Ini ialah perintah diffseqe yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
diffseq - Bandingkan dan laporkan ciri dua jujukan yang serupa
SINOPSIS
diffseq -urutan turutan -berturutan turutan -saiz perkataan integer
[-perbezaan global boolean] -fail luar melaporkan -aoutfeat featout -boutfeat featout
diffseq -membantu
DESCRIPTION
diffseq ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Alignment:Differences".
PILIHAN
Input seksyen
-urutan turutan
-berturutan turutan
diperlukan seksyen
-saiz perkataan integer
Kawasan serupa antara dua jujukan ditemui dengan mencipta jadual cincang bagi
'susulan bersaiz perkataan'. 10 ialah lalai yang munasabah. Menjadikan nilai ini lebih besar (20?)
boleh mempercepatkan program sedikit, tetapi akan bermakna bahawa mana-mana dua perbezaan dalam
'saiz perkataan' antara satu sama lain akan dikumpulkan sebagai satu kawasan perbezaan. Nilai ini
boleh dibuat lebih kecil (4?) untuk meningkatkan resolusi perbezaan yang berdekatan, tetapi
program akan berjalan lebih perlahan. Nilai lalai: 10
Tambahan seksyen
-perbezaan global boolean
Biasanya program ini akan mencari kawasan identiti yang panjangnya
saiz perkataan yang ditentukan atau lebih besar dan kemudian akan melaporkan kawasan perbezaan antara
kawasan yang sepadan ini. Ini berfungsi dengan baik dan itulah yang diingini oleh kebanyakan orang jika mereka mahu
bekerja dengan jujukan asid nukleik bertindih panjang. Anda biasanya tidak berminat
dalam hujung yang tidak bertindih bagi urutan ini. Jika anda mempunyai urutan protein atau pendek
Jujukan RNA walau bagaimanapun, anda akan berminat dengan perbezaan di bahagian paling hujung . Ia
pilihan ini ditetapkan sebagai benar maka perbezaan di hujung juga akan dilaporkan.
Nilai lalai: N
Output seksyen
-fail luar melaporkan
-aoutfeat featout
Fail untuk output ciri jujukan pertama Nilai lalai: $(sequence.name).diffgff
-boutfeat featout
Fail untuk output ciri jujukan kedua Nilai lalai: $(bsequence.name).diffgff
Gunakan diffseqe dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
