Ini ialah arahan gmx-rmsf yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-rmsf - Kira turun naik atom
SINOPSIS
gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-lembu [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-dir [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[tidak]w] [-xvg ] [-[no]res]
[-[no]aniso] [-[tidak] sesuai]
DESCRIPTION
gmx rmsf mengira turun naik purata kuasa dua akar (RMSF, iaitu sisihan piawai) bagi
kedudukan atom dalam trajektori (dibekalkan dengan -f) selepas (sebagai pilihan) dipasang pada a
bingkai rujukan (dibekalkan dengan -s).
Dengan pilihan -oq nilai RMSF ditukar kepada nilai faktor B, yang ditulis kepada a
.pdb fail dengan koordinat, fail struktur, atau a .pdb fail bila -q is
ditentukan. Pilihan -lembu menulis faktor B pada fail dengan koordinat purata.
Dengan pilihan -od sisihan kuasa dua punca purata berkenaan dengan struktur rujukan
dikira.
Dengan pilihan -aniso, gmx rmsf akan mengira faktor suhu anisotropik dan kemudiannya
juga akan mengeluarkan koordinat purata dan a .pdb fail dengan rekod ANISOU (bersesuaian dengan
yang -oq or -lembu pilihan). Sila ambil perhatian bahawa nilai U adalah bergantung kepada orientasi, jadi sebelum ini
perbandingan dengan data percubaan anda harus mengesahkan bahawa anda sesuai dengan eksperimen
koordinat.
Apabila seorang .pdb fail input dihantar ke program dan -aniso bendera ditetapkan korelasi
plot Uij akan dibuat, jika ada faktor suhu anisotropik dalam
.pdb fail.
Dengan pilihan -dir purata matriks MSF (3x3) adalah diagonal. Ini menunjukkan arah
di mana atom turun naik paling banyak dan paling sedikit.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Pilihan)
Fail bank data protein
Pilihan untuk menentukan fail output:
-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Pilihan)
Fail bank data protein
-lembu [<.pdb>] (xaver.pdb) (Pilihan)
Fail bank data protein
-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
fail xvgr/xmgr
-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-dir [<.log>] (rmsf.log) (Pilihan)
Fail log
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
-[no]res (tidak)
Kira purata bagi setiap baki
-[no]aniso (tidak)
Kira faktor suhu anisotropik
-[tidak] sesuai (ya)
Lakukan superposisi kuasa dua terkecil sebelum mengira RMSF. Tanpa ini anda mesti buat
memastikan bahawa struktur rujukan dan trajektori sepadan.
Gunakan gmx-rmsf dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
