Ini ialah arahan gmx-rama yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-rama - Kira plot Ramachandran
SINOPSIS
gmx rama [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[tidak]w] [-xvg ]
DESCRIPTION
gmx rama memilih gabungan phi/psi dihedral daripada fail topologi anda dan mengira
ini sebagai fungsi masa. Menggunakan alat Unix mudah seperti grep anda boleh memilih keluar
sisa tertentu.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xvg>] (rama.xvg)
fail xvgr/xmgr
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
Gunakan gmx-rama dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
