Ini ialah arahan go-filter-subsetp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
go-filter-subset.pl - mengekstrak subgraf daripada fail ontologi
SINOPSIS
go-filter-subset.pl -id GO:0003767 go.obo
go-filter-subset.pl -id GO:0003767 -to png go.obo | xv -
go-filter-subset.pl -filter_code 'sub{shift->name =~ /transcr/}' go.obo
DESCRIPTION
Mengeksport subset ontologi daripada fail. Subset boleh berdasarkan set tertentu
ID, penapis "subset" pratetap dalam fail ontologi (cth GO "slim" atau subset), atau pengguna-
penapis yang ditentukan.
Subset boleh dieksport dalam sebarang format, termasuk imej grafik
HUJAH
-saya telah lakukan
ID untuk digunakan sebagai nod daun dalam subgraf. Semua nenek moyang ID ini termasuk dalam
graf yang dieksport (melainkan -separa ditetapkan)
Berbilang ID boleh diluluskan
-id ID1 -id ID2 -id ID3 ....dsb
-subset SUBSET_ID
Mengekstrak subset bernama daripada fail ontologi. (hanya berfungsi dengan fail format obo).
Contohnya, GO slim tertentu
HANYA istilah kepunyaan subset yang dieksport - pilihan -separa adalah secara automatik
menetapkan
-ruang nama NAMESPACE
hanya istilah dalam ruang nama ini
-kod_penapis SUBROUTINE
maju pilihan
Subrutin yang mana objek GO::Model::Term diuji untuk dimasukkan ke dalam
subgraf (semua nenek moyang disertakan secara automatik)
Anda harus mempunyai pemahaman tentang model objek go-perl sebelum menggunakan pilihan ini
Contoh:
go-filter-subset -filter_code 'sub {shift->namespace eq 'molecular_function'}' go.obo
(perkara yang sama boleh dicapai dengan pilihan -namespace)
-separa
Jika ini ditetapkan, maka hanya istilah yang sepadan dengan pertanyaan pengguna disertakan. Keturunan adalah
ditetapkan kepada nod induk rekursif seterusnya dalam penapis
Contohnya, dengan pilihan -subset: jika X dan Y tergolong dalam subset, dan Z tidak,
dan X ialah_a Z ialah_a Y, maka graf yang dieksport denganh mempunyai X ialah_a Y
-use_cache
Jika suis ini ditentukan, maka mod caching dihidupkan.
Dengan mod caching, kali pertama anda menghuraikan fail, maka fail tambahan akan menjadi
dieksport dalam format khas yang pantas dihuraikan. Fail ini akan mempunyai yang sama
nama fail sebagai fail asal, kecuali ia akan mempunyai akhiran ".cache".
Pada kali seterusnya anda menghuraikan fail, program ini secara automatik akan menyemak fail
kewujudan fail ".cache". Jika ia wujud, dan lebih terkini daripada fail anda
ditentukan, ini dihuraikan sebaliknya. Jika ia tidak wujud, ia dibina semula.
DOKUMENTASI
<http://www.godatabase.org/dev>
Gunakan go-filter-subsetp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
