Ini ialah arahan ecoPCR yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
ecoPCR - mencari kacukan jujukan dan taksonomi dengan primer yang diberikan
SINOPSIS
ecoPCR [pilihan] <nukleotidik corak>
DESCRIPTION
ecoPCR ialah perisian PCR elektronik yang dibangunkan oleh LECA dan Helix-Project. Ia membantu untuk
anggaran kualiti primer kod bar.
PILIHAN
-a : Kepekatan garam dalam M untuk pengiraan Tm (lalai 0.05 M)
-c : Pertimbangkan bahawa jujukan pangkalan data adalah [c]bulat
-d : [D]atabase : untuk memadankan format yang diharapkan, pangkalan data
perlu diformatkan terlebih dahulu oleh ecoPCRFormat(1) program. ecoPCRFormat(1) mencipta
tiga jenis fail:
.sdx : mengandungi jujukan
.tdx : mengandungi maklumat berkenaan taksonomi
.rdx : mengandungi pangkat taksonomi
ecoPCR memerlukan semua jenis fail. Akibatnya, anda perlu menulis radikal pangkalan data
tanpa sebarang sambungan. Sebagai contoh /ecoPCRDB/gbmam
-D : Mengekalkan bilangan nukleotida yang ditentukan pada setiap sisi in silico
jujukan diperkuat (termasuk serpihan DNA yang diperkuat ditambah dua sasaran
urutan primer).
-e : [E]ralat : ralat maksimum yang dibenarkan oleh oligonukleotida (0 secara lalai)
-h : [H]bantuan - cetak membantu
-i : [Saya] mengabaikan id taksonomi yang diberikan.
Id taksonomi tersedia menggunakan program ecofind. lihat bantuannya menaip ecofind
-h untuk maklumat lanjut.
-k : [K] mod ingdom : tetapkan mod kerajaan
mod kerajaan super secara lalai.
-l : minimum [L]ength : tentukan panjang amplikasi minimum.
-L : maksimum [L]ength : tentukan panjang amplikasi maksimum.
-m : Kaedah pembetulan garam untuk pengiraan Tm (SANTALUCIA : 1
atau OWCZARZY:2, lalai=1)
-r : [R]menghadkan carian kepada id taksonomi yang diberikan.
Id taksonomi tersedia menggunakan program ecofind. lihat bantuannya menaip ecofind
-h untuk maklumat lanjut.
hujah pertama: oligonukleotida untuk helai langsung
hujah kedua: oligonukleotida untuk untaian terbalik
Penerangan keputusan jadual:
lajur 1 : nombor penyertaan
lajur 2 : panjang jujukan
lajur 3 : id taksonomi
lajur 4 : pangkat
lajur 5 : id taksonomi spesies
lajur 6 : nama saintifik
lajur 7 : id taksonomi genus
lajur 8 : nama genus
lajur 9 : id taksonomi keluarga
lajur 10 : nama keluarga
lajur 11 : id taksonomi kerajaan super
lajur 12 : nama kerajaan super
lajur 13 : helai (langsung atau terbalik)
lajur 14 : oligonukleotida pertama
lajur 15 : bilangan ralat untuk untaian pertama
lajur 16 : Tm untuk hibridisasi primer 1 di tapak ini
lajur 17 : oligonukleotida kedua
lajur 18 : bilangan ralat untuk helai kedua
lajur 19 : Tm untuk hibridisasi primer 1 di tapak ini
lajur 20 : panjang penguatan
lajur 21 : urutan
lajur 22 : definisi
Gunakan ecoPCR dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
