gmx-helix - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

gmx-helix - Kira sifat asas heliks alfa

SINOPSIS

gmx helix [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[tidak]w] [-r0 ] [-[tidak]q] [-[tidak]F]
[-[no]db] [-[tidak] ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

DESCRIPTION

gmx helix mengira semua jenis sifat heliks. Pertama, peptida diperiksa untuk mencari
bahagian heliks terpanjang, seperti yang ditentukan oleh ikatan hidrogen dan sudut phi/psi. Sedikit itu adalah
dipasang pada heliks yang ideal di sekelilingnya z-paksi dan berpusat di sekitar asal. Kemudian
sifat berikut dikira:

· Jejari heliks (fail jejari.xvg). Ini hanyalah sisihan RMS dalam dua dimensi
untuk semua atom Calpha. ia dikira sebagai sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) dengan N ialah
bilangan atom tulang belakang. Untuk heliks ideal jejari ialah 0.23 nm.

· Putar (fail twist.xvg). Purata sudut heliks setiap sisa dikira. Untuk
alpha-helix ia adalah 100 darjah, untuk 3-10 heliks ia akan menjadi lebih kecil, dan untuk 5-heliks
ia akan menjadi lebih besar.

· Kenaikan setiap sisa (fail naik.xvg). Kenaikan heliks setiap residu diplot sebagai
perbezaan dalam z-koordinat antara atom Calpha. Untuk heliks yang ideal, ini ialah 0.15 nm.

· Jumlah panjang heliks (fail len-ahx.xvg). Jumlah panjang heliks dalam nm. Ini adalah
hanya kenaikan purata (lihat di atas) kali bilangan sisa heliks (lihat di bawah).

· Heliks dipol, tulang belakang sahaja (fail dip-ahx.xvg).

· Sisihan RMS daripada heliks ideal, dikira untuk atom Calpha sahaja (fail
rms-ahx.xvg).

· Purata sudut Calpha - Calpha dihedral (fail phi-ahx.xvg).

· Purata sudut phi dan psi (fail phipsi.xvg).

· Eliptik pada 222 nm menurut Hirst dan Brooks.

PILIHAN

Pilihan untuk menentukan fail input:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fail indeks

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng

Pilihan untuk menentukan fail output:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
Fail struktur: hebat g96 pdb brk ent esp

Pilihan lain:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori

-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)

-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail

-r0 (1)
Nombor baki pertama dalam urutan

-[tidak]q (tidak)
Periksa pada setiap langkah bahagian mana dalam urutan itu heliks

-[tidak]F (ya)
Togol muat kepada heliks yang sempurna

-[no]db (tidak)
Maklumat Cetak debug

-[tidak] ev (tidak)
Tulis fail 'trajektori' baharu untuk ED

-ahxstart (0)
Sisa pertama dalam heliks

-ahxend (0)
Sisa terakhir dalam heliks

Gunakan gmx-helix dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net