gmt-music-path-scanp - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

imbasan laluan muzik gmt - Cari laluan bermutasi dengan ketara dalam kohort yang diberi senarai
mutasi somatik.

VERSION

Dokumen ini menerangkan imbasan laluan muzik gmt versi 0.04 (2016-01-01 pada 23:10:19)

SINOPSIS

imbasan laluan muzik gmt --gene-covg-dir=? --bam-list=? --pathway-file=? --maf-file=?
--output-file=? [--bmr=?] [--genes-to-ignore=?] [--min-mut-gens-per-path=?]
[--langkau-bukan-pengekodan] [--langkau-senyap]

... imbasan laluan muzik \
--bam-list input_dir/bam_file_list \
--gene-covg-dir output_dir / gene_covgs / \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-file output_dir/sm_pathways \
--pathway-file input_dir/pathway_dbs/KEGG.txt \
--bmr 8.7E-07

DIKEHENDAKI HUJAH

gen-covg-dir teks
Direktori yang mengandungi fail liputan per gen (Dibuat menggunakan muzik bmr calc-covg)

senarai-bam teks
Senarai had fail BAM tab [nama_sampel, normal_bam, tumor_bam] (Lihat Penerangan)

fail laluan teks
Fail yang dibataskan tab bagi maklumat laluan (Lihat Penerangan)

fail maf teks
Senarai mutasi menggunakan spesifikasi TCGA MAF v2.3

fail keluaran teks
Fail output yang akan menyenaraikan laluan penting dan nilai-pnya

PILIHAN HUJAH

bmr nombor
Kadar mutasi latar belakang di kawasan yang disasarkan

Nilai lalai '1e-06' jika tidak dinyatakan

gen-untuk-abaikan teks
Senarai gen yang dibatasi koma yang mutasinya harus diabaikan

min-mut-gens-per-path nombor
Laluan dengan gen bermutasi yang lebih sedikit daripada ini, akan diabaikan

Nilai lalai '1' jika tidak dinyatakan

langkau-bukan pengekodan Boolean
Langkau mutasi bukan pengekodan daripada fail MAF yang disediakan

Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan

noskip-non-coding Boolean
Jadikan langkau-bukan pengekodan 'salah'

ponteng-senyap Boolean
Langkau mutasi senyap daripada fail MAF yang disediakan

Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan

noskip-senyap Boolean
Jadikan langkau-senyap 'salah'

DESCRIPTION

Hanya empat lajur berikut dalam MAF digunakan. Semua lajur lain boleh dibiarkan kosong.

Kol 1: Hugo_Symbol (Tidak perlu HUGO, tetapi mesti sepadan dengan nama gen yang digunakan dalam fail laluan)
Kol 2: Entrez_Gene_Id (Padanan nama gen trump Entrez ID padanan antara fail laluan dan MAF)
Kol 9: Klasifikasi_Varian
Kol 16: Tumor_Sample_Barcode (Mesti sepadan dengan nama dalam senarai sampel, atau mengandunginya sebagai subrentetan)

Entrez_Gene_Id juga boleh dibiarkan kosong (atau ditetapkan kepada 0), tetapi sangat disyorkan, dalam
gen kes dinamakan secara berbeza dalam fail laluan dan fail MAF.

HUJAH

--fail laluan
Ini ialah fail yang dibataskan tab yang disediakan daripada pangkalan data laluan (seperti KEGG), dengan
lajur: [id_laluan, nama_laluan, kelas, garis_gen, penyakit, ubat, perihalan] The
tiga lajur terakhir adalah pilihan (tetapi tersedia pada KEGG). Gene_line mengandungi
"entrez_id:gene_name" bagi semua gen yang terlibat dalam laluan ini, setiap satu dipisahkan oleh a
"|" simbol.
Sebagai contoh, baris dalam fail laluan akan kelihatan seperti:

hsa00061 Biosintesis asid lemak Metabolisme Lipid 31:ACACA|32:ACACB|27349:MCAT|2194:FASN|54995:OXSM|55301:OLAH

Pastikan nama gen dan ID entrez yang digunakan sepadan dengan yang digunakan dalam MAF
fail. ID Entrez tidak wajib (gunakan 0 jika ID Entrez tidak diketahui). Tetapi jika a
nama gen dalam MAF tidak sepadan dengan mana-mana nama gen dalam fail ini, ID entrez
digunakan untuk mencari padanan (melainkan ia adalah 0).

--gen-covg-dir
Ini biasanya subdirektori gene_covgs yang dibuat apabila anda menjalankan "muzik bmr calc-
covg". Ia harus mengandungi fail untuk setiap sampel yang melaporkan asas dilindungi per gen
mengira.
--bam-senarai
Sediakan fail yang mengandungi nama sampel dan lokasi BAM normal/tumor untuk setiap satu. guna
format yang dibataskan tab [sample_name normal_bam tumor_bam] setiap baris. Alat ini sahaja
memerlukan sample_name, jadi semua lajur lain boleh dilangkau. Contoh_nama mestilah
sama seperti nama sampel tumor yang digunakan dalam fail MAF (lajur ke-16, dengan pengepala
Tumor_Sample_Barcode).
--bmr
Kadar mutasi latar belakang keseluruhan. Ini boleh dikira menggunakan "music bmr calc-
bmr".
--gen-untuk-abaikan
Senarai gen yang dibataskan koma untuk diabaikan daripada fail MAF. Ini berguna apabila ada
adalah gen bermutasi berulang seperti TP53 yang mungkin menutupi kepentingan yang lain
gen.

PENGARANG

Michael Wendl, Ph.D.

KREDIT

Modul ini menggunakan salinan data yang diformat semula daripada Ensiklopedia Gen Kyoto dan
Pangkalan data Genom (KEGG):

* KEGG - http://www.genome.jp/kegg/

Gunakan gmt-music-path-scanp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net