findknownsnps - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

findknownsnps - boleh laku utama untuk snpomatic

SINOPSIS

findknownsnps pilihan

DESCRIPTION

findknownsnps ialah boleh laku utama untuk snpomatik perisian.

PILIHAN

Pilihan ini mengawal sama ada output ditulis ke fail, output standard atau secara langsung
kepada alat kelui lelaki.

--genome=GENOME_FILE
Fail FASTA dengan kromosom (wajib)

--fasta=FASTA_FILE
Fail FASTA dengan bacaan Solexa (wajib, kecuali apabila --fastq atau --index digunakan)

--fasta=FASTA_FILE
Fail FASTA dengan bacaan Solexa (wajib, kecuali apabila --fastq atau --index digunakan)

--fastq=FASTQ_FILE
Fail FASTQ dengan bacaan Solexa (wajib, kecuali apabila --fasta atau --index digunakan)

--fastq2=FASTQ_FILE2
Fail FASTQ dengan bacaan Solexa (pilihan; baca rakan)

--nono=FILENAME
Fail dengan senarai nama yang dibaca (!) untuk diabaikan (pilihan)

--regions=REGION_FILE
Fail wilayah untuk mencari SNP baharu (pilihan) [DITAMATKAN]

--snps=SNP_FILE
Fail SNP ringkas (pilihan)

--gff=GFF_FILE
Fail GFF dengan SNP (pilihan)

--keunikan=FAIL
Keluarkan fail data keunikan untuk rujukan; tiada bacaan Solexa diperlukan; membayangkan
--tiada jalan pintas (Pilihan)

--pileup=FAIL
Output timbunan lengkap ke dalam fail itu (pilihan)

--cerutu=FAIL
Penjajaran output dalam format CIGAR (pilihan)

--gffout=FAIL
Output dibaca dalam format GFF (pilihan)

--liputan=FILENAME
Data liputan output (kedalaman tinggi) (pilihan)

--wobble=NAMA FAIL
Mengeluarkan senarai variasi yang mungkin (pilihan; bacaan berpasangan sahaja) [BAWAH
PEMBINAAN]

--fragmentplot=FILENAME
Mengeluarkan plot pengedaran saiz serpihan ke fail (pilihan)

--snpsinreads=FILENAME
Mengeluarkan senarai bacaan yang mengandungi SNP yang diketahui kepada fail (pilihan)

--indelplot=FILENAME
Mengeluarkan data indel ke fail (pilihan)

--inversions=FILENAME
Untuk bacaan berpasangan, tulis padanan bacaan yang menunjukkan penyongsangan ke dalam fail (pilihan)

--faceaway=FILENAME
Untuk bacaan berpasangan, tulis padanan bacaan yang "menghadap" antara satu sama lain ke dalam fail
(Pilihan)

--sqlite=FILENAME
Mencipta fail teks sqlite dengan data penjajaran [EXPERIMENTAL] (pilihan)

--sam=NAMA FAIL
Mencipta fail penjajaran SAM (pilihan)

--spancontigs=FILENAME
Output membaca pasangan dengan "separuh" membaca peta secara unik kepada contigs yang berbeza (pilihan)

--bins=FILE_PREFIX
Output tiada padanan, padanan tunggal dan berbilang padanan Solexa membaca ke dalam fail awalan
(Pilihan)

--binmask=MASK
Topeng 1s dan 0s untuk mematikan tong sampah individu. Pesanan: Tiada padanan, padanan tunggal,
berbilang perlawanan, IUPAC. Contoh: 0100 hanya mencipta tong padanan tunggal. (pilihan;
lalai:1111)

--pair=NUMBER
Untuk bacaan berpasangan, panjang bahagian pertama bacaan (wajib untuk berpasangan
membaca)

--fragment=NUMBER
Untuk bacaan berpasangan, purata panjang serpihan (wajib untuk bacaan berpasangan)

--variance=NUMBER
Untuk bacaan berpasangan, varians panjang serpihan kepada kedua-dua belah (pilihan;
lalai: 1/4 daripada saiz serpihan)

--wobblemax=NUMBER
Bilangan maksimum ketidakpadanan untuk goyangan (pilihan; lalai 2; lihat --wobble)

--mspi=NUMBER
Bilangan maksimum SNP bagi setiap indeks kromosom (pilihan; lalai:8)

--index=FILENAME
Nama fail indeks (indeks akan dibuat jika ia tidak wujud; pilihan)

--tiada jalan pintas
Akan memproses semua kawasan krososom, walaupun yang mempunyai lots´o´repeats (pilihan; tidak
nilai)

--snpsonly
Hanya senarai SNP yang ditemui dalam timbunan (pilihan; tiada nilai)

--chromosome=NAME
Buang semua kromosom tetapi NAME sebelum dijalankan (pilihan)

--index_from=NUMBER
Mula mengindeks pada kedudukan ini pada semua kromosom (pilihan)

--index_to=NUMBER
Berhenti mengindeks pada kedudukan ini pada semua kromosom (pilihan)

--chop=NUMBER
Untuk bacaan berpasangan, jika satu tetapi tidak padanan yang lain, pendekkan yang lain dengan NOMBOR
asas (pilihan)

--index1=NUMBER
Panjang indeks dalaman 1 (pilihan; lalai:10)

--index2=NUMBER
Panjang indeks dalaman 2 (pilihan; lalai:16)

--memory_save=NUMBER
Mengindeks genom setiap NUMBER kedudukan; menjimatkan memori dan masa jalan, tetapi boleh
mempunyai kesan sampingan yang pelik (pilihan)

--padanan berbilang
Meletakkan bacaan padanan berganda kepada kedudukan rawak (pilihan) [dipasangkan pada masa ini
membaca sahaja]

--perlawanan tunggal
Hanya melaksanakan fungsi output tambahan untuk padanan tunggal (pilihan) [pada masa ini
bacaan berpasangan sahaja]

--buih Untuk bacaan berpasangan, sekurang-kurangnya satu bacaan perlu dipadankan secara unik dalam genom (paksa satu
padanan unik) (pilihan)

--tidak sepadan
Bilangan ketidakpadanan yang dibenarkan di luar indeks (indeks1+indeks2) (pilihan)

--rpa=FILENAME
Menulis semua penjajaran pasangan baca ke dalam fail (pilihan)

disember 2015 FINDKNOWNSNPS(1)

Gunakan findknownsnps dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net