Ini ialah arahan hhalign yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
hhalign - menjajarkan penjajaran pertanyaan/HMM kepada penjajaran templat/HMM
SINOPSIS
hhalign -i pertanyaan [-t template] [pilihan]
DESCRIPTION
HHalign versi 2.0.16 (Januari 2013) Jajarkan penjajaran pertanyaan/HMM kepada templat
penjajaran/HMM oleh penjajaran HMM-HMM Jika hanya satu penjajaran/HMM diberikan ia dibandingkan dengan
itu sendiri dan penjajaran luar pepenjuru terbaik serta semua penjajaran tidak bertindih selanjutnya
ambang kepentingan di atas ditunjukkan. Remmert M, Biegert A, Hauser A, dan Soding J.
HHblits: Pencarian jujukan protein lelaran sepantas kilat mengikut penjajaran HMM-HMM. Nat.
Kaedah 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser
-i
penjajaran pertanyaan input (fasta/a2m/a3m) atau fail HMM (.hhm)
-t
penjajaran templat input (fasta/a2m/a3m) atau fail HMM (.hhm)
Output pilihan yang berikut:
-o
tulis penjajaran output ke fail
-fas
tulis penjajaran dalam FASTA, A2M (-oa2m) atau A3M (-oa3m) format
-Oa3m
tulis penjajaran pertanyaan dalam format a3m ke fail (lalai=tiada)
-Aa3m
tambahkan penjajaran pertanyaan dalam format a3m ke fail (lalai=tiada)
-atab
tulis penjajaran sebagai jadual (dengan bahagian belakang) ke fail (lalai=tiada)
-indeks gunakan penjajaran yang diberikan untuk mengira skor Viterbi (lalai=tiada)
-v
mod verbose: 0: tiada keluaran skrin 1: only warings 2: verbose
-seq [1,inf[ maks. bilangan urutan pertanyaan/templat dipaparkan (def=1)
-nocons
jangan tunjukkan jujukan konsensus dalam penjajaran (default=show)
-nopred
jangan tunjukkan struktur 2ndary yang diramalkan dalam penjajaran (default=show)
-nodssp
jangan tunjukkan struktur DSSP 2ndary dalam penjajaran (default=show)
-ssconf
tunjukkan keyakinan untuk struktur 2ndary yang diramalkan dalam penjajaran
-aliw int
bilangan lajur setiap baris dalam senarai penjajaran (def=80)
-P
untuk perbandingan kendiri: nilai p maks penjajaran (def=0.001
-p
kebarangkalian minimum dalam senarai ringkasan dan penjajaran (def=0)
-E
nilai E maksimum dalam senarai ringkasan dan penjajaran (def=1E+06)
-Z
bilangan baris maksimum dalam senarai hit ringkasan (def=100)
-z
bilangan baris minimum dalam senarai hit ringkasan (def=1)
-B
bilangan maksimum penjajaran dalam senarai penjajaran (def=100)
-b
bilangan penjajaran minimum dalam senarai penjajaran (def=1)
-pangkat int
nyatakan pangkat penjajaran untuk menulis -Oa3m or -Aa3m pilihan (lalai=1)
Saring input penjajaran (pilihan boleh be digabungkan):
-ID [0,100] identiti jujukan berpasangan maksimum (%) (def=90)
-berbeza [0,inf[ menapis set jujukan yang paling pelbagai, menyimpan sekurang-kurangnya ini
banyak urutan dalam setiap blok >50 lajur (def=100)
-cov [0,100] liputan minimum dengan pertanyaan (%) (def=0)
-qid [0,100] identiti jujukan minimum dengan pertanyaan (%) (def=0)
-qsc [0,100] skor minimum setiap lajur dengan pertanyaan (def=-20.0)
Input penjajaran format:
-M a2m gunakan A2M/A3M (lalai): huruf besar = Padanan; huruf kecil = Masukkan; '-' = Padam; '.' =
jurang sejajar dengan sisipan (boleh ditinggalkan)
-M pertama
gunakan FASTA: lajur dengan baki dalam urutan pertama ialah keadaan padanan
-M [0,100]
gunakan FASTA: lajur dengan jurang kurang daripada X% ialah keadaan padanan
HMM-HMM penjajaran pilihan yang berikut:
-glob/-loc
mod penjajaran global atau tempatan (def=local)
-alt
tunjukkan kepada bilangan penjajaran alternatif ini (def=1)
-selaraskan semula
jajarkan semula hits yang dipaparkan dengan maks. algoritma ketepatan (MAC).
-norealign
JANGAN selaraskan semula hits yang dipaparkan dengan algoritma MAC (def=realign)
-mact [0,1[
ambang kebarangkalian posterior untuk penjajaran MAC (def=0.350) Nilai ambang sebanyak
0.0 menghasilkan penjajaran global.
-sto
gunakan algoritma pensampelan stokastik global untuk mencuba banyak penjajaran ini
-tidak termasuk kecualikan kedudukan pertanyaan daripada penjajaran, cth '1-33,97-168'
-anjakan [-1,1] mengimbangi skor (def=-0.030)
-corr [0,1]
berat sebutan untuk korelasi pasangan (def=0.10)
-ssm 0-4 0:tiada pemarkahan ss [default=2]
Pemarkahan 1:ss selepas penjajaran 2:ss pemarkahan semasa penjajaran
-ssw [0,1] berat skor ss (def=0.11)
-def baca pilihan lalai daripada ./.hhdefaults atau /.hhdefault.
Contoh: hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm -png T0187pdb.png
Output pilihan yang berikut:
-o
tulis penjajaran output ke fail
-fas
tulis penjajaran dalam FASTA, A2M (-oa2m) atau A3M (-oa3m) format
-Oa3m
tulis penjajaran pertanyaan dalam format a3m ke fail (lalai=tiada)
-Aa3m
tambahkan penjajaran pertanyaan dalam format a3m ke fail (lalai=tiada)
-atab
tulis penjajaran sebagai jadual (dengan bahagian belakang) ke fail (lalai=tiada)
-v
mod verbose: 0: tiada keluaran skrin 1: only warings 2: verbose
-seq [1,inf[ maks. bilangan urutan pertanyaan/templat dipaparkan (def=1)
-nocons
jangan tunjukkan jujukan konsensus dalam penjajaran (default=show)
-nopred
jangan tunjukkan struktur 2ndary yang diramalkan dalam penjajaran (default=show)
-nodssp
jangan tunjukkan struktur DSSP 2ndary dalam penjajaran (default=show)
-ssconf
tunjukkan keyakinan untuk struktur 2ndary yang diramalkan dalam penjajaran
-aliw int
bilangan lajur setiap baris dalam senarai penjajaran (def=80)
-P
untuk perbandingan kendiri: nilai p maks penjajaran (def=0.001
-p
kebarangkalian minimum dalam senarai ringkasan dan penjajaran (def=0)
-E
nilai E maksimum dalam senarai ringkasan dan penjajaran (def=1E+06)
-Z
bilangan baris maksimum dalam senarai hit ringkasan (def=100)
-z
bilangan baris minimum dalam senarai hit ringkasan (def=1)
-B
bilangan maksimum penjajaran dalam senarai penjajaran (def=100)
-b
bilangan penjajaran minimum dalam senarai penjajaran (def=1)
-pangkat int
nyatakan pangkat penjajaran untuk menulis -Oa3m or -Aa3m pilihan (lalai=1)
-tc
tulis fail perpustakaan TCoffee untuk perbandingan berpasangan
-tct [0,100]
min. kebarangkalian pasangan sisa untuk TCoffee (def=5%)
Pilihan kepada menapis input penjajaran (pilihan boleh be digabungkan):
-ID [0,100] identiti jujukan berpasangan maksimum (%) (def=90)
-berbeza [0,inf[
tapis set urutan yang paling pelbagai, menyimpan sekurang-kurangnya banyak urutan ini dalam setiap satu
blok >50 lajur (def=100)
-cov [0,100] liputan minimum dengan pertanyaan (%) (def=0)
-qid [0,100] identiti jujukan minimum dengan pertanyaan (%) (def=0)
-qsc [0,100] skor minimum setiap lajur dengan pertanyaan (def=-20.0)
Bangunan HMM pilihan yang berikut:
-M a2m gunakan A2M/A3M (lalai): huruf besar = Padanan; huruf kecil = Masukkan; '-' = Padam; '.' =
jurang sejajar dengan sisipan (boleh ditinggalkan)
-M pertama
gunakan FASTA: lajur dengan baki dalam urutan pertama ialah keadaan padanan
-M [0,100]
gunakan FASTA: lajur dengan jurang kurang daripada X% ialah keadaan padanan
-tag JANGAN meneutralkan jujukan pengecaman His-, C-myc-, FLAG-, dan trypsin kepada
pengedaran latar belakang
Pseudocount (pc) pilihan yang berikut:
-pcm 0-2 pergantungan kedudukan campuran pc 'tau' (mod pc, lalai=2)
0: tiada kiraan pseudo:
tau = 0
1: malar
tau = a
2: bergantung kepada kepelbagaian: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: bilangan
seqs berkesan dalam MSA tempatan sekitar lajur i) 3: pseudocount kepelbagaian malar
-pca [0,1] keseluruhan campuran pseudocount (def=1.0)
-pcb [1,inf[ Nilai ambang Neff untuk -pcm 2 (def=1.5)
-pcc [0,3] eksponen kepupusan c untuk -pcm 2 (def=1.0)
-pra_pca [0,1]
PREFILTER campuran pseudocount (def=0.8)
-pra_pcb [1,inf[ PREFILTER ambang untuk Neff (def=1.8)
Konteks khusus pseudo-counts:
-nocontxt
gunakan matriks penggantian dan bukannya pseudocount khusus konteks
-contxt fail konteks untuk mengira pseudocount khusus konteks
(lalai=./data/context_data.lib)
-cslib
fail keadaan lajur untuk prapenapisan pangkalan data pantas (default=./data/cs219.lib)
Jurang kos pilihan yang berikut:
-gapb [0,inf[
Campuran pseudocount peralihan (def=1.00)
-gapd [0,inf[
Campuran pseudocount peralihan untuk jurang terbuka (lalai=0.15)
-nganga [0,1.5]
Campuran pseudocount peralihan untuk jurang lanjutan (def=1.00)
-gapf ]0,inf]
faktor untuk menambah/mengurangkan penalti terbuka jurang untuk pemadaman (def=0.60)
-gapg ]0,inf]
faktor untuk menambah/mengurangkan penalti terbuka jurang untuk sisipan (def=0.60)
-gaph ]0,inf]
faktor untuk menambah/mengurangkan jurang melanjutkan penalti untuk pemadaman(def=0.60)
-gapi ]0,inf]
faktor untuk menambah/mengurangkan jurang memanjangkan penalti untuk sisipan(def=0.60)
-cth Penalti [0,inf[ (bit) untuk jurang akhir sejajar dengan sisa pertanyaan (def=0.00)
-cth Penalti [0,inf[ (bit) untuk jurang akhir sejajar dengan sisa templat (def=0.00)
Penjajaran pilihan yang berikut:
-glob/-loc
mod penjajaran global atau tempatan (def=global)
-Mac gunakan penjajaran Ketepatan Maksimum (MAC) dan bukannya Viterbi
-mact [0,1]
ambang prob posterior untuk penjajaran MAC (def=0.350)
-sto
gunakan algoritma pensampelan stokastik global untuk mencuba banyak penjajaran ini
-sc skor asid amino (tja: templat HMM pada lajur j) (def=1)
0 = log2 Jumlah(tja*qia/pa) (pa: frekuensi latar belakang aa)
1 = log2 Jumlah(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )
2 = log2 Jumlah(tja*qia/ta) (ta: av. aa kekerapan dalam templat)
3 = log2 Jumlah(tja*qia/qa) (qa: av. aa kekerapan dalam pertanyaan)
-corr [0,1]
berat sebutan untuk korelasi pasangan (def=0.10)
-anjakan [-1,1]
mengimbangi skor (def=-0.030)
-r pengenalan berulang: berbilang hits tidak dianggap sebagai bebas
-ssm 0-2 0:tiada pemarkahan ss [default=2]
Pemarkahan 1:ss selepas penjajaran 2:ss pemarkahan semasa penjajaran
-ssw [0,1] berat skor ss berbanding skor lajur (def=0.11)
-ssa [0,1] ss matriks kekeliruan = (1-ssa)*I + ssa*psipred-confusion-matrix [def=1.00)
-tenang 0-3
penentukuran skor empirikal 0:pertanyaan 1:templat 2:kedua-duanya (def=mati)
Pilihan lalai boleh ditentukan dalam './.hhdefaults' atau '~/.hhdefaults'
Gunakan hhalign dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
