Ini ialah arahan hmmfetch yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
hmmfetch - dapatkan semula profil HMM(s) daripada fail
SINOPSIS
hmmfetch [pilihan]
(mendapatkan semula HMM bernama )
hmmfetch -f [pilihan]
(mendapatkan semula semua HMM yang disenaraikan dalam )
hmmfetch --indeks [pilihan]
(indeks untuk diambil)
DESCRIPTION
Cepat mendapatkan semula satu atau lebih profil HMM daripada a (pangkalan data Pfam yang besar, untuk
contoh).
Untuk kelajuan maksimum, hendaklah diindeks terlebih dahulu, menggunakan hmmfetch --indeks. Yang
index ialah fail binari bernama .ssi. Walau bagaimanapun, ini adalah pilihan, dan mendapatkan semula akan
masih berfungsi daripada fail yang tidak diindeks, walaupun lebih perlahan.
Mod lalai adalah untuk mendapatkan semula profil tunggal dengan nama atau penyertaan, dipanggil .
Sebagai contoh:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
Dengan -f pilihan, a mengandungi senarai satu atau lebih kunci dibaca sebaliknya.
Medan dipisahkan ruang putih pertama pada setiap baris bukan ulasan bukan kosong bagi
digunakan sebagai , dan sebarang data yang tinggal pada talian diabaikan. Ini membolehkan pelbagai
daripada fail data terhad ruang putih untuk digunakan sebagai s.
Apabila menggunakan -f dan , Jika hmmfile telah diindeks, kunci diambil dalam
perintah mereka berlaku dalam fail kunci, tetapi kalau hmmfile tidak diindeks, kunci diambil dalam
perintah mereka berlaku dalam hmmfile. Ini adalah kesan sampingan daripada pelaksanaan yang membenarkan
berbilang kunci untuk diambil walaupun jika ialah aliran tidak boleh digulung semula, seperti a
paip input standard.
Dalam penggunaan biasa (tanpa --indeks or -f pilihan), mungkin '-' (sempang), yang bermaksud
membaca input daripada stdin bukannya fail. Dengan --indeks pilihan, tidak boleh
menjadi '-'; adalah tidak masuk akal untuk mengindeks aliran input standard. Dengan -f pilihan,
sama ada or (tetapi bukan kedua-duanya) mungkin '-'. Ia selalunya amat berguna
untuk membaca daripada input standard, kerana ini membenarkan penggunaan untuk menggunakan arahan sewenang-wenangnya
seruan baris untuk membuat senarai nama atau aksesi HMM, kemudian ambil semuanya kepada yang baharu
fail, hanya dengan satu arahan.
Secara lalai, HMM yang diambil dicetak ke output standard dalam format HMMER3.
PILIHAN
-h Bantuan; cetak peringatan ringkas tentang penggunaan baris arahan dan semua pilihan yang tersedia.
-f Hujah baris perintah kedua ialah a bukannya bujang . Yang
medan pertama pada setiap baris digunakan sebagai retrieval (nama HMM
atau penyertaan). Baris kosong dan baris ulasan (yang bermula dengan # aksara) ialah
diabaikan.
-o Keluarkan HMM ke fail bukannya kepada keluaran standard.
-O Keluarkan HMM kepada fail individu yang dinamakan bukannya keluaran standard. Dengan
yang -f pilihan, ini boleh menyebabkan banyak fail dibuat.
--indeks
Daripada mendapatkan semula satu atau lebih profil daripada , indeks yang Untuk
pengambilan masa depan. Ini mewujudkan a .ssi fail indeks binari.
Gunakan hmmfetch dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
