Ini ialah arahan hmm2align yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
hmm2align - selaraskan jujukan ke profil HMM
SINOPSIS
hmm2align [pilihan] hmm2file seqfile
DESCRIPTION
hmm2align membaca fail HMM daripada hmmfile dan satu set urutan daripada seqfile, menyelaraskan
jujukan kepada profil HMM, dan mengeluarkan penjajaran jujukan berbilang.
seqfile mungkin dalam mana-mana format fail tidak sejajar atau sejajar yang diterima oleh HMMER. Jika ia berada dalam a
format penjajaran berbilang (cth. Stockholm, MSF, SELEX, ClustalW), penjajaran sedia ada
diabaikan (iaitu, urutan dibaca seolah-olah ia tidak sejajar - hmm2align akan diselaraskan
mereka mengikut kehendaknya).
PILIHAN
-h Cetak bantuan ringkas; termasuk nombor versi dan ringkasan semua pilihan, termasuk
pilihan pakar.
-m Sertakan dalam penjajaran hanya simbol yang dijajarkan untuk memadankan keadaan. Jangan tunjuk
simbol yang diberikan untuk memasukkan keadaan.
-o Simpan penjajaran ke fail bukannya kepada keluaran standard.
-q senyap; menekan semua output kecuali penjajaran itu sendiri. Berguna untuk paip atau
mengubah hala keluaran.
EXPERT PILIHAN
--maklumat
Tegaskan bahawa input seqfile adalah dalam format ; jangan jalankan format Babelfish
autodection. Ini sedikit sebanyak meningkatkan kebolehpercayaan program, kerana
Babelfish boleh membuat kesilapan; terutamanya disyorkan untuk tanpa pengawasan, tinggi-
larian throughput HMMER. Rentetan format yang sah termasuk FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL dan PHYLIP. Lihat Panduan Pengguna untuk a
senarai lengkap.
--mamali
Membaca penjajaran daripada fail dan menjajarkannya sebagai objek tunggal kepada HMM; cth
penjajaran dalam diadakan tetap. Ini membolehkan anda menjajarkan jujukan kepada model
bersama hmm2align dan melihatnya dalam konteks berbilang dipercayai sedia ada
penjajaran. Penjajaran kepada penjajaran ditakrifkan oleh "peta" yang disimpan dalam HMM,
dan begitu juga pantas dan dijamin konsisten dengan cara HMM dibina
daripada penjajaran. Penjajaran dalam fail mestilah betul-betul penjajaran
bahawa HMM dibina daripada. Bandingkan --withali pilihan.
--satu garisan
Keluarkan penjajaran dengan satu baris setiap jujukan, dan bukannya menyilangkan
blok penjajaran urutan. Hanya menjejaskan output format Stockholm.
--format luar
Keluarkan penjajaran dalam format . Lalai ialah format Stockholm. Format yang sah
termasuk Stockholm, SELEX, MSF, Clustal, Phylip dan A2M.
--withali
Membaca penjajaran daripada fail dan menjajarkannya sebagai objek tunggal kepada HMM; cth
penjajaran dalam diadakan tetap. Ini membolehkan anda menjajarkan jujukan kepada model
bersama hmm2align dan melihatnya dalam konteks berbilang dipercayai sedia ada
penjajaran. Penjajaran kepada penjajaran dilakukan dengan heuristik (tidak optimum)
prosedur pengaturcaraan dinamik, yang mungkin agak perlahan dan tidak dijamin
selaras sepenuhnya dengan cara HMM dibina (walaupun sepatutnya
agak rapat). Walau bagaimanapun, sebarang penjajaran boleh digunakan, bukan hanya penjajaran yang
HMM dibina daripada. Bandingkan --mamali pilihan.
Gunakan hmm2align dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
