Ini ialah arahan gmx-nmtraj yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-nmtraj - Hasilkan trajektori berayun maya daripada vektor eigen
SINOPSIS
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-fasa ] [-temp ] [-amplitud ]
[-nframes ]
DESCRIPTION
gmx nmtraj menjana trajektori maya daripada vektor eigen, sepadan dengan a
ayunan Cartesan harmonik di sekeliling struktur purata. Vektor eigen sepatutnya
biasanya berwajaran jisim, tetapi anda boleh menggunakan vektor eigen tidak berwajaran untuk menjana
gerakan ortogonal. Bingkai output ditulis sebagai fail trajektori yang meliputi keseluruhan
tempoh, dan bingkai pertama ialah struktur purata. Jika anda menulis trajektori dalam (atau
tukar kepada) format PDB anda boleh melihatnya terus dalam PyMol dan juga menjadikan fotorealistik
filem. Amplitud gerakan dikira daripada nilai eigen dan suhu pratetap,
mengandaikan kesetaraan tenaga ke atas semua mod. Untuk menjadikan gerakan itu jelas kelihatan dalam
PyMol anda mungkin mahu menguatkannya dengan menetapkan suhu tinggi yang tidak realistik.
Walau bagaimanapun, ambil perhatian bahawa kedua-dua anjakan Cartesan linear dan pemberat jisim akan
membawa kepada ubah bentuk struktur yang serius untuk amplitud tinggi - ini hanyalah satu batasan
daripada model mod biasa Cartesian. Secara lalai vektor eigen yang dipilih ditetapkan kepada 7, kerana
enam mod biasa pertama ialah darjah kebebasan translasi dan putaran.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Trajektori ketepatan penuh: trr cpt tng
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Trajektori: xtc trr hebat g96 pdb tng
Pilihan lain:
-eignr (7)
Rentetan vektor eigen untuk digunakan (pertama ialah 1)
-fasa (0.0)
Rentetan fasa (lalai ialah 0.0)
-temp (300)
Suhu (K)
-amplitud (0.25)
Amplitud untuk mod dengan nilai eigen<=0
-nframes (30)
Bilangan bingkai untuk dijana
Gunakan gmx-nmtraj dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
