Ini ialah perintah gmx-order yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-order - Kira parameter pesanan setiap atom untuk ekor karbon
SINOPSIS
pesanan gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nr [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-od [<.xvg>]] [-ob [<.pdb>]]
[-awak [<.xvg>]] [-Sg [<.xvg>]] [-Sk [<.xvg>]]
[-Sgsl [<.xvg>]] [-Sksl [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[tidak]w] [-xvg ] [-d ] [-sl ]
[-[no]szonly] [-[tidak] tidak puas] [-[tiada]permolekul] [-[tiada] jejari]
[-[no]calcdist]
DESCRIPTION
gmx bagi mengira parameter tertib setiap atom untuk ekor karbon. Untuk atom i vektor
i-1, i+1 digunakan bersama-sama dengan paksi. Fail indeks hendaklah mengandungi hanya kumpulan ke
digunakan untuk pengiraan, dengan setiap kumpulan karbon yang setara di sepanjang asil yang berkaitan
rantai dalam kumpulannya sendiri. Seharusnya tidak ada kumpulan generik (seperti Sistem, Protein).
fail indeks untuk mengelakkan mengelirukan atur cara (ini tidak berkaitan dengan susunan tetrahedral
parameter bagaimanapun, yang hanya berfungsi untuk air sahaja).
gmx bagi juga boleh memberikan semua unsur pepenjuru tensor tertib dan juga mengira
parameter pesanan deuterium Scd (lalai). Jika pilihan -szonly diberikan, hanya satu pesanan
komponen tensor (dinyatakan oleh -d pilihan) diberikan dan parameter pesanan setiap keping
dikira juga. Jika -szonly tidak dipilih, semua unsur pepenjuru dan deuterium
parameter pesanan diberikan.
Parameter susunan tetrahedrality boleh ditentukan di sekeliling atom. Kedua-dua sudut an
parameter pesanan jarak dikira. Lihat P.-L. Chau dan AJ Hardwick, Mol. Fizik.,
93, (1998), 511-518. untuk butiran lanjut.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fail indeks
-nr [<.ndx>] (index.ndx)
Fail indeks
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xvg>] (order.xvg)
fail xvgr/xmgr
-od [<.xvg>] (deuter.xvg)
fail xvgr/xmgr
-ob [<.pdb>] (eiwit.pdb)
Fail bank data protein
-awak [<.xvg>] (dihiris.xvg)
fail xvgr/xmgr
-Sg [<.xvg>] (sg-ang.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-Sk [<.xvg>] (sk-dist.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-Sgsl [<.xvg>] (sg-ang-slice.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-Sksl [<.xvg>] (sk-dist-slice.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
-d (z)
Arah normal pada membran: z, x, y
-sl (1)
Kira parameter pesanan sebagai fungsi panjang kotak, bahagikan kotak kepada ini
bilangan hirisan.
-[no]szonly (tidak)
Hanya berikan elemen Sz tensor pesanan. (paksi boleh ditentukan dengan -d)
-[tidak] tidak puas (tidak)
Kira parameter tertib untuk karbon tak tepu. Ambil perhatian bahawa ini tidak boleh dicampur
dengan parameter pesanan biasa.
-[tiada]permolekul (tidak)
Kira parameter susunan Scd per molekul
-[tiada] jejari (tidak)
Kira normal membran jejari
-[no]calcdist (tidak)
Kira jarak dari rujukan
Gunakan gmx-order dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
