go2fmtp - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - alat penukaran dan pembalutnya

SINOPSIS

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologi/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologi/gene_ontology.obo

DESCRIPTION

menghuraikan mana-mana fail ontologi gaya GO/OBO dan menulis sebagai format yang berbeza

HUJAH
-e ERRFILE

menulis ralat parse dalam XML - lalai kepada STDERR (sepatutnya tiada ralat parse dalam well
fail yang terbentuk)

-p FORMAT

menentukan penghurai yang hendak digunakan; jika tidak dinyatakan, akan membuat tekaan berdasarkan fail
akhiran. Lihat di bawah untuk format

-w|penulis FORMAT

format untuk output - lihat di bawah untuk senarai

-|xslt XSLT

Nama atau nama fail transformasi XSLT

Ini sama ada boleh menjadi laluan mutlak ke fail di mana-mana sahaja pada sistem fail, atau boleh
menjadi nama xslt; cth

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Jika nama dinyatakan, maka pertama sekali $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl akan dicari; jika
GO_ROOT tidak ditetapkan, maka dir modul perl tempat GO dipasang akan dicari (the
xslts akan dipasang di sini secara automatik jika anda mengikuti proses pemasangan biasa)

-use_cache
Jika suis ini ditentukan, maka mod caching dihidupkan.

Dengan mod caching, kali pertama anda menghuraikan fail, maka fail tambahan akan menjadi
dieksport dalam format khas yang pantas dihuraikan. Fail ini akan mempunyai nama fail yang sama
sebagai fail asal, kecuali ia akan mempunyai akhiran ".cache".

Pada kali seterusnya anda menghuraikan fail, program ini akan menyemak kewujudan secara automatik
daripada fail ".cache". Jika ia wujud, dan lebih terkini daripada fail yang anda nyatakan, ini
dihuraikan sebaliknya. Jika ia tidak wujud, ia dibina semula.

Ini akan membawa peningkatan kelajuan untuk b daripada format output di bawah (seperti
senarai laluan). Kebanyakan format output berfungsi dengan penghuraian berasaskan peristiwa, jadi caching objek membawa
tiada faedah dan sebenarnya akan menjadi lebih perlahan daripada memintas cache

FORMATS
format boleh tulis ialah

pergi_ont
Fail dengan akhiran ".ontology"

Ini menyimpan DAG ontologi

go_def
Fail dengan akhiran ".defs"

go_xref
Rujukan pangkalan data luaran untuk istilah GO

Fail dengan akhiran "2go" (cth ec2go, metacyc2go)

go_assoc
Anotasi gen atau produk gen menggunakan GO

Fail dengan awalan "perkaitan gen."

obo_text
Fail dengan akhiran ".obo"

Ini ialah penggantian format fail baharu untuk format fail rata GO sedia ada. Ia
mengendalikan ontologi, definisi dan xrefs (tetapi bukan persatuan)

obo_xml
Fail dengan akhiran ".obo.xml" atau ".obo-xml"

Ini ialah versi XML bagi format fail rata OBO di atas

prolog
fakta prolog - anda memerlukan penyusun/jurubahasa prolog untuk menggunakan ini. Awak boleh
alasan atas fakta ini menggunakan Obol atau projek Bio-LP yang akan datang

tbl perwakilan jadual mudah (lossy).

ringkasan
boleh digunakan pada kedua-dua fail ontologi dan fail persatuan

senarai laluan
menunjukkan semua laluan ke akar

format burung hantu OWL (lalai: OWL-DL)

OWL ialah format standard W3C untuk ontologi

Anda memerlukan fail XSL daripada pengedaran go-dev penuh untuk menjalankan ini; lihat XML
bahagian dalamhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
perwakilan YAML bagi objek GO::Model::Graph

obj_storable
Longgokan perl GO::Model::Graph object. Anda memerlukan Storable daripada CPAN untuk ini
kerja. Ini bertujuan untuk cache objek pada sistem fail, untuk akses pantas. The
perwakilan obj_storable mungkin tidak mudah alih

text_html
Format output OBO yang diperakui html

godb_prestore
XML yang memetakan terus ke skema hubungan GODB (kemudian boleh dimuatkan menggunakan
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML yang memetakan terus ke skema hubungan Chado (kemudian boleh dimuatkan menggunakan
stag-storenode.pl)

DOKUMENTASI
<http://www.godatabase.org/dev>

Gunakan go2fmtp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net