musang - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

musang - penentuan struktur ab-initio daripada data pembelauan

SINOPSIS

fox [pilihan] [file.xml]

DESCRIPTION

. fox (Objek Percuma untuk Crystallography) program telah dibuat untuk kristal ab initio
penyelesaian struktur daripada data pembelauan. Ciri yang paling menarik untuk ab initio
penentuan struktur ialah:

* penerangan serba boleh kandungan kristal;

* pembetulan automatik untuk kedudukan khas dan atom yang dikongsi antara polyhedra;

* keupayaan untuk menggunakan pelbagai corak serbuk secara serentak;

* algoritma pengoptimuman global pintar;

* antara muka grafik dengan paparan struktur kristal 3D dan kemas kini secara langsung semasa
proses pengoptimuman.

PILIHAN

Program ini saya dilaksanakan dengan atau tanpa pilihan baris arahan atau fail input (file.xml).
Ia mengikut sintaks baris arahan GNU yang biasa, dengan pilihan panjang bermula dengan dua sengkang
(`-'). Ringkasan pilihan disertakan di bawah. Untuk penerangan lengkap, lihat musang
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

- membantu Tunjukkan ringkasan pilihan.

--loadfouiergrd map.grd
Muatkan dan paparkan peta fourier 'map.grd' dengan struktur kristal (pertama).

--loadfourierdsn6 peta.DN6
Muatkan dan paparkan peta fourier DSN6 dengan struktur kristal (pertama).

--nogui
Jalankan tanpa GUI, secara automatik melancarkan pengoptimuman --nogui mungkin disertakan dengan
pilihan berikut:

-n 10000
Jalankan untuk 10000 percubaan paling banyak (lalai: 1000000)

--nbrun 5
Lakukan 5 larian, rawak sebelum setiap larian (lalai: 1), gunakan -1 untuk berlari selama-lamanya

-o out.xml
Output dalam 'out.xml'

--rawak
Rawak konfigurasi awal

--senyap
Menghasilkan (hampir) tiada output teks

--kos akhir 0.15
Jalankan pengoptimuman sehingga kos < 0.15

--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
Simulasikan corak untuk kristal input, panjang gelombang=1.5406 sehingga 170° dengan 500 mata
dan lebar puncak 0.1°

CONTOH

Fox silikon.xml
Muatkan fail 'silicon.xml' dan lancarkan GUI.

Fox Cimetidine-powder.xml --nogui --rawak -n 1000000 -o best.xml
Muatkan fail 'ktartrate.xml', rawak, kemudian buat 1 pengoptimuman 1 juta percubaan,
dan simpan struktur terbaik dalam 'best.xml'.

Fox Cimetidine-powder.xml --nogui --rawak -n 10000000 --nbrun 10 -o best.xml
Muatkan fail 'Cimetidine-powder.xml', kemudian buat 10 larian (bermula daripada rawak
struktur) sebanyak 10 juta percubaan (setiap larian menyimpan satu fail xml), dan menyimpan yang terbaik
struktur dalam 'best.xml'.

Fox Cimetidine-powder.xml --nogui --senyap --rawak -n 10000000 --nbrun 10 --kos akhir
200000 -o best.xml
Muatkan fail 'Cimetidine-powder.xml', kemudian buat 10 larian senyap bagi 10 juta percubaan
(setiap larian menyimpan satu fail xml), dan simpan struktur terbaik dalam 'best.xml'. Untuk setiap
dijalankan, pengoptimuman berhenti jika kos melebihi 200000.

Gunakan musang dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net