hhconsensus - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

hhconsensus - hitung jujukan konsensus untuk fail input A3M/FASTA

SINOPSIS

hhkonsensus -i [pilihan]

DESCRIPTION

HHconsensus versi 2.0.16 (Januari 2013) Kira urutan konsensus untuk
Fail input A3M/FASTA. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A, dan Soding J. HHblits: Lelaran sepantas kilat
carian jujukan protein mengikut penjajaran HMM-HMM. Nat. Kaedah 9:173-175 (2011).

-i
penjajaran pertanyaan (A2M, A3M atau FASTA), atau pertanyaan HMM

Output pilihan yang berikut:
-s
tambahkan jujukan konsensus dalam FASTA (lalai= )

-o
tulis penjajaran dengan turutan konsensus dalam A3M

-oa3m
sama

-oa2m
tulis penjajaran dengan turutan konsensus dalam A2M

-fas
tulis penjajaran dengan jujukan konsensus dalam FASTA

-v
mod verbose: 0: tiada keluaran skrin 1: only warings 2: verbose

Saring input penjajaran (pilihan boleh be digabungkan):
-ID [0,100] identiti jujukan berpasangan maksimum (%) (def=100)

-berbeza [0,inf[ menapis set jujukan yang paling pelbagai, menyimpan sekurang-kurangnya ini

banyak urutan dalam setiap blok >50 lajur (def=0)

-cov [0,100] liputan minimum dengan pertanyaan (%) (def=0)

-qid [0,100] identiti jujukan minimum dengan pertanyaan (%) (def=0)

-qsc [0,100] skor minimum setiap lajur dengan pertanyaan (def=-20.0)

Input penjajaran format:
-M a2m gunakan A2M/A3M (lalai): huruf besar = Padanan; huruf kecil = Masukkan; '-' = Padam; '.' =
jurang sejajar dengan sisipan (boleh ditinggalkan)

-M pertama
gunakan FASTA: lajur dengan baki dalam urutan pertama ialah keadaan padanan

-M [0,100]
gunakan FASTA: lajur dengan jurang kurang daripada X% ialah keadaan padanan

lain-lain pilihan yang berikut:
-tambah tambah maklumat struktur sekunder yang diramalkan daripada PSIPRED

Contoh: hhkonsensus -i stdin -s stdout

Gunakan hhconsensus dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net