gmx-make_edi - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

gmx-make_edi - Hasilkan fail input untuk pensampelan dinamik penting

SINOPSIS

gmx make_edi [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-eig [<.xvg>]]
[-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-tar [<.gro/.g96/...>]] [-ori [<.gro/.g96/...>]]
[-o [<.edi>]] [-xvg ] [-mon ]
[-linfix ] [-linacc ] [-radfix ]
[-radacc ] [-radcon ] [-banjir ]
[-outfrq ] [-cerun ] [-linstep ]
[-accdir ] [-radstep ] [-langkah maksima ]
[-eqsteps ] [-deltaF0 ] [-deltaF ]
[-tau ] [-Eflnull ] [-T ]
[-alfa ] [-[tidak] menahan] [-[tidak] hessian]
[-[tiada]harmonik] [-constF ]

DESCRIPTION

gmx make_edi menjana fail input pensampelan dinamik penting (ED) untuk digunakan
mdrun berdasarkan vektor eigen bagi matriks kovarians (gmx kovar) atau daripada mod biasa
analisis (gmx nmeig). Pensampelan ED boleh digunakan untuk memanipulasi kedudukan sepanjang kolektif
koordinat (eigenvectors) makromolekul (biologi) semasa simulasi.
Khususnya, ia boleh digunakan untuk meningkatkan kecekapan pensampelan simulasi MD oleh
merangsang sistem untuk meneroka kawasan baharu di sepanjang koordinat kolektif ini. Nombor
algoritma yang berbeza dilaksanakan untuk memacu sistem sepanjang vektor eigen
(-linfix, -linacc, -radfix, -radacc, -radcon), untuk mengekalkan kedudukan sepanjang tertentu (set
daripada) koordinat tetap (-linfix), atau hanya memantau unjuran kedudukan
ke koordinat ini (-mon).

Rujukan:

A. Amadei, ABM Linssen, BL de Groot, DMF van Aalten dan HJC Berendsen; An
kaedah yang cekap untuk pensampelan subruang penting protein., J. Biomol. Struktur. Dyn.
13:615-626 (1996)

BL de Groot, A. Amadei, DMF van Aalten dan HJC Berendsen; Ke arah yang menyeluruh
pensampelan ruang konfigurasi bagi dua bentuk hormon peptida guanylin,
J. Biomol. Struktur. Dyn. 13 : 741-751 (1996)

BL de Groot, A.Amadei, RM Scheek, NAJ van Nuland dan HJC Berendsen; Dilanjutkan
pensampelan ruang konfigurasi HPr daripada E. coli Proteins: Struct. Fungsi. Jen.
26: 314-322 (1996)

Anda akan digesa untuk satu atau lebih kumpulan indeks yang sepadan dengan vektor eigen,
struktur rujukan, kedudukan sasaran, dsb.

-mon: memantau unjuran koordinat pada vektor eigen terpilih.

-linfix: melakukan pengembangan linear langkah tetap di sepanjang vektor eigen terpilih.

-linacc: melakukan pengembangan linear penerimaan di sepanjang vektor eigen terpilih. (langkah dalam
arahan yang dikehendaki akan diterima, yang lain akan ditolak).

-radfix: melakukan pengembangan jejari langkah tetap di sepanjang vektor eigen terpilih.

-radacc: melakukan pengembangan jejari penerimaan di sepanjang vektor eigen terpilih. (langkah dalam
arah yang dikehendaki akan diterima, yang lain akan ditolak). Catatan: secara lalai
permulaan struktur MD akan diambil sebagai asal kitaran pengembangan pertama untuk jejari
pengembangan. Jika -ori ditentukan, anda akan dapat membaca dalam fail struktur yang mentakrifkan
asal luar.

-radcon: melakukan penguncupan jejari penerimaan sepanjang vektor eigen terpilih ke arah a
struktur sasaran yang ditentukan dengan -tar.

NOTA: setiap vektor eigen boleh dipilih sekali sahaja.

-outfrq: kekerapan (dalam langkah) menulis unjuran dsb. kepada .xvg fail

-cerun: cerun minimum dalam pengembangan jejari penerimaan. Kitaran pengembangan baharu akan berlaku
bermula jika peningkatan jejari secara spontan (dalam nm/langkah) adalah kurang daripada nilai
dinyatakan.

-langkah maksima: bilangan maksimum langkah setiap kitaran dalam pengembangan jejari sebelum kitaran baharu
bermula.

Perhatikan pelaksanaan selari: kerana pensampelan ED adalah perkara 'global' (kolektif
koordinat dsb.), sekurang-kurangnya pada bahagian 'protein', pensampelan ED tidak begitu
mesra selari dari sudut pelaksanaan. Kerana ED selari memerlukan beberapa
komunikasi tambahan, mengharapkan prestasi menjadi lebih rendah seperti dalam simulasi MD percuma,
terutamanya pada bilangan pangkat yang besar dan/atau apabila kumpulan ED mengandungi banyak atom.

Sila ambil perhatian juga bahawa jika kumpulan ED anda mengandungi lebih daripada satu protein, maka .tpr
fail mesti mengandungi perwakilan PBC yang betul bagi kumpulan ED. Sila lihat pada
RMSD awal daripada struktur rujukan, yang dicetak pada permulaan
simulasi; jika ini jauh lebih tinggi daripada jangkaan, salah satu molekul ED mungkin akan dialihkan
oleh vektor kotak.

Semua keluaran berkaitan ED bagi mdrun (nyatakan dengan -eo) ditulis kepada a .xvg fail sebagai fungsi
masa dalam selang langkah OUTFRQ.

Nota bahawa anda boleh mengenakan beberapa kekangan ED dan potensi banjir dalam satu-satu
simulasi (pada molekul yang berbeza) jika beberapa .edi fail disatukan dahulu. The
kekangan digunakan mengikut susunan ia muncul dalam .edi fail. Bergantung pada apa yang berlaku
dinyatakan dalam .edi fail input, fail output mengandungi untuk setiap set data ED

· RMSD molekul yang dipasang pada struktur rujukan (untuk atom yang terlibat dalam
pemasangan sebelum mengira kekangan ED)

· unjuran kedudukan pada vektor eigen terpilih

BANJIR:

bersama -banjir, anda boleh menentukan vektor eigen yang digunakan untuk mengira potensi banjir,
yang akan membawa kepada kuasa tambahan mengusir struktur keluar dari rantau yang diterangkan oleh
matriks kovarians. Jika anda menukar -sekat potensi terbalik dan strukturnya
disimpan di wilayah tersebut.

Asal biasanya struktur purata yang disimpan dalam eigvec.trr fail. Ia boleh menjadi
berubah dengan -ori kepada kedudukan sewenang-wenangnya dalam ruang konfigurasi. Dengan -tau, -deltaF0,
and -Eflnull anda mengawal tingkah laku banjir. Efl adalah kekuatan banjir, ia adalah
dikemas kini mengikut peraturan banjir adaptif. Tau ialah pemalar masa penyesuaian
banjir, tau tinggi bermakna penyesuaian lambat (iaitu pertumbuhan). DeltaF0 ialah kekuatan banjir
anda mahu capai selepas tau ps simulasi. Untuk menggunakan set Efl malar -tau kepada sifar.

-alfa ialah parameter fudge untuk mengawal lebar potensi banjir. Nilai 2
telah didapati memberikan hasil yang baik untuk kebanyakan kes standard dalam membanjiri protein.
alpha pada asasnya mengambil kira pensampelan yang tidak lengkap, jika anda mengambil sampel lebih jauh lebarnya
ensemble akan meningkat, ini ditiru oleh alpha > 1. Untuk sekatan, alpha < 1 boleh
memberi anda lebar yang lebih kecil dalam potensi penahan.

MULA SEMULA dan BANJIR: Jika anda ingin memulakan semula simulasi banjir yang ranap, sila cari
nilai deltaF dan Efl dalam fail output dan letakkannya secara manual ke dalam .edi fail di bawah
DELTA_F0 dan EFL_NULL.

PILIHAN

Pilihan untuk menentukan fail input:

-f [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Trajektori ketepatan penuh: trr cpt tng

-eig [<.xvg>] (eigenval.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks

-tar [<.gro/.g96/...>] (target.gro) (Pilihan)
Fail struktur: hebat g96 pdb brk ent esp tpr

-ori [<.gro/.g96/...>] (origin.gro) (Pilihan)
Fail struktur: hebat g96 pdb brk ent esp tpr

Pilihan untuk menentukan fail output:

-o [<.edi>] (sam.edi)
Input persampelan ED

Pilihan lain:

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada

-mon
Indeks vektor eigen untuk unjuran x (cth 1,2-5,9) atau 1-100:10 bermaksud 1 11
21 31 ... 91

-linfix
Indeks vektor eigen untuk persampelan linear kenaikan tetap

-linacc
Indeks vektor eigen untuk pensampelan linear penerimaan

-radfix
Indeks vektor eigen untuk pengembangan jejari kenaikan tetap

-radacc
Indeks vektor eigen untuk pengembangan jejari penerimaan

-radcon
Indeks vektor eigen untuk penguncupan jejari penerimaan

-banjir
Indeks vektor eigen untuk banjir

-outfrq (100)
Kekerapan (dalam langkah) menulis output dalam .xvg fail

-cerun (0)
Cerun minimum dalam pengembangan jejari penerimaan

-linstep
Saiz langkah (nm/langkah) untuk persampelan linear kenaikan tetap (masukkan dalam petikan! "1.0 2.3
5.1 -3.1")

-accdir
Arahan untuk pensampelan linear penerimaan - hanya tanda yang dikira! (letak dalam petikan! "-1
+1 -1.1")

-radstep (0)
Saiz langkah (nm/langkah) untuk pengembangan jejari kenaikan tetap

-langkah maksima (0)
Bilangan maksimum langkah setiap kitaran

-eqsteps (0)
Bilangan langkah untuk dijalankan tanpa sebarang gangguan

-deltaF0 (150)
Tenaga ketidakstabilan sasaran untuk banjir

-deltaF (0)
Mulakan deltaF dengan parameter ini - lalai 0, nilai bukan sifar hanya diperlukan
restart

-tau (0.1)
Pemalar gandingan untuk penyesuaian kekuatan banjir mengikut deltaF0, 0 =
infiniti iaitu kekuatan banjir berterusan

-Eflnull (0)
Nilai permulaan kekuatan banjir. Kekuatan banjir dikemas kini
mengikut skim banjir adaptif. Untuk penggunaan kekuatan banjir yang berterusan
-tau 0.

-T (300)
T ialah suhu, nilai diperlukan jika anda ingin melakukan banjir

-alfa (1)
Lebar skala potensi banjir gaussian dengan alpha^2

-[tidak] menahan (tidak)
Gunakan potensi banjir dengan tanda terbalik -> kesan sebagai kuasiharmonik
potensi mengekang

-[tidak] hessian (tidak)
Vektor eigen dan nilai eigen adalah daripada matriks Hessian

-[tiada]harmonik (tidak)
Nilai eigen ditafsirkan sebagai pemalar spring

-constF
Banjir daya berterusan: tetapkan daya secara manual untuk vektor eigen yang dipilih dengan
-banjir (letak dalam petikan! "1.0 2.3 5.1 -3.1"). Tiada parameter banjir lain diperlukan
apabila menyatakan daya secara langsung.

Gunakan gmx-make_edi dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net