Ini ialah arahan gmx-covar yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-covar - Kira dan pepenjurukan matriks kovarians
SINOPSIS
gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-daripada [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-awak ] [-xvg ] [-[tidak] sesuai]
[-[no]rujuk] [-[no]mwa] [-terakhir ] [-[no]pbc]
DESCRIPTION
gmx kovar mengira dan menyerong matriks kovarians (berwajaran jisim). Semua
struktur dipasang pada struktur dalam fail struktur. Apabila ini bukan larian
berkala fail input tidak akan diambil kira. Apabila kumpulan patut dan analisis
adalah sama dan analisis tidak berwajaran jisim, padanan juga bukan
bertimbang jisim.
Vektor eigen ditulis pada fail trajektori (-v). Apabila atom yang sama digunakan untuk
kesesuaian dan analisis kovarians, struktur rujukan untuk kesesuaian ditulis dahulu
dengan t=-1. Purata (atau rujukan apabila -rujuk digunakan) struktur ditulis dengan t=0,
vektor eigen ditulis sebagai bingkai dengan nombor vektor eigen sebagai cap masa.
Vektor eigen boleh dianalisis dengan gmx anaeig.
Lebih Baik -ascii menulis keseluruhan matriks kovarians ke fail ASCII. Pesanan daripada
elemen ialah: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
Lebih Baik -xpm menulis keseluruhan matriks kovarians kepada an .xpm fail.
Lebih Baik -xpma menulis matriks kovarians atom kepada an .xpm fail, iaitu untuk setiap pasangan atom
jumlah kovarian xx, yy dan zz ditulis.
Ambil perhatian bahawa penjurusan matriks memerlukan ingatan dan masa yang akan meningkat pada
kurangnya sepantas kuasa dua bilangan atom yang terlibat. Ia mudah untuk kehabisan
memori, dalam hal ini alat ini mungkin akan keluar dengan 'Segmentation fault'. Kamu patut
pertimbangkan dengan teliti sama ada set atom yang dikurangkan akan memenuhi keperluan anda untuk kos yang lebih rendah.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
fail xvgr/xmgr
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Trajektori ketepatan penuh: trr cpt tng
-daripada [<.gro/.g96/...>] (purata.pdb)
Fail struktur: hebat g96 pdb brk ent esp
-l [<.log>] (covar.log)
Fail log
-ascii [<.dat>] (covar.dat) (Pilihan)
Fail data generik
-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap
-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-awak (ps)
Unit untuk nilai masa: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
-[tidak] sesuai (ya)
Sesuai dengan struktur rujukan
-[no]rujuk (tidak)
Gunakan sisihan daripada konformasi dalam fail struktur dan bukannya dari
purata
-[no]mwa (tidak)
Analisis kovarians berwajaran jisim
-terakhir (-1)
Vektor eigen terakhir untuk dihapuskan (-1 adalah sehingga yang terakhir)
-[no]pbc (ya)
Gunakan pembetulan untuk keadaan sempadan berkala
Gunakan gmx-covar dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
