Ini ialah arahan gmx-check yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-check - Semak dan bandingkan fail
SINOPSIS
semak gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-s1 [<.tpr>]]
[-s2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr/.gro/...>]] [-e [<.edr>]]
[e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac ]
[-bonlo ] [-bonhi ] [-[no]rmsd] [-tol ]
[-abstol ] [-[tidak]ab] [-penglas ]
DESCRIPTION
gmx menyemak membaca lintasan (.tng, .trr or .xtc), fail tenaga (.edr) atau fail indeks
(.ndx) dan mencetak maklumat berguna tentang mereka.
Lebih Baik -c menyemak kehadiran koordinat, halaju dan kotak dalam fail, untuk ditutup
kenalan (lebih kecil daripada -vdwfac dan tidak terikat, iaitu tidak antara -bonlo and -bonhi, semua
relatif kepada jumlah kedua-dua jejari Van der Waals) dan atom di luar kotak (ini mungkin
kerap berlaku dan tiada masalah). Jika halaju hadir, anggaran suhu akan berlaku
dikira daripada mereka.
Jika fail indeks, diberikan kandungannya akan diringkaskan.
Jika kedua-dua trajektori dan a .tpr fail diberikan (dengan -s1) program akan menyemak sama ada
panjang ikatan yang ditakrifkan dalam fail tpr memang betul dalam trajektori. kalau bukan awak
mungkin mempunyai fail yang tidak sepadan kerana cth penyahhuffling atau disebabkan masalah dengan tapak maya.
Dengan bendera ini, gmx menyemak menyediakan pemeriksaan cepat untuk masalah tersebut.
Program ini boleh membandingkan dua input larian (.tpr) fail apabila kedua-duanya -s1 and -s2 dibekalkan.
Begitu juga sepasang fail trajektori boleh dibandingkan (menggunakan -f2 pilihan), atau sepasang
fail tenaga (menggunakan e2 pilihan).
Untuk simulasi tenaga percuma, topologi keadaan A dan B dari satu fail input larian boleh
berbanding dengan pilihan -s1 and -ab.
Dalam kes ini -m bendera diberi fail LaTeX akan ditulis terdiri daripada garis kasar
untuk bahagian kaedah untuk kertas.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Pilihan)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Pilihan)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s1 [<.tpr>] (top1.tpr) (Pilihan)
Fail input run xdr mudah alih
-s2 [<.tpr>] (top2.tpr) (Pilihan)
Fail input run xdr mudah alih
-c [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Pilihan)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent
-e [<.edr>] (ener.edr) (Pilihan)
Fail tenaga
e2 [<.edr>] (ener2.edr) (Pilihan)
Fail tenaga
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-m [<.tex>] (doc.tex) (Pilihan)
Fail LaTeX
Pilihan lain:
-vdwfac (0.8)
Pecahan jumlah jejari VdW digunakan sebagai pemotongan amaran
-bonlo (0.4)
Min. pecahan. daripada jumlah jejari VdW untuk atom terikat
-bonhi (0.7)
Maks. pecahan. daripada jumlah jejari VdW untuk atom terikat
-[no]rmsd (tidak)
Cetak RMSD untuk x, v dan f
-tol (0.001)
Toleransi relatif untuk membandingkan nilai sebenar yang ditakrifkan sebagai 2*(ab)/(|a|+|b|)
-abstol (0.001)
Toleransi mutlak, berguna apabila jumlah hampir sifar.
-[tidak]ab (tidak)
Bandingkan topologi A dan B daripada satu fail
-penglas
Istilah tenaga terakhir untuk dibandingkan (jika tidak diberikan semua diuji). Masuk akal untuk naik
sehingga Tekanan.
Gunakan gmx-check dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
