Ini ialah arahan gmx-rotacf yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-rotacf - Kira fungsi korelasi putaran untuk molekul
SINOPSIS
gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[tidak]w] [-xvg ] [-[tidak]d] [-[no]aver]
[-acflen ] [-[no]normalkan] [-P ]
[-fitfn ] [-mulakan ] [-endfit ]
DESCRIPTION
gmx rotacf mengira fungsi korelasi putaran untuk molekul. Atom triplets
(i,j,k) mesti diberikan dalam fail indeks, mentakrifkan dua vektor ij dan jk. Putaran
ACF dikira sebagai fungsi autokorelasi bagi vektor n = ij x jk, iaitu
hasil silang kedua-dua vektor. Oleh kerana tiga atom merentangi satah, susunan ketiga-tiganya
atom tidak penting. Secara pilihan, dengan menggunakan -d suis, anda boleh mengira
fungsi korelasi putaran untuk molekul linear dengan menentukan pasangan atom (i,j) dalam
fail indeks.
CONTOH
gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n indeks -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -mulakan 2.5
-endfit 20.0
Ini akan mengira fungsi korelasi putaran menggunakan Legendre tertib pertama
polinomial sudut vektor yang ditakrifkan oleh fail indeks. Fungsi korelasi
akan dipasang dari 2.5 ps hingga 20.0 ps kepada eksponen dua parameter.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
fail xvgr/xmgr
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
-[tidak]d (tidak)
Gunakan pengganda indeks (vektor) untuk fungsi korelasi dan bukannya triplet (satah)
-[no]aver (ya)
Purata melebihi molekul
-acflen (-1)
Panjang ACF, lalai ialah separuh daripada bilangan bingkai
-[no]normalkan (ya)
Normalkan ACF
-P (0)
Susunan polinomial Legendre untuk ACF (0 menunjukkan tiada): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Tiada)
Fungsi muat: tiada, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-mulakan (0)
Masa untuk memulakan muat eksponen bagi fungsi korelasi
-endfit (-1)
Masa di mana untuk menamatkan muat eksponen bagi fungsi korelasi, -1 adalah sehingga
akhir
Gunakan gmx-rotacf dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
