giira - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

giira - Pengenalpastian Gen Menggabungkan data RNA-Seq dan bacaan Ambiguous

SINOPSIS

giira -iG genomeFile.fasta -iR rnaFile.fastq -libPath

DESCRIPTION

GIIRA (Gene Identification Incorporating RNA-Seq data and Ambiguous reads) ialah kaedah untuk
mengenal pasti kawasan gen yang berpotensi dalam genom berdasarkan pemetaan RNA-Seq dan menggabungkan
bacaan yang dipetakan secara samar-samar.

PILIHAN

-h : teks bantuan dan keluar

-iG [pathToGenomes] : tentukan laluan ke direktori dengan fail genom dalam format fasta

-iR [pathToRna] : tentukan laluan ke direktori dengan rna membaca fail dalam format fastq

-skrip [absolutePath] : tentukan laluan mutlak ke direktori yang mengandungi
skrip pembantu yang diperlukan, LALAI: direktori GIIRA.jar

-keluar [pathToResults] : tentukan direktori yang mengandungi fail hasil

-outName [outputName] : tentukan nama yang diingini untuk fail output, LALAI: gen

-haveSam [SamfileName]: jika fail sam sudah wujud, berikan nama, jika tidak pemetaan adalah
dilakukan. NOTA: fail yang sama perlu diisih mengikut nama yang dibaca!

-nT [numberThreads] : tentukan bilangan maksimum benang yang dibenarkan untuk digunakan,
LALAI: 1

-mT [tophat/bwa/bwasw] : tentukan alat yang diingini untuk pemetaan baca, LALAI: tophat

-mem [int] : tentukan jumlah memori yang cplex dibenarkan untuk digunakan

-maxReportedHits [int] : jika menggunakan BWA sebagai alat pemetaan, nyatakan bilangan maksimum bagi
hits yang dilaporkan, LALAI: 2

-prokariot : jika dinyatakan, genom dianggap sebagai prokariotik, tiada bacaan bersambung
diterima, dan gen struktur diselesaikan. LALAI: n

-minCov [double] : nyatakan liputan minimum yang diperlukan bagi pengekstrakan calon gen,
LALAI: -1 (dianggarkan daripada pemetaan)

-maxCov [double] : ambang liputan maksimum pilihan, juga boleh dianggarkan daripada pemetaan
(LAlai)

-endCov [double] : jika perlindungan jatuh di bawah nilai ini, calon yang sedang dibuka
gen ditutup. Nilai ini boleh dianggarkan daripada liputan minimum (-1);
LALAI: -1

-dispCov [0/1] : anggarkan (1) histogram liputan untuk pemetaan yang dibaca, LALAI: 0

-selang [int] : tentukan saiz minimum selang antara gen calon yang hampir, jika
"-1" ia sama dengan panjang bacaan. lalai: -1

-splLim [double] : nyatakan liputan minimum yang diperlukan untuk menerima tapak splice,
jika (-1) ambang adalah sama dengan minCov, LALAI: -1

-rL [int] : tentukan panjang baca, jika tidak, maklumat ini diekstrak daripada fail SAM
(LAlai)

-samForSequential [pathToSamFile] : jika dikehendaki untuk menganalisis kromosom dalam a
secara berurutan, sediakan fail sam yang diisih kromosom sebagai tambahan kepada fail tersebut
diisih mengikut nama yang dibaca, LALAI: tiadaBerurutan

-noAmbiOpti : jika dinyatakan, hits samar-samar tidak termasuk dalam analisis

-settingMapper [(senarai parameter)] : Senarai dipisahkan koma bagi parameter yang dikehendaki
untuk TopHat atau BWA. Sila sediakan

untuk setiap parameter sepasang penunjuk dan nilai, dipisahkan oleh tanda kesamaan.
Ambil perhatian bahawa parameter bertujuan untuk 3 bahagian berbeza (pengindeksan, aln, sam) BWA
perlu dipisahkan oleh bar huruf kecil

Contoh: -settingMapper [-a=is_-t=5,-N_-n=5]

Gunakan giira dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net