dsr2xml - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

dsr2xml - Tukar fail DICOM SR dan set data kepada XML

SINOPSIS

dsr2xml [pilihan] dsrfile-in [xmlfile-out]

DESCRIPTION

. dsr2xml utiliti menukar kandungan dokumen Pelaporan Berstruktur (SR) DICOM
(format fail atau set data mentah) kepada XML (Bahasa Penanda Boleh Diperluas). Skema XML
dsr2xml.xsd belum lagi mengikut mana-mana format standard. Walau bagaimanapun dsr2xml permohonan
mungkin dipertingkatkan dalam aspek ini pada masa hadapan (cth. dengan menyokong HL7/CDA - Clinical
Seni Bina Dokumen).

If dsr2xml membaca set data mentah (data DICOM tanpa pengepala meta format fail) ia akan
cuba meneka sintaks pemindahan dengan memeriksa beberapa bait pertama fail. Ia adalah
tidak selalu mungkin untuk meneka sintaks pemindahan dengan betul dan lebih baik untuk menukar a
set data kepada format fail apabila boleh (menggunakan dcmconv utiliti). Ia juga
mungkin untuk menggunakan -f and -t[ieb] pilihan untuk memaksa dsr2xml untuk membaca set data dengan a
sintaks pemindahan tertentu.

PARAMETER

nama fail input DICOM SR dsrfile-in untuk ditukar

xmlfile-out nama fail keluaran XML (lalai: stdout)

PILIHAN

umum pilihan
-h --bantuan
cetak teks bantuan ini dan keluar

--versi
maklumat versi cetakan dan keluar

--hujah
cetak argumen baris perintah yang dikembangkan

-q --senyap
mod senyap, tiada cetak amaran dan ralat

-v --verbose
mod verbose, butiran pemprosesan cetakan

-d --debug
mod nyahpepijat, cetak maklumat nyahpepijat

-ll --log-level [l]evel: pemalar rentetan
(maut, ralat, amaran, maklumat, nyahpepijat, jejak)
gunakan tahap l untuk pembalak

-lc --log-config [f]ilename: string
gunakan fail konfigurasi f untuk pembalak

input pilihan
format fail input:

+f --read-file
baca format fail atau set data (lalai)

+fo --baca-fail-sahaja
baca format fail sahaja

-f --baca-set data
baca set data tanpa maklumat meta fail

sintaks pemindahan input:

-t= --read-xfer-auto
gunakan pengecaman TS (lalai)

-td --read-xfer-detect
abaikan TS yang dinyatakan dalam pengepala meta fail

-te --baca-xfer-sedikit
baca dengan TS endian kecil VR eksplisit

-tb --baca-xfer-besar
baca dengan eksplisit VR big endian TS

-ti --baca-xfer-tersirat
baca dengan TS endian kecil VR tersirat

pemprosesan pilihan
pengendalian ralat:

-Er --hubungan-tidak diketahui
terima jenis perhubungan yang tidak diketahui/hilang

-Ev --nilai-item-tidak sah
terima nilai item kandungan yang tidak sah
(cth pelanggaran definisi VR atau VM)

-Ec --abaikan-kekangan
mengabaikan kekangan kandungan perhubungan

-Ee --abaikan-ralat-item
jangan batalkan ralat item kandungan, cuma beri amaran
(cth tiada atribut jenis nilai tertentu)

-Ei --langkau-item-tidak sah
langkau item kandungan tidak sah (termasuk subpokok)

-Dv --disable-vr-checker
lumpuhkan semakan untuk nilai rentetan pematuhan VR

set watak tertentu:

+Cr --charset-require
memerlukan pengisytiharan charset lanjutan (lalai)

+Ca --charset-assume [c]harset: string
anggap charset c jika tiada charset lanjutan diisytiharkan

+Cc --charset-check-semua
semak semua elemen data dengan nilai rentetan
(lalai: hanya PN, LO, LT, SH, ST dan UT)

# pilihan ini hanya digunakan untuk pemetaan kepada yang sesuai
# Pengekodan aksara XML, tetapi bukan untuk penukaran kepada UTF-8

+U8 --tukar-ke-utf8
menukar semua nilai elemen yang terjejas
oleh Set Aksara Khusus (0008,0005) kepada UTF-8

# memerlukan sokongan daripada libiconv toolkit

output pilihan
pengekodan:

+Ea --attr-semua
mengekodkan segala-galanya sebagai atribut XML
(pintasan untuk +Ec, +Er, +Ev dan +Et)

+Ec --attr-code
nilai kod kod, penentu skema pengekodan
dan versi skema pengekodan sebagai atribut XML

+Er --attr-relationship
mengekod jenis perhubungan sebagai atribut XML

+Ev --attr-value-type
mengekod jenis nilai sebagai atribut XML

+Et --attr-template-id
kod id templat sebagai atribut XML

+Ee --templat-sampul surat
elemen templat menyertakan item kandungan
(memerlukan +Wt, membayangkan +Et)

Struktur XML:

+Xs --add-schema-reference
tambah rujukan kepada Skema XML "dsr2xml.xsd"
(bukan dengan +Ea, +Ec, +Er, +Ev, +Et, +Ee, +We)

+Xn --use-xml-namespace
tambahkan pengisytiharan ruang nama XML pada elemen akar

menulis:

+Kami --tulis-teg-kosong
tulis semua tag walaupun nilainya kosong

+Wi --write-item-id
sentiasa tulis pengecam item

+Wt --write-template-id
tulis maklumat pengenalan templat

NOTA

DICOM Kesesuaian
. dsr2xml utiliti menyokong Kelas SOP berikut:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
EnhancedSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Storan Komprehensif 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Komprehensif3DSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedureLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MamografiCADSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRadiationDoseSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiofarmaseutikalRadiasiDosSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
PenyimpananDokumenPelan Implantasi 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Sila ambil perhatian bahawa pada masa ini hanya mandatori dan beberapa atribut pilihan disokong.

Watak Pengekodan
Pengekodan XML ditentukan secara automatik daripada atribut DICOM (0008,0005)
'Set Aksara Khusus' menggunakan pemetaan berikut:

ASCII (ISO_IR 6) => "UTF-8"
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
Cyrillic "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
Bahasa Arab "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
Greek "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
Ibrani "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"

Jika atribut DICOM ini tiada dalam fail input, walaupun diperlukan, pilihan --charset-
anggap boleh digunakan untuk menentukan set aksara yang sesuai secara manual (menggunakan salah satu daripada
istilah yang ditakrifkan DICOM).

Set berbilang aksara tidak disokong (hanya nilai atribut pertama dipetakan
kes kepelbagaian nilai). Jika perlu, pilihan --tukar-ke-utf8 boleh digunakan untuk menukar
fail DICOM atau set data kepada pengekodan UTF-8 sebelum penukaran kepada format XML.

RALAT PENGENDALIAN
Sila berhati-hati dengan pilihan pemprosesan --hubungan-tidak diketahui, --item-tidak sah-
nilai, --abaikan-kekangan, --abaikan-item-errors and --langkau-item-tidak sah sejak mereka
lumpuhkan semakan pengesahan tertentu pada fail input DICOM SR dan, oleh itu, mungkin terhasil
dalam keluaran konforman bukan piawai. Walau bagaimanapun, mungkin terdapat sebab untuk menggunakan satu atau lebih
daripada pilihan ini, cth. untuk membaca dan memproses dokumen SR yang dikodkan secara salah.

Batasan
Skema XML dsr2xml.xsd tidak menyokong semua variasi dsr2xml format keluaran.
Walau bagaimanapun, format output lalai (tambah pilihan --use-xml-namespace) harus berfungsi.

MASUK

Tahap output pengelogan pelbagai alatan baris arahan dan perpustakaan asas boleh
ditentukan oleh pengguna. Secara lalai, hanya ralat dan amaran ditulis kepada standard
aliran ralat. Menggunakan pilihan --verbose juga mesej maklumat seperti butiran pemprosesan
dilaporkan. Pilihan --nyahpepijat boleh digunakan untuk mendapatkan butiran lanjut tentang aktiviti dalaman,
cth untuk tujuan penyahpepijatan. Tahap pembalakan lain boleh dipilih menggunakan pilihan --log-
tahap. dalam --senyap mod hanya ralat maut dilaporkan. Dalam kejadian ralat yang sangat teruk,
permohonan biasanya akan ditamatkan. Untuk butiran lanjut tentang tahap pembalakan yang berbeza,
lihat dokumentasi modul 'oflog'.

Sekiranya output pembalakan harus ditulis ke fail (sebagai pilihan dengan putaran fail log),
kepada syslog (Unix) atau pilihan log peristiwa (Windows). --log-config boleh digunakan. ini
fail konfigurasi juga membenarkan untuk mengarahkan hanya mesej tertentu ke output tertentu
strim dan untuk menapis mesej tertentu berdasarkan modul atau aplikasi di mana ia
dijana. Contoh fail konfigurasi disediakan dalam /logger.cfg.

COMMAND LINE

Semua alatan baris arahan menggunakan tatatanda berikut untuk parameter: kurungan segi empat sama sertakan
nilai pilihan (0-1), tiga titik mengekor menunjukkan bahawa berbilang nilai dibenarkan
(1-n), gabungan kedua-duanya bermakna 0 hingga n nilai.

Pilihan baris arahan dibezakan daripada parameter dengan tanda '+' atau '-' terkemuka,
masing-masing. Biasanya, susunan dan kedudukan pilihan baris arahan adalah sewenang-wenangnya (iaitu mereka
boleh muncul di mana-mana). Walau bagaimanapun, jika pilihan adalah saling eksklusif penampilan paling kanan
digunakan. Tingkah laku ini mematuhi peraturan penilaian standard cengkerang Unix biasa.

Selain itu, satu atau lebih fail arahan boleh ditentukan menggunakan tanda '@' sebagai awalan kepada
nama fail (cth @command.txt). Hujah arahan sedemikian digantikan dengan kandungan
fail teks yang sepadan (berbilang ruang putih dianggap sebagai pemisah tunggal melainkan
ia muncul di antara dua tanda petikan) sebelum sebarang penilaian selanjutnya. Sila ambil perhatian bahawa
fail arahan tidak boleh mengandungi fail arahan lain. Pendekatan yang mudah tetapi berkesan ini
membolehkan seseorang meringkaskan gabungan biasa pilihan/parameter dan mengelakkan longish dan
baris arahan yang mengelirukan (contoh disediakan dalam fail /dumppat.txt).

PERSEKITARAN

. dsr2xml utiliti akan cuba memuatkan kamus data DICOM yang dinyatakan dalam
DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran. Secara lalai, iaitu jika DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran
tidak ditetapkan, fail /dicom.dic akan dimuatkan melainkan kamus dibina
ke dalam aplikasi (lalai untuk Windows).

Tingkah laku lalai harus diutamakan dan DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran sahaja
digunakan apabila kamus data alternatif diperlukan. The DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran
mempunyai format yang sama seperti cangkerang Unix PATH pembolehubah dalam itu titik bertindih (':') memisahkan
entri. Pada sistem Windows, koma bertitik (';') digunakan sebagai pemisah. Kamus data
kod akan cuba memuatkan setiap fail yang dinyatakan dalam DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran. Ia
adalah ralat jika tiada kamus data boleh dimuatkan.

Gunakan dsr2xml dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net