesuai yang diikat ke hujung 3'. Penyesuai itu sendiri dan
apa-apa yang berikut dipangkas. Jika urutan penyesuai berakhir dengan '$'
aksara, penyesuai dilabuhkan pada penghujung bacaan dan hanya ditemui jika ia adalah a
akhiran bacaan.

-g Adapter, --depan=ADAPTER
Urutan penyesuai yang diikat ke hujung 5'. Jika urutan penyesuai
bermula dengan aksara '^', penyesuai 'berlabuh'. Penyesuai berlabuh mesti
muncul secara keseluruhannya pada penghujung 5' bacaan (ia adalah awalan bacaan). A
penyesuai tidak berlabuh mungkin kelihatan sebahagiannya pada hujung 5', atau ia mungkin berlaku dalam
membaca. Jika ia ditemui dalam bacaan, urutan sebelum penyesuai juga
dipangkas. Dalam semua kes, penyesuai itu sendiri dipangkas.

-b Adapter, --di mana sahaja=ADAPTER
Urutan penyesuai yang diikat pada hujung 5' atau 3'. Jika penyesuai adalah
ditemui dalam bacaan atau bertindih pada hujung 3' bacaan, tingkah laku adalah
sama seperti untuk -a pilihan. Jika penyesuai bertindih dengan hujung 5' (permulaan
baca), bahagian awal bacaan yang sepadan dengan penyesuai dipangkas, tetapi
apa-apa yang berikut disimpan.

-e ERROR_RATE, --kadar-ralat=ERROR_RATE
Kadar ralat maksimum yang dibenarkan (bilangan ralat dibahagikan dengan panjang padanan
rantau) (lalai: 0.1)

--tiada-indels
Jangan benarkan indel dalam penjajaran (benarkan hanya ketidakpadanan). Buat masa ini sahaja
disokong untuk penyesuai berlabuh. (lalai: benarkan kedua-dua ketidakpadanan dan indel)

-n COUNT, --kali=COUNT
Cuba alih keluar penyesuai paling banyak COUNT kali. Berguna apabila penyesuai ditambah
beberapa kali (lalai: 1).

-O PANJANG, --tindih=LENGTH
Panjang pertindihan minimum. Jika pertindihan antara bacaan dan penyesuai adalah lebih pendek
daripada LENGTH, bacaan tidak diubah suai. Ini mengurangkan no. asas dipangkas semata-mata
disebabkan padanan penyesuai rawak pendek (lalai: 3).

--match-read-wildcards
Benarkan kad bebas IUPAC dalam bacaan (lalai: Palsu).

-N, --tiada-padanan-penyesuai-wildcards
Jangan tafsir kad bebas IUPAC dalam penyesuai.

Pilihan untuk menapis bacaan yang diproses:

--buang-dipotong, --buang
Buang bacaan yang mengandungi penyesuai dan bukannya memangkasnya. Juga gunakan -O in
perintah untuk mengelakkan membuang terlalu banyak bacaan padanan secara rawak!

--buang-tidak dipangkas, --dipangkas-sahaja
Buang bacaan yang tidak mengandungi penyesuai.

-m PANJANG, --panjang-minimum=LENGTH
Buang bacaan dipangkas yang lebih pendek daripada LENGTH. Bacaan yang terlalu pendek walaupun
sebelum penyingkiran penyesuai juga dibuang. Dalam ruang warna, buku asas awal tidak
dikira (lalai: 0).

-M PANJANG, --panjang-maksimum=LENGTH
Buang bacaan dipangkas yang lebih panjang daripada LENGTH. Bacaan yang terlalu panjang malah
sebelum penyingkiran penyesuai juga dibuang. Dalam ruang warna, buku asas awal tidak
dikira (lalai: tiada had).

--tiada-trim
Padankan dan ubah hala bacaan ke output/output tidak dipangkas seperti biasa, tetapi jangan alih keluar
penyesuai.

--maks-n=LENGTH
Perkadaran maksimum N yang dibenarkan dalam bacaan. Nombor < 1 akan dianggap sebagai a
perkadaran manakala nombor > 1 akan dianggap sebagai bilangan maksimum N
terkandung.

--penyesuai topeng
Penyesuai topeng dengan aksara 'N' dan bukannya memangkasnya.

Pilihan yang mempengaruhi perkara yang mendapat output ke mana:

--senyap
Jangan cetak laporan pada penghujungnya.

-o FAIL, --pengeluaran=FAIL
Tulis bacaan yang diubah suai kepada FILE. Format FASTQ atau FASTA dipilih bergantung pada input.
Laporan ringkasan dihantar ke output standard. Gunakan '{name}' dalam FILE untuk demultiplex
dibaca ke dalam beberapa fail. (lalai: bacaan dipangkas ditulis pada output standard)

--fail-maklumat=FAIL
Tulis maklumat tentang setiap bacaan dan penyesuainya sepadan dengan FILE. Lihat
dokumentasi untuk format fail.

-r FAIL, --rehat-fail=FAIL
Apabila penyesuai sepadan di tengah-tengah bacaan, tulis yang lain (selepas
penyesuai) ke dalam FILE.

--fail-wildcard=FAIL
Apabila penyesuai mempunyai asas kad bebas ('N's), tulis pangkalan penyesuai yang sepadan dengan kad bebas
jawatan untuk FAIL. Apabila terdapat indel dalam penjajaran, ini selalunya tidak
tepat.

--output-terlalu-pendek=FAIL
Tulis bacaan yang terlalu pendek (mengikut panjang yang ditentukan oleh -m) kepada FILE.
(lalai: buang bacaan)

--output-terlalu-panjang=FAIL
Tulis bacaan yang terlalu panjang (mengikut panjang yang ditentukan oleh -M) kepada FILE.
(lalai: buang bacaan)

--output-tidak dipangkas=FAIL
Tulis bacaan yang tidak mengandungi penyesuai kepada FILE. (lalai: output ke fail yang sama
seperti yang dibacakan dipangkas)

Pengubahsuaian tambahan kepada bacaan:

-u PANJANG, --potong=LENGTH
Alih keluar pangkalan LENGTH dari awal atau akhir setiap bacaan. Jika LENGTH positif,
asas dikeluarkan dari awal setiap bacaan. Jika LENGTH adalah negatif, maka
asas dikeluarkan dari akhir setiap bacaan. Pilihan ini boleh ditentukan dua kali jika
PANJANG mempunyai tanda yang berbeza.

-q [5'POTONG,]3'POTONG, --kualiti-potongan=[5'POTONG,]3'POTONG
Potong tapak berkualiti rendah daripada 5' dan/atau 3' hujung bacaan sebelum dialih keluar penyesuai. Jika
satu nilai diberikan, hanya hujung 3' dipangkas. Jika dua keratan dipisahkan koma ialah
diberikan, hujung 5' dipangkas dengan potongan pertama, hujung 3' dengan yang kedua. The
algoritma adalah sama seperti yang digunakan oleh BWA (lihat dokumentasi). (lalai: tidak
pemangkasan)

--kualiti-asas=QUALITY_BASE
Andaikan bahawa nilai kualiti dikodkan sebagai ascii(quality + QUALITY_BASE). The
lalai (33) biasanya betul, kecuali untuk bacaan yang dihasilkan oleh beberapa versi
Saluran paip Illumina, di mana ini harus ditetapkan kepada 64. (Lalai: 33)

--trim-n
Potong N di hujung bacaan.

-x AWAL, --awalan=PERMULAAN
Tambahkan awalan ini untuk membaca nama

-y SUFIKS, --akhiran=SUFIKS
Tambahkan akhiran ini untuk membaca nama

--strip-akhiran=STRIP_SUFFIX
Alih keluar akhiran ini daripada nama baca jika ada. Boleh diberi beberapa kali.

-c, --ruang warna
Mod ruang warna: Potong juga warna yang bersebelahan dengan penyesuai yang ditemui.

-d, --double-encode
Apabila dalam ruang warna, warna pengekodan dua kali (peta 0,1,2,3,4 hingga A,C,G,T,N).

-t, --trim-primer
Apabila dalam ruang warna, potong asas primer dan warna pertama (iaitu peralihan
kepada nukleotida pertama)

--jalur-f3
Untuk ruang warna: Tanggalkan akhiran _F3 nama yang dibaca

--maq, --bwa
Output ruang warna yang serasi dengan MAQ dan BWA. Ini membolehkan -c, -d, -t, --jalur-f3 and
-y '/1'.

--tag panjang=TAG
Cari TAG diikuti dengan nombor perpuluhan dalam medan perihalan bacaan.
Gantikan nombor perpuluhan dengan panjang yang betul bagi bacaan yang dipangkas. Untuk
contoh, guna --tag panjang 'length=' untuk membetulkan medan seperti 'length=123'.

--tiada-sifar-topi
Jangan tukar nilai kualiti negatif kepada sifar. Nilai kualiti ruang warna bagi -1
akan muncul sebagai ruang dalam fail FASTQ output. Oleh kerana banyak alat mempunyai masalah
dengan itu, kualiti negatif ditukar kepada sifar apabila memangkas data ruang warna.
Gunakan pilihan ini untuk mengekalkan kualiti negatif.

-z, --topi sifar
Tukar nilai kualiti negatif kepada sifar. Ini didayakan secara lalai apabila
-c/--ruang warna juga didayakan. Gunakan pilihan di atas untuk melumpuhkannya.

Pilihan akhir berpasangan.:

. -A/-G/-B/-U pilihan berfungsi seperti mereka -a/-b/-g/-u rakan sejawat.

-A ADAPTER
Penyesuai 3' untuk dikeluarkan daripada bacaan kedua dalam sepasang.

-G ADAPTER
Penyesuai 5' untuk dikeluarkan daripada bacaan kedua dalam sepasang.

-B ADAPTER
Penyesuai 5'/3 untuk dikeluarkan daripada bacaan kedua dalam sepasang.

-U LENGTH
Keluarkan pangkalan LENGTH dari awal atau akhir setiap bacaan (lihat --potong).

-p FAIL, --output berpasangan=FAIL
Tulis bacaan kedua dalam pasangan ke FILE.

--tidak dipangkas-berpasangan-output=FAIL
Tulis bacaan kedua dalam pasangan ke FILE ini apabila tiada penyesuai ditemui dalam yang pertama
membaca. Gunakan pilihan ini bersama-sama dengan --output-tidak dipangkas apabila memangkas hujung berpasangan
membaca. (Lalai: output ke fail yang sama seperti bacaan yang dipangkas.)

Gunakan cutadapt dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net