frendp - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

frend.pl -- Render a Bio::Graphics Feature File di web

SINOPSIS

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

DESCRIPTION

Skrip frend.pl ialah hujung hadapan nipis di sekeliling modul Bio::Graphics. Ia menerima a
senarai fail yang mengandungi jujukan (protein, nukleotida) ciri koordinat daripada
fail(s) yang disenaraikan pada baris arahan atau pada input standard, menjadikannya dan menghasilkan PNG
fail pada output standard.

PEMASANGAN

Salin skrip ini ke dalam direktori cgi-bin tapak web anda. Namakannya apa sahaja yang anda mahu.

Ciri Fail format

Skrip ini menerima dan memproses anotasi jujukan dalam format tab-dibatasi mudah atau
dalam format GFF.

Format fail ciri mempunyai bahagian konfigurasi dan bahagian data. Konfigurasi
bahagian menetapkan saiz dan sifat keseluruhan imej, dan bahagian data memberikan
data ciri itu sendiri.

konfigurasi seksyen
Jika tidak disediakan, skrip ini menjana bahagian konfigurasi lalai yang munasabah untuk
anda, jadi anda tidak perlu menyediakan bahagian konfigurasi untuk mendapatkan imej yang munasabah.
Walau bagaimanapun, untuk menala penampilan imej, anda mungkin ingin mengubah suai
konfigurasi. Berikut adalah petikan daripada bahagian konfigurasi:

# contoh fail
[umum]
asas = -1000..21000
tinggi = 12

[EST]
mesin terbang = segmen
bgcolor= kuning
penyambung = pepejal
tinggi = 5

[FGENES]
mesin terbang = transkrip2
bgcolor = hijau
penerangan = 1

Bahagian konfigurasi dibahagikan kepada satu set bahagian, setiap satu dilabel dengan a
[tajuk bahagian]. Bahagian [umum] menentukan pilihan global untuk keseluruhan imej.
Bahagian lain digunakan untuk jenis ciri tertentu. Dalam contoh di atas, konfigurasi
dalam bahagian [EST] digunakan untuk ciri yang dilabelkan sebagai EST, manakala konfigurasi dalam
Bahagian [FGENES] digunakan untuk ciri yang dilabelkan sebagai ramalan daripada gen FGENES
program ramalan.

Di dalam setiap bahagian adalah satu siri pasangan nama=nilai, di mana nama itu adalah nama an
pilihan untuk ditetapkan. Anda boleh meletakkan ruang putih di sekeliling tanda = untuk menjadikannya lebih mudah dibaca, atau malah
gunakan titik bertindih (:) jika anda mahu. Nama pilihan berikut diiktiraf:

Contoh Nilai Opsyen
------ ----- -------

asas Min & maks julat jujukan (bp) 1200..60000
lebar lebar imej (piksel) 600
ketinggian Ketinggian setiap elemen grafik (piksel) 10
Glyph Gaya setiap elemen grafik (lihat di bawah) transkrip
fgcolor Warna latar depan setiap elemen kuning
bgcolor Warna latar belakang setiap elemen biru
lebar garisan Lebar baris 3
label Cetak nama ciri 1
huraian Sama ada hendak mencetak huraian ciri 0
benjolan Elemen tidak dibenarkan berlanggar 1
kutu Cetak tanda semak pada anak panah 1
penyambung Jenis penyambung kumpulan (berputus-putus, topi atau pepejal) putus-putus

Pilihan "asas" dan "lebar" hanya berkaitan dalam bahagian [umum]. Mereka adalah
ditindih oleh pilihan baris arahan yang dinamakan.

Baki pilihan boleh terletak di mana-mana bahagian, tetapi jika terdapat dalam
Bahagian [umum] akan menetapkan lalai untuk yang lain.

Warna ialah nama warna bahasa Inggeris atau warna #RRGGBB gaya Web (lihat buku tentang HTML
untuk penjelasan). Nilai benar/salah ialah 1 untuk benar, dan 0 untuk palsu. Julat angka boleh
dinyatakan dalam fesyen permulaan..akhir dengan dua titik, atau sebagai permulaan-akhir dengan tanda sempang.

Pilihan "glyph" mengawal cara ciri dipaparkan. Glyph berikut ialah
dilaksanakan:

Huraian Nama
---- -----------

kotak Segi empat tepat yang diisi, tidak berarah.
elips Sebuah bujur.
anak panah Anak panah; boleh satu arah atau
dua hala. Ia juga mampu untuk memaparkan
skala dengan tanda kutu major dan minor, dan boleh
berorientasikan secara mendatar atau menegak.
segmen Satu set segi empat tepat terisi yang disambungkan oleh pepejal
garisan. Digunakan untuk ciri yang terganggu, seperti
penjajaran celah dan kumpulan ekson.
transkrip Sama seperti segmen, tetapi garis penghubung adalah
bentuk "topi", dan arah
transkripsi ditunjukkan oleh anak panah kecil.
transkrip2 Sama seperti transkrip, tetapi arah
transkripsi ditunjukkan oleh segmen terminal
dalam bentuk anak panah.
primer Dua anak panah menghala ke dalam disambungkan dengan garisan. Digunakan untuk STS.

Pilihan benjolan ialah pilihan yang paling penting untuk mengawal rupa imej. Jika ditetapkan
kepada palsu (nombor 0), maka ciri dibenarkan bertindih. Jika ditetapkan kepada benar (the
nombor 1), maka ciri akan bergerak secara menegak untuk mengelakkan perlanggaran. Jika tidak dinyatakan,
bonggol dihidupkan jika bilangan mana-mana jenis ciri jujukan adalah lebih daripada 50.

Tarikh seksyen
Bahagian data boleh mengikuti atau meneruskan bahagian konfigurasi. Dua bahagian boleh
juga boleh dicampur. Bahagian data ialah tab atau fail yang dibatasi ruang putih yang anda boleh
eksport daripada aplikasi hamparan atau fail pemproses kata (pastikan simpan sebagai teks
sahaja!)

Berikut ialah contoh bahagian data:

Cosmid B0511 . 516-619 Cosmid B0511 . 3185-3294 Cosmid
B0511 . 10946-11208 Cosmid B0511 . 13126-13511 Cosmid
B0511 . 66-208 Cosmid B0511 . 6354-6499 Cosmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Ikan Sweden FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Domain transmembrane
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 Domain kinase dan sushi

Setiap baris fail mengandungi lima lajur. Lajur tersebut ialah:

Lajur # Penerangan
-------- -----------

1 jenis ciri
2 nama ciri
Untaian 3
4 koordinat
5 penerangan

Jenis ciri
Jenis ciri harus sepadan dengan salah satu tajuk [jenis ciri] dalam
bahagian konfigurasi. Jika tidak, pilihan [umum] akan digunakan pada
ciri semasa memaparkannya. Nama ciri ialah nama untuk ciri tersebut. Gunakan "." atau
"-" jika ini tidak berkaitan. Jika nama mengandungi ruang kosong, letakkan satu atau dua
petikan ("") di sekeliling nama.

Strand
Helai menunjukkan helai mana ciri itu dihidupkan. Ia adalah salah satu daripada "+" untuk hadapan
helai, "-" untuk helai terbalik, atau "." untuk ciri yang tidak terkandas.

Koordinat
Lajur koordinat ialah set satu atau lebih julat yang diduduki oleh ciri tersebut.
Julat ditulis menggunakan ".." seperti dalam mula..berhenti, atau dengan tanda sempang, seperti dalam permulaan-henti.
Untuk ciri yang terdiri daripada berbilang julat &em; contohnya transkrip yang
mempunyai berbilang ekson &em; anda boleh sama ada meletakkan julat pada baris yang sama dipisahkan oleh
koma atau ruang, atau letakkan julat pada baris individu dan hanya gunakan ciri yang sama
nama dan taip untuk mengumpulkan mereka. Dalam contoh di atas, ciri Cosmid B0511 menggunakan
gaya baris individu, manakala ciri FGENESH menggunakan semua julat-pada-satu-baris
gaya.

Penerangan Produk
Lajur terakhir mengandungi beberapa teks deskriptif. Jika pilihan perihalan ditetapkan kepada
benar, teks ini akan dicetak di bawah ciri dalam pemaparan.

Akhir sekali, adalah mungkin untuk mengumpulkan ciri yang berkaitan bersama-sama. Contohnya ialah EST
yk53c10.5 dan yk53c10.3, yang berkaitan dengan dibaca dari dua hujung klon
yk53c10. Untuk menunjukkan perhubungan ini, hasilkan bahagian yang kelihatan seperti ini:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Kumpulan ini ditunjukkan oleh baris yang mengandungi hanya dua lajur yang mengandungi ciri
jenis dan nama unik untuk kumpulan itu. Ikuti baris ini dengan semua ciri yang membentuk
kumpulan, tetapi biarkan lajur pertama (jenis ciri) kosong. Kumpulan akan dibuat oleh
melukis garis putus-putus antara semua ahli kumpulan. Anda boleh menukar ini dengan
menentukan pilihan penyambung yang berbeza dalam bahagian konfigurasi untuk ciri ini
jenis.

Gunakan frendp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net