eprimer3e - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

eprimer3 - Memilih primer PCR dan oligos hibridisasi

SINOPSIS

eprimer3 -urutan seqall [- primer togol] -tugas senarai [-hybridprobe togol]
-mishyblibraryfile dalam fail -mispriminglibraryfile dalam fail [-bilangan pulangan integer]
[-termasuk kawasan pelbagai] [-wilayah sasaran pelbagai] [-wilayah dikecualikan pelbagai]
[-masukan hadapan rentetan] [-input terbalik rentetan] -gcclamp integer -bersaiz integer
-saiz kecil integer -saiz maksima integer -otm terapung -mintm terapung -maxtm terapung
-maxdifftm terapung -ogcpercent terapung -mingc terapung -maxgc terapung -saltconc terapung
-dnaconc terapung -maxpolyx integer -psizeopt integer -prange pelbagai -ptmopt terapung
-ptmmin terapung -ptmmax terapung -wilayah tidak termasuk pelbagai -oligoinput rentetan
-osizeopt integer -ominsize integer -saiz omax integer -otmopt terapung -otmmin terapung
-otmmax terapung -ogcopt terapung -ogcmin terapung -ogcmax terapung -osaltconc terapung
-odnaconc terapung -onyself terapung -sendiri terapung -polyxmax integer
-omishybmax terapung -terangkan bendera boolean -bendera fail boolean -firstbaseindex integer
-pickanyway boolean -maxmispriming terapung -pairmaxmispriming terapung
-numnsaccepted integer -selfany terapung -selfend terapung -kestabilan maksimum terapung
-fail luar fail luar

eprimer3 -membantu

DESCRIPTION

eprimer3 ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Nukleik: Primer".

PILIHAN

Input seksyen
-urutan seqall
Urutan dari mana untuk memilih primer. Urutan mesti ditunjukkan 5' hingga 3'

- primer togol
Beritahu EPrimer3 untuk memilih primer(s) Nilai lalai: Y

-tugas senarai
Beritahu EPrimer3 tugasan yang perlu dilaksanakan. Nilai undang-undang ialah 1: 'Pilih primer PCR', 2: 'Pilih
primer hadapan sahaja', 3: 'Pilih primer terbalik sahaja', 4: 'Tiada primer diperlukan'. lalai
nilai: 1

-hybridprobe togol
'Oligo dalaman' bertujuan untuk digunakan sebagai probe hibridisasi (hyb probe) kepada
mengesan produk PCR selepas amplifikasi. Nilai lalai: N

-mishyblibraryfile dalam fail
Sama seperti MISPRIMING-LIBRARY, kecuali peristiwa yang kami cuba elakkan ialah hibridisasi
daripada oligo dalaman kepada jujukan dalam perpustakaan ini dan bukannya asal daripadanya. The
fail mestilah dalam (terhad sedikit) format FASTA (WB Pearson dan DJ Lipman,
PNAS 85:8 ms 2444-2448 [1988]); kami membincangkan secara ringkas organisasi fail ini
di bawah. Jika parameter ini ditentukan maka EPrimer3 menjajarkan setiap calon secara tempatan
oligo terhadap setiap jujukan perpustakaan dan menolak buku asas yang digunakan oleh tempatan
skor penjajaran dikali berat yang ditentukan (lihat di bawah) melebihi
DALAMAN-OLIGO-MAX-MISHYB. (Nilai maksimum berat ditetapkan secara sewenang-wenangnya kepada
12.0.) Setiap entri urutan dalam fail format FASTA mesti bermula dengan 'id line' yang
bermula dengan '>'. Kandungan baris id adalah 'terhad sedikit' dalam EPrimer3 itu
menghuraikan segala-galanya selepas sebarang asterisk pilihan ('*') sebagai nombor titik terapung untuk digunakan
seperti berat yang dinyatakan di atas. Jika baris id tidak mengandungi asterisk maka beratnya
lalai kepada 1.0. Sistem pemarkahan penjajaran yang digunakan adalah sama seperti pengiraan
saling melengkapi antara oligos (cth SELF-ANY). Baki entri mengandungi
urutan sebagai baris mengikut baris id sehingga baris bermula dengan '>' atau penghujung
daripada fail tersebut. Ruang putih dan baris baharu diabaikan. Aksara 'A', 'T', 'G', 'C', 'a',
't', 'g', 'c' dikekalkan dan sebarang aksara lain ditukar kepada 'N' (dengan
akibat bahawa mana-mana kod IUB / IUPAC untuk asas samar-samar ditukar kepada 'N').
Tiada sekatan pada panjang talian. Nilai kosong untuk parameter ini menunjukkan
bahawa tiada perpustakaan harus digunakan.

-mispriminglibraryfile dalam fail
Nama fail yang mengandungi perpustakaan jujukan nukleotida jujukan untuk dielakkan
menguatkan (contohnya urutan berulang, atau mungkin urutan gen dalam a
keluarga gen yang tidak boleh dikuatkan.) Fail mestilah dalam (terhad sedikit)
Format FASTA (WB Pearson dan DJ Lipman, PNAS 85:8 ms 2444-2448 [1988]); kita
bincangkan secara ringkas organisasi fail ini di bawah. Jika parameter ini dinyatakan
kemudian EPrimer3 menjajarkan setiap primer calon secara tempatan dengan setiap urutan perpustakaan dan
menolak primer yang mana skor penjajaran tempatan digandakan berat tertentu
(lihat di bawah) melebihi MAX-MISPRIMING. (Nilai maksimum berat adalah sewenang-wenangnya
ditetapkan kepada 100.0.) Setiap entri urutan dalam fail format FASTA mesti bermula dengan 'id
baris' yang bermula dengan '>'. Kandungan baris id 'terhad sedikit' dalam
bahawa EPrimer3 menghuraikan segala-galanya selepas sebarang asterisk pilihan ('*') sebagai titik terapung
nombor untuk digunakan seperti berat yang dinyatakan di atas. Jika baris id tidak mengandungi asterisk maka
berat lalai kepada 1.0. Sistem pemarkahan penjajaran yang digunakan adalah sama seperti untuk
mengira komplementari antara oligos (cth SELF-ANY). Baki entri
mengandungi urutan sebagai baris mengikut baris id sehingga baris bermula dengan '>'
atau hujung fail. Ruang putih dan baris baharu diabaikan. Watak 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' dikekalkan dan sebarang aksara lain ditukar kepada 'N' (dengan
akibatnya mana-mana kod IUB / IUPAC untuk asas samar-samar ditukar kepada 'N').
Tiada sekatan pada panjang talian. Nilai kosong untuk parameter ini menunjukkan
bahawa tiada perpustakaan ulangan harus digunakan.

Tambahan seksyen
Program pilihan
-bilangan pulangan integer
Bilangan maksimum pasangan primer untuk dikembalikan. Pasangan primer yang dikembalikan diisih mengikut
'kualiti' mereka, dengan kata lain dengan nilai fungsi objektif (di mana nilai yang lebih rendah
nombor menunjukkan pasangan primer yang lebih baik). Awas: menetapkan parameter ini kepada besar
nilai akan meningkatkan masa berjalan. Nilai lalai: 5

Urutan pilihan
-termasuk kawasan pelbagai
Sub-rantau bagi urutan yang diberikan untuk memilih primer. Sebagai contoh, selalunya
sedozen pertama atau lebih asas jujukan ialah vektor, dan harus dikecualikan daripada
pertimbangan. Nilai untuk parameter ini mempunyai bentuk (mula),(akhir) di mana (mula)
ialah indeks asas pertama untuk dipertimbangkan, dan (akhir) adalah yang terakhir dalam
kawasan pemetik primer.

-wilayah sasaran pelbagai
Jika satu atau lebih Sasaran ditentukan maka pasangan primer yang sah mesti mengapit sekurang-kurangnya satu
daripada mereka. Sasaran mungkin tapak ulang jujukan mudah (contohnya ulangan CA) atau
polimorfisme pasangan asas tunggal. Nilai itu mestilah senarai yang dipisahkan dengan ruang
(mula),(akhir) pasangan dengan (mula) ialah indeks asas pertama Sasaran, dan
(akhir) ialah yang terakhir Cth 50,51 memerlukan primer untuk mengelilingi 2 tapak pada kedudukan 50
dan 51.

-wilayah dikecualikan pelbagai
Oligo primer tidak boleh bertindih mana-mana rantau yang dinyatakan dalam teg ini. Nilai yang berkaitan
mestilah senarai pasangan (mula),(akhir) yang dipisahkan ruang dengan (mula) ialah indeks bagi
pangkalan pertama bagi wilayah yang dikecualikan, dan dan (akhir) ialah yang terakhir. Tag ini berguna
untuk tugas seperti mengecualikan kawasan dengan kualiti jujukan rendah atau untuk mengecualikan kawasan
mengandungi elemen berulang seperti ALU atau LINE. Cth 401,407 68,70 melarang
pemilihan primer dalam 7 tapak bermula pada 401 dan 3 asas pada 68.

-masukan hadapan rentetan
Urutan primer ke hadapan untuk diperiksa dan di sekelilingnya untuk mereka bentuk primer terbalik
dan oligos dalaman pilihan. Mestilah subrentetan SEQUENCE.

-input terbalik rentetan
Urutan primer terbalik untuk diperiksa dan di sekelilingnya untuk mereka bentuk primer ke hadapan
dan oligos dalaman pilihan. Mestilah subrentetan daripada untaian terbalik SEQUENCE.

Primer pilihan
-gcclamp integer
Memerlukan bilangan tertentu Gs dan Cs berturut-turut pada 3' hujung kedua-dua
primer ke hadapan dan belakang. (Parameter ini tidak mempunyai kesan ke atas oligo dalaman jika satu
diminta.)

-bersaiz integer
Panjang optimum (dalam tapak) oligo primer. EPrimer3 akan cuba memilih primer
dekat dengan panjang ini. Nilai lalai: 20

-saiz kecil integer
Panjang minimum buku asas yang boleh diterima. Mesti lebih besar daripada 0 dan kurang daripada atau sama
kepada MAX-SIZE. Nilai lalai: 18

-saiz maksima integer
Panjang maksimum yang boleh diterima (dalam tapak) primer. Pada masa ini parameter ini tidak boleh
lebih besar daripada 35. Had ini dikawal oleh saiz oligo maksimum yang mana EPrimer3's
suhu lebur adalah sah. Nilai lalai: 27

-otm terapung
Suhu lebur optimum (Celsius) untuk oligo primer. EPrimer3 akan cuba memilih
primer dengan suhu lebur adalah hampir dengan suhu ini. Lebur oligo
formula suhu dalam EPrimer3 adalah yang diberikan dalam Rychlik, Spencer dan Rhoads, Nukleik
Penyelidikan Asid, jilid 18, nombor 21, ms 6409-6412 dan Breslauer, Frank, Bloecker dan Marky,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, jilid 83, ms 3746-3750. Sila rujuk kertas bekas untuk
perbincangan latar belakang. Nilai lalai: 60.0

-mintm terapung
Suhu lebur minimum yang boleh diterima (Celsius) untuk oligo primer. Nilai asal:
57.0

-maxtm terapung
Suhu lebur maksimum yang boleh diterima (Celsius) untuk primer oligo. Nilai asal:
63.0

-maxdifftm terapung
Perbezaan maksimum yang boleh diterima (tidak ditandatangani) antara suhu lebur
primer hadapan dan belakang. Nilai lalai: 100.0

-ogcpercent terapung
Peratus GC optimum primer. Nilai lalai: 50.0

-mingc terapung
Peratusan minimum Gs dan Cs yang dibenarkan dalam mana-mana buku asas. Nilai lalai: 20.0

-maxgc terapung
Peratusan maksimum Gs dan Cs yang dibenarkan dalam mana-mana buku asas yang dijana oleh Primer. lalai
nilai: 80.0

-saltconc terapung
Kepekatan millimolar garam (biasanya KCl) dalam PCR. EPrimer3 menggunakan ini
hujah untuk mengira suhu lebur oligo. Nilai lalai: 50.0

-dnaconc terapung
Kepekatan nanomolar oligos penyepuhlindapan dalam PCR. EPrimer3 menggunakan ini
hujah untuk mengira suhu lebur oligo. Lalai (50nM) berfungsi dengan baik
protokol standard yang digunakan di Pusat Penyelidikan Genom Whitehead/MIT--0.5
mikroliter sebanyak 20 kepekatan mikromolar untuk setiap oligo primer dalam 20 mikroliter
tindak balas dengan templat 10 nanogram, 0.025 unit/mikroliter Taq polimerase dalam 0.1 mM
setiap dNTP, 1.5mM MgCl2, 50mM KCl, 10mM Tris-HCL (pH 9.3) menggunakan 35 kitaran dengan
suhu penyepuhlindapan 56 darjah Celsius. Parameter ini sepadan dengan 'c' in
Persamaan Rychlik, Spencer dan Rhoads (ii) (Penyelidikan Asid Nukleik, vol 18, nombor 21)
di mana nilai yang sesuai (untuk kepekatan awal templat yang lebih rendah) adalah 'secara empirik
ditentukan'. Nilai parameter ini adalah kurang daripada kepekatan sebenar
oligos dalam tindak balas kerana ia adalah kepekatan oligos penyepuhlindapan, yang dalam
giliran bergantung pada jumlah templat (termasuk produk PCR) dalam kitaran tertentu. ini
kepekatan meningkat dengan banyak semasa PCR; mujurlah PCR nampak agak mantap
untuk pelbagai suhu lebur oligo. Lihat NASIHAT UNTUK MEMILIH PRIMERS. lalai
nilai: 50.0

-maxpolyx integer
Panjang maksimum yang dibenarkan bagi ulangan mononukleotida dalam buku asas, contohnya
AAAAAA. Nilai lalai: 5

Produk pilihan
-psizeopt integer
Saiz optimum untuk produk PCR. 0 menunjukkan bahawa tiada produk optimum
saiz. Nilai lalai: 200

-prange pelbagai
Nilai yang berkaitan menentukan panjang produk yang pengguna inginkan
primer untuk dibuat, dan merupakan senarai unsur yang dipisahkan ruang dalam bentuk (x)-(y) di mana
pasangan (x)-(y) ialah julat panjang yang sah untuk produk. Sebagai contoh, jika seseorang mahu
Produk PCR menjadi antara 100 hingga 150 asas (termasuk) maka seseorang akan menetapkan ini
parameter kepada 100-150. Jika seseorang menginginkan produk PCR sama ada dalam julat dari 100 hingga 150
pangkalan atau dalam julat dari 200 hingga 250 pangkalan maka seseorang akan menetapkan parameter ini kepada
100-150 200-250. EPrimer3 mengutamakan julat ke sebelah kiri rentetan parameter.
EPrimer3 akan mengembalikan pasangan primer sah dalam julat pertama tanpa mengira nilai
fungsi objektif untuk pasangan ini. Hanya jika bilangannya tidak mencukupi
primer dalam julat pertama akan EPrimer3 mengembalikan primer dalam julat seterusnya. Lalai
nilai: 100-300

-ptmopt terapung
Suhu lebur optimum untuk produk PCR. 0 menunjukkan bahawa tidak ada
suhu optimum. Nilai lalai: 0.0

-ptmmin terapung
Suhu lebur minimum yang dibenarkan bagi amplikon. Sila lihat dokumentasi
pada suhu lebur maksimum produk untuk butiran. Nilai asal:
-1000000.0

-ptmmax terapung
Suhu lebur maksimum yang dibenarkan bagi amplikon. Produk Tm dikira
menggunakan formula daripada Bolton dan McCarthy, PNAS 84:1390 (1962) seperti yang dibentangkan dalam
Sambrook, Fritsch dan Maniatis, Pengklonan Molekul, hlm 11.46 (1989, CSHL Press). Tm =
81.5 + 16.6(log10([Na+])) + .41*(%GC) - 600/panjang Di mana [Na+} ialah natrium molar
kepekatan, (%GC) ialah peratus Gs dan Cs dalam jujukan, dan panjang ialah
panjang urutan. Formula yang serupa digunakan oleh pemilihan primer utama
program dalam GCG, yang sebaliknya menggunakan 675.0/panjang dalam penggal terakhir (selepas F. Baldino,
Jr, M.-F. Chesselet, dan ME Lewis, Kaedah dalam Enzimologi 168:766 (1989) persamaan (1) pada
muka surat 766 tanpa padanan dan istilah formamide). Formula di sini dan di Baldino
et al. andaikan Na+ dan bukannya K+. Menurut JG Wetmur, Ulasan Kritikal dalam
BioChem. dan Mol. Bio. 26:227 (1991) 50 mM K+ sepatutnya bersamaan dalam formula ini
kepada .2 M Na+. EPrimer3 menggunakan nilai kepekatan garam yang sama untuk mengira kedua-dua
suhu lebur primer dan suhu lebur oligo. Jika anda bercadang untuk
gunakan produk PCR untuk hibridisasi kemudian tingkah laku ini tidak akan memberi anda Tm
dalam keadaan hibridisasi. Nilai lalai: 1000000.0

Dalaman oligo input
-wilayah tidak termasuk pelbagai
Oligos tengah tidak boleh bertindih mana-mana rantau yang ditentukan oleh teg ini. Nilai yang berkaitan
mestilah senarai pasangan (mula),(akhir) yang dipisahkan ruang, dengan (mula) ialah indeks bagi
pangkalan pertama bagi wilayah yang dikecualikan, dan (akhir) ialah yang terakhir. Selalunya seseorang akan membuat
Kawasan sasaran mengecualikan kawasan untuk oligo dalaman.

-oligoinput rentetan
Urutan oligo dalaman untuk diperiksa dan di sekelilingnya untuk mereka bentuk ke hadapan dan
primer terbalik. Mestilah subrentetan SEQUENCE.

Dalaman oligo pilihan
-osizeopt integer
Panjang optimum (dalam tapak) oligo dalaman. EPrimer3 akan cuba memilih primer
dekat dengan panjang ini. Nilai lalai: 20

-ominsize integer
Panjang minimum oligo dalaman yang boleh diterima. Mesti lebih besar daripada 0 dan kurang daripada
atau sama dengan INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. Nilai lalai: 18

-saiz omax integer
Panjang maksimum yang boleh diterima (dalam tapak) oligo dalaman. Pada masa ini parameter ini
tidak boleh lebih besar daripada 35. Had ini dikawal oleh saiz oligo maksimum yang
Suhu lebur EPrimer3 adalah sah. Nilai lalai: 27

-otmopt terapung
Suhu lebur optimum (Celsius) untuk oligo dalaman. EPrimer3 akan cuba memilih
oligos dengan suhu lebur yang hampir dengan suhu ini. Lebur oligo
formula suhu dalam EPrimer3 adalah yang diberikan dalam Rychlik, Spencer dan Rhoads, Nukleik
Penyelidikan Asid, jilid 18, nombor 21, ms 6409-6412 dan Breslauer, Frank, Bloecker dan Marky,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, jilid 83, ms 3746-3750. Sila rujuk kertas bekas untuk
perbincangan latar belakang. Nilai lalai: 60.0

-otmmin terapung
Suhu lebur minimum yang boleh diterima (Celsius) untuk oligo dalaman. Nilai asal:
57.0

-otmmax terapung
Suhu lebur maksimum yang boleh diterima (Celsius) untuk oligo dalaman. Nilai asal:
63.0

-ogcopt terapung
Peratus GC optimum oligo dalaman. Nilai lalai: 50.0

-ogcmin terapung
Peratusan minimum Gs dan Cs yang dibenarkan dalam oligo dalaman. Nilai lalai: 20.0

-ogcmax terapung
Peratusan maksimum Gs dan Cs yang dibenarkan dalam mana-mana oligo dalaman yang dijana oleh Primer.
Nilai lalai: 80.0

-osaltconc terapung
Kepekatan millimolar garam (biasanya KCl) dalam hibridisasi. EPrimer3 menggunakan
hujah ini untuk mengira suhu lebur oligo dalaman. Nilai lalai: 50.0

-odnaconc terapung
Kepekatan nanomolar oligo dalaman penyepuhlindapan dalam hibridisasi. lalai
nilai: 50.0

-onyself terapung
Skor penjajaran tempatan maksimum yang dibenarkan apabila menguji oligo dalaman untuk (tempatan)
saling melengkapi diri. Pelengkap kendiri tempatan diambil untuk meramalkan kecenderungan
oligos untuk menyepuh sendiri Sistem pemarkahan memberikan 1.00 untuk asas pelengkap,
-0.25 untuk perlawanan mana-mana pangkalan (atau N) dengan N, -1.00 untuk ketidakpadanan dan -2.00 untuk
jurang. Hanya jurang pasangan asas tunggal dibenarkan. Sebagai contoh, penjajaran 5' ATCGNA 3'
|| | | 3' TA-CGT 5' dibenarkan (dan menghasilkan skor 1.75), tetapi penjajaran 5'
ATCCGNA 3' || | | 3' TA--CGT 5' tidak dipertimbangkan. Markah adalah bukan negatif, dan a
skor 0.00 menunjukkan bahawa tiada penjajaran tempatan yang munasabah antara dua
oligos. Nilai lalai: 12.00

-sendiri terapung
Skor penjajaran global berlabuh 3' maksimum yang dibenarkan apabila menguji oligo tunggal
untuk pelengkap diri. Sistem pemarkahan adalah seperti Pelengkap Maksimum
hujah. Dalam contoh di atas markah masing-masing ialah 7.00 dan 6.00. Markah adalah
bukan negatif, dan skor 0.00 menunjukkan bahawa tidak ada 3'-berlabuh yang munasabah
penjajaran global antara dua oligo. Untuk menganggarkan global berlabuh 3'
penjajaran untuk oligos calon, Primer menganggap bahawa urutan dari mana untuk dipilih
oligos dibentangkan 5' hingga 3'. DALAMAN-OLIGO-SELF-END tidak bermakna apabila digunakan
oligos dalaman digunakan untuk pengesanan berasaskan hibridisasi, kerana primer-dimer tidak akan
berlaku. Kami mengesyorkan agar INTERNAL-OLIGO-SELF-END ditetapkan sekurang-kurangnya setinggi
DALAMAN-OLIGO-SELF-ANY. Nilai lalai: 12.00

-polyxmax integer
Panjang maksimum yang dibenarkan bagi ulangan oligo mononukleotida dalaman, contohnya
AAAAAA. Nilai lalai: 5

-omishybmax terapung
Serupa dengan MAX-MISPRIMING kecuali parameter ini digunakan pada persamaan
oligos dalaman calon ke perpustakaan yang dinyatakan dalam INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
Nilai lalai: 12.0

Maju seksyen
-terangkan bendera boolean
Jika bendera ini benar, hasilkan LEFT-EXPLAIN, KANAN-EXPLAIN dan INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
tag output, yang bertujuan untuk memberikan maklumat tentang bilangan oligo dan
pasangan primer yang diperiksa oleh EPrimer3, dan statistik tentang nombor yang dibuang
pelbagai alasan. Nilai lalai: N

-bendera fail boolean
Jika nilai yang berkaitan adalah benar, maka EPrimer3 mencipta dua fail output untuk setiap input
URUTAN. Fail (id-jujukan).untuk menyenaraikan semua primer hadapan yang boleh diterima untuk
(id sequence), dan (id-sequence).rev menyenaraikan semua primer songsang yang boleh diterima untuk
(id jujukan), dengan (id-jujukan) ialah nilai teg ID JURUTAN (yang mesti
dibekalkan). Selain itu, jika teg input TASK ialah 1 atau 4, EPrimer3 menghasilkan fail
(sequence-id).int, yang menyenaraikan semua oligo dalaman yang boleh diterima. Nilai lalai: N

-firstbaseindex integer
Parameter ini ialah indeks asas pertama dalam jujukan input. Untuk input dan
output menggunakan pengindeksan berasaskan 1 (seperti yang digunakan dalam GenBank dan yang mana ramai pengguna
terbiasa) tetapkan parameter ini kepada 1. Untuk input dan output menggunakan pengindeksan berasaskan 0
tetapkan parameter ini kepada 0. (Parameter ini juga mempengaruhi indeks dalam kandungan
fail yang dihasilkan apabila bendera fail primer ditetapkan.) Nilai lalai: 1

-pickanyway boolean
Jika benar pilih pasangan primer walaupun INPUT KIRI, INPUT KANAN atau INTERNAL-OLIGO-INPUT
melanggar kekangan tertentu. Nilai lalai: N

-maxmispriming terapung
Persamaan wajaran maksimum yang dibenarkan dengan mana-mana jujukan dalam MISPRIMING-LIBRARY.
Nilai lalai: 12.00

-pairmaxmispriming terapung
Jumlah maksimum yang dibenarkan bagi persamaan wajaran bagi pasangan primer (satu persamaan untuk
setiap primer) dengan mana-mana urutan tunggal dalam MISPRIMING-LIBRARY. Nilai lalai: 24.00

-numnsaccepted integer
Bilangan maksimum asas yang tidak diketahui (N) yang dibenarkan dalam mana-mana buku asas.

-selfany terapung
Skor penjajaran tempatan maksimum yang dibenarkan apabila menguji primer tunggal untuk (tempatan)
pelengkap kendiri dan skor penjajaran tempatan maksimum yang dibenarkan apabila menguji untuk
pelengkap antara primer hadapan dan belakang. Pelengkap diri tempatan ialah
diambil untuk meramalkan kecenderungan primer untuk menyelinap antara satu sama lain tanpa perlu
menyebabkan penyebuan sendiri dalam PCR. Sistem pemarkahan memberi 1.00 untuk pelengkap
asas, -0.25 untuk perlawanan mana-mana pangkalan (atau N) dengan N, -1.00 untuk ketidakpadanan dan -2.00
untuk jurang. Hanya jurang pasangan asas tunggal dibenarkan. Sebagai contoh, penjajaran 5'
ATCGNA 3' ...|| | | 3' TA-CGT 5' dibenarkan (dan menghasilkan skor 1.75), tetapi
penjajaran 5' ATCCGNA 3' ...|| | | 3' TA--CGT 5' tidak dipertimbangkan. Markah adalah
bukan negatif, dan skor 0.00 menunjukkan bahawa tiada tempatan yang munasabah
penjajaran antara dua oligo. Nilai lalai: 8.00

-selfend terapung
Skor penjajaran global berlabuh 3' maksimum yang dibenarkan apabila menguji satu buku asas
untuk pelengkap kendiri, dan skor penjajaran global berlabuh 3' maksimum yang dibenarkan
apabila menguji untuk saling melengkapi antara primer hadapan dan belakang. Yang berlabuh 3'
skor penjajaran global diambil untuk meramalkan kemungkinan penyebuan PCR
primer-dimer, contohnya 5' ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' .............||| |||||
..........3' AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' atau 5' AGGCTATGGGGCCTCGCGA 3'
...............||||| ............3' AGGCTCCGGGTATCGGA 5' Sistem pemarkahan adalah sebagai
untuk hujah Kelengkapan Maksimum. Dalam contoh di atas markah adalah 7.00
dan 6.00 masing-masing. Skor adalah bukan negatif, dan skor 0.00 menunjukkan bahawa
tiada penjajaran global berlabuh 3' yang munasabah antara dua oligo. Untuk
anggarkan penjajaran global berlabuh 3' untuk calon primer dan pasangan primer, Primer
mengandaikan bahawa urutan dari mana untuk memilih primer dibentangkan 5' hingga 3'. Ia adalah
tidak masuk akal untuk memberikan nilai yang lebih besar untuk parameter ini daripada untuk Maksimum (tempatan)
Parameter pelengkap kerana skor penjajaran setempat akan sentiasa berada di
paling tidak sehebat markah penjajaran global. Nilai lalai: 3.00

Primer penalti berat
-kestabilan maksimum terapung
Kestabilan maksimum untuk lima tapak asas 3' primer hadapan atau belakang. Lebih besar
nombor bermakna hujung 3' lebih stabil. Nilai ialah delta G maksimum untuk dupleks
gangguan untuk lima tapak 3' seperti yang dikira menggunakan parameter jiran terdekat
diterbitkan dalam Breslauer, Frank, Bloecker dan Marky, Proc. Natl. Acad. Sci. Amerika Syarikat, jilid 83,
ms 3746-3750. EPrimer3 menggunakan nilai lalai permisif sepenuhnya untuk ke belakang
keserasian (yang mungkin kami ubah dalam keluaran seterusnya). Rychlik mengesyorkan maksimum
nilai 9 (Wojciech Rychlik, 'Pemilihan Primer untuk Reaksi Rantaian Polimerase' dalam
BA White, Ed., 'Kaedah dalam Biologi Molekul, Vol. 15: Protokol PCR: Kaedah Semasa
and Applications', 1993, ms 31-40, Humana Press, Totowa NJ). Nilai lalai: 9.0

Output seksyen
-fail luar fail luar

Gunakan eprimer3e dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net