hmm2pfam - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

hmm2pfam - cari satu atau lebih jujukan terhadap pangkalan data HMM

SINOPSIS

hmm2pfam [pilihan] hmmfile seqfile

DESCRIPTION

hmm2pfam membaca fail urutan seqfile dan membandingkan setiap urutan di dalamnya, satu demi satu,
terhadap semua HMM dalam hmmfile mencari padanan urutan yang hampir sama.

hmmfile akan dicari dahulu dalam direktori kerja semasa, kemudian dalam direktori
dinamakan oleh pembolehubah persekitaran HMMERDB. Ini membolehkan pentadbir memasang HMM
perpustakaan seperti Pfam di lokasi yang sama.

Terdapat laporan keluaran yang berasingan untuk setiap urutan dalam seqfile. Laporan ini terdiri daripada
tiga bahagian: senarai kedudukan HMM pemarkahan terbaik, senarai domain pemarkahan terbaik
mengikut urutan kejadian mereka dalam urutan, dan penjajaran untuk semua pemarkahan terbaik
domain. Skor jujukan mungkin lebih tinggi daripada skor domain untuk jujukan yang sama jika
terdapat lebih daripada satu domain dalam jujukan; skor urutan mengambil kira semua
domain tersebut. Semua jujukan mendapat markah di atas -E and -T potongan ditunjukkan pada yang pertama
senaraikan, kemudian setiap domain yang terdapat dalam senarai ini ditunjukkan dalam senarai kedua hits domain. Jika
dikehendaki, nilai E dan ambang skor bit juga boleh digunakan pada senarai domain menggunakan
--domE and --domT pilihan.

PILIHAN

-h Cetak bantuan ringkas; termasuk nombor versi dan ringkasan semua pilihan, termasuk
pilihan pakar.

-n Nyatakan bahawa model dan jujukan ialah asid nukleik, bukan protein. HMMER lain
program mengesan ini secara automatik; tetapi kerana susunan yang hmm2pfam mengakses data,
ia tidak boleh pasti menentukan "abjad" yang betul dengan sendirinya.

-A Hadkan output penjajaran kepada domain pemarkahan terbaik. -A0 mematikan
output penjajaran dan boleh digunakan untuk mengurangkan saiz fail output.

-E Tetapkan pemotongan nilai-E untuk senarai hit yang ditarafkan setiap jujukan kepada , di mana ialah
nombor nyata positif. Lalai ialah 10.0. Hit dengan nilai-E lebih baik daripada (kurang
daripada) ambang ini akan ditunjukkan.

-T Tetapkan pemotongan skor bit untuk senarai hit diperingkat setiap jujukan kepada , di mana is
nombor sebenar. Lalai ialah infiniti negatif; secara lalai, ambangnya ialah
dikawal oleh nilai-E dan bukan oleh skor bit. Hit dengan skor bit lebih baik daripada
(lebih daripada) ambang ini akan ditunjukkan.

-Z Kira skor E-nilai seolah-olah kita telah melihat pangkalan data jujukan
urutan. Lalai ditetapkan sewenang-wenangnya kepada 59021, saiz Swissprot 34.

EXPERT PILIHAN

--ak Laporkan aksesi HMM dan bukannya nama dalam laporan output. Berguna untuk tinggi-
anotasi throughput, di mana data sedang dihuraikan untuk penyimpanan dalam hubungan
pangkalan data.

--compat
Gunakan format output HMMER 2.1.1, keluaran awam 1998-2001; dengan syarat begitu
2.1.1 penghurai tidak perlu ditulis semula.

--CPU
Menetapkan bilangan maksimum CPU yang program akan dijalankan. Lalai adalah untuk menggunakan
semua CPU dalam mesin. Mengatasi pembolehubah persekitaran HMMER_NCPU. Sahaja
mempengaruhi versi berulir HMMER (lalai pada kebanyakan sistem).

--cut_ga
Gunakan pemotongan skor Pfam GA (ambang pengumpulan). Bersamaan dengan --globT
--domT , tetapi potongan GA2 dan GA1 dibaca daripada setiap HMM dalam hmmfile
secara individu. hmm2build meletakkan potongan ini di sana jika fail penjajaran adalah
dianotasi dalam format penjajaran mesra Pfam (format SELEX atau Stockholm lanjutan)
dan baris anotasi GA pilihan hadir. Jika potongan ini tidak ditetapkan
fail HMM, --cut_ga tidak berfungsi.

--cut_tc
Gunakan pemotongan skor Pfam TC (potongan dipercayai). Bersamaan dengan --globT --domT
, tetapi potongan TC2 dan TC1 dibaca daripada setiap HMM dalam hmmfile secara individu.
hmm2build meletakkan potongan ini di sana jika fail penjajaran telah dijelaskan dalam Pfam-
format penjajaran mesra (format SELEX atau Stockholm lanjutan) dan TC pilihan
baris anotasi hadir. Jika potongan ini tidak ditetapkan dalam fail HMM, --cut_tc
tidak berfungsi.

--cut_nc
Gunakan pemotongan skor Pfam NC (noise cutoff). Bersamaan dengan --globT --domT ,
tetapi potongan NC1 dan NC2 dibaca daripada setiap HMM dalam hmmfile secara individu.
hmm2build meletakkan potongan ini di sana jika fail penjajaran telah dijelaskan dalam Pfam-
format penjajaran mesra (format SELEX atau Stockholm lanjutan) dan NC pilihan
baris anotasi hadir. Jika potongan ini tidak ditetapkan dalam fail HMM, --cut_nc
tidak berfungsi.

--domE
Tetapkan pemotongan E-nilai untuk senarai hit kedudukan setiap domain kepada , di mana ialah
nombor nyata positif. Lalai ialah infiniti; secara lalai, semua domain dalam
jujukan yang melepasi ambang pertama akan dilaporkan dalam senarai kedua, jadi
bahawa bilangan domain yang dilaporkan dalam senarai setiap jujukan adalah konsisten dengan
nombor yang muncul dalam senarai setiap domain.

--domT
Tetapkan pemotongan skor bit untuk senarai hit kedudukan setiap domain kepada , di mana ialah
nombor sebenar. Lalai ialah infiniti negatif; secara lalai, semua domain dalam
jujukan yang melepasi ambang pertama akan dilaporkan dalam senarai kedua, jadi
bahawa bilangan domain yang dilaporkan dalam senarai setiap jujukan adalah konsisten dengan
nombor yang muncul dalam senarai setiap domain. penting catatan: hanya satu domain dalam a
jujukan dikawal sepenuhnya oleh parameter ini, atau oleh --domT. Yang kedua dan
domain seterusnya dalam urutan mempunyai ambang skor bit de facto 0 kerana
butiran cara HMMER berfungsi. HMMER memerlukan sekurang-kurangnya satu laluan melalui
model utama setiap urutan; untuk melakukan lebih daripada satu pas (lebih daripada satu domain) yang
penjajaran multidomain mesti mempunyai skor yang lebih baik daripada penjajaran domain tunggal,
dan oleh itu domain tambahan mesti menyumbang skor positif. Lihat Panduan Pengguna
untuk lebih terperinci.

--ke hadapan
Gunakan algoritma Forward dan bukannya algoritma Viterbi untuk menentukan per-
skor urutan. Skor setiap domain masih ditentukan oleh algoritma Viterbi.
Ada yang berpendapat bahawa Forward adalah algoritma yang lebih sensitif untuk mengesan jarak jauh
urutan homolog; Walau bagaimanapun, percubaan saya dengan HMMER tidak mengesahkan ini.

--maklumat
Tegaskan bahawa input seqfile adalah dalam format ; jangan jalankan format Babelfish
autodection. Ini sedikit sebanyak meningkatkan kebolehpercayaan program, kerana
Babelfish boleh membuat kesilapan; terutamanya disyorkan untuk tanpa pengawasan, tinggi-
larian throughput HMMER. Rentetan format yang sah termasuk FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL dan PHYLIP. Lihat Panduan Pengguna untuk a
senarai lengkap.

--null2
Matikan model nol kedua post hoc. Secara lalai, setiap penjajaran dinilai semula oleh
langkah pasca pemprosesan yang mengambil kira kemungkinan komposisi berat sebelah dalam sama ada
HMM atau urutan sasaran. Ini hampir penting dalam carian pangkalan data,
terutamanya dengan model penjajaran tempatan. Terdapat peluang yang sangat kecil untuk ini
pasca pemprosesan mungkin mengalih keluar padanan sebenar, dan dalam kes ini --null2 mungkin bertambah baik
sensitiviti dengan mengorbankan mengurangkan kekhususan dengan membiarkan komposisi berat sebelah
melanda.

--pvm Jalankan pada Mesin Maya Selari (PVM). PVM mesti sudah berjalan. The
program klien hmm2pfam-pvm mesti dipasang pada semua nod PVM. HMM
pangkalan data hmmfile dan fail indeks GSI yang berkaitan hmmfile.gsi pun mesti
dipasang pada semua nod PVM. (Indeks GSI dihasilkan oleh program
hmm2index.) Oleh kerana pelaksanaan PVM adalah terikat I/O, ia amat disyorkan
bahawa setiap nod mempunyai salinan tempatan hmmfile bukannya NFS memasang salinan kongsi.
Sokongan PVM pilihan mesti telah disusun ke dalam HMMER untuk --pvm untuk berfungsi.

--xnu Hidupkan penapisan XNU bagi jujukan protein sasaran. Tidak mempunyai kesan ke atas asid nukleik
urutan. Dalam eksperimen percubaan, --xnu nampaknya berprestasi kurang baik daripada
model post hoc null2 lalai.

Gunakan hmm2pfam dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net