img2dcm - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

img2dcm - Tukar format imej standard ke dalam format DICOM

SINOPSIS

img2dcm [pilihan] imgfile-in dcmfile-out

DESCRIPTION

. img2dcm alat berfungsi sebagai alat penukaran daripada format imej standard seperti JPEG atau BMP
kepada DICOM. Kelas SOP keluaran yang berbeza boleh dipilih. Maklumat tambahan
(mengenai pesakit, siri, dll.) yang disimpan dalam fail output DICOM boleh diekstrak daripada
fail DICOM lain yang berfungsi sebagai 'template' untuk objek DICOM yang terhasil. img2dcm boleh
juga dikonfigurasikan untuk mencipta atribut DICOM jenis 1 dan jenis 2 yang hilang untuk berfungsi walaupun
tanpa sebarang set data templat.

PARAMETER

imgfile-in fail imej untuk diimport

dcmfile-out fail keluaran DICOM

PILIHAN

umum pilihan
-h --bantuan
cetak teks bantuan ini dan keluar

--versi
maklumat versi cetakan dan keluar

--hujah
cetak argumen baris perintah yang dikembangkan

-q --senyap
mod senyap, tiada cetak amaran dan ralat

-v --verbose
mod verbose, butiran pemprosesan cetakan

-d --debug
mod nyahpepijat, cetak maklumat nyahpepijat

-ll --log-level [l]evel: pemalar rentetan
(maut, ralat, amaran, maklumat, nyahpepijat, jejak)
gunakan tahap l untuk pembalak

-lc --log-config [f]ilename: string
gunakan fail konfigurasi f untuk pembalak

input pilihan
umum:

-i --input-format [i]nput format fail: rentetan
format yang disokong: JPEG (lalai), BMP

-df --dataset-from [f]ilename: string
gunakan set data daripada fail DICOM f

-stf --study-from [f]ilename: string
membaca pesakit/kajian daripada fail DICOM f

-sef --series-from [f]ilename: string
membaca pesakit/kajian/siri daripada fail DICOM f

-ii --instance-inc
tingkatkan nombor contoh dibaca daripada fail DICOM

Format JPEG:

-dp --disable-progr
lumpuhkan sokongan untuk JPEG progresif

-de --disable-ext
lumpuhkan sokongan untuk JPEG berjujukan lanjutan

-jf --bertegas-pada-jfif
menegaskan kewujudan pengepala JFIF

-ka --keep-appn
simpan bahagian APPn (kecuali JFIF)

pemprosesan pilihan
pemeriksaan atribut:

--buat-pemeriksaan
dayakan semakan kesahihan atribut (lalai)

--tiada-cek
lumpuhkan pemeriksaan kesahihan atribut

+i2 --insert-type2
masukkan atribut jenis 2 yang hilang (lalai)
(hanya dengan --do-checks)

-i2 --no-type2-insert
jangan masukkan atribut jenis 2 yang hilang
(hanya dengan --do-checks)

+i1 --invent-type1
cipta atribut jenis 1 yang hilang
(hanya dengan --do-checks)

-i1 --no-type1-invent
jangan cipta atribut jenis 1 yang hilang
(hanya dengan --do-checks)

set watak:

+l1 --latin1
tetapkan latin-1 sebagai set aksara standard (lalai)

-l1 --no-latin1
simpan ASCII 7-bit sebagai set aksara standard

pilihan pemprosesan lain:

-k --key [k]ey: gggg,eeee="str", nama laluan atau kamus="str"
tambah atribut lagi

output pilihan
kelas SOP sasaran:

-sc --sec-capture
tulis kelas SOP Tangkapan Menengah

-nsc --sc baru
tulis kelas SOP Tangkapan Menengah baharu

-vlp --vl-foto
tulis kelas SOP Fotografi Cahaya Kelihatan (lalai)

format fail output:

+F --tulis-fail
tulis format fail (lalai)

-F --tulis-set data
tulis set data tanpa maklumat meta fail

pengekodan panjang kumpulan:

+g= --group-length-recalc
kira semula panjang kumpulan jika ada (lalai)

+g --kumpulan-panjang-buat
sentiasa menulis dengan elemen panjang kumpulan

-g --kumpulan-panjang-buang
sentiasa menulis tanpa elemen panjang kumpulan

pengekodan panjang dalam urutan dan item:

+e --panjang-eksplisit
tulis dengan panjang yang jelas (lalai)

-e --panjang-tidak ditentukan
tulis dengan panjang yang tidak ditentukan

padding trailing set data (bukan dengan --write-dataset):

-p --padding-off
tiada padding (tersirat jika --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: integer
selaraskan fail pada berbilang f bait
dan item pada berbilang i bait

NOTA

atribut Sumber
Untuk menukar format imej umum ke dalam format DICOM, img2dcm permohonan mungkin
disuap dengan beberapa input tambahan untuk mengisi atribut mandatori (dan pilihan) dalam yang baharu
Fail DICOM seperti maklumat pesakit, kajian dan siri. Maklumat ini boleh dikumpul
menggunakan pendekatan yang berbeza, yang boleh digabungkan dan digunakan pada fail hasil dalam
susunan berikut:

· Menggunakan --set data-daripada pilihan img2dcm terpaksa mengimport atribut daripada yang sedia ada
fail DICOM. Fail DICOM yang diberikan diimport sepenuhnya dan berfungsi sebagai asas untuk semua
operasi eksport selanjutnya. Sebagai pengecualian, UID Instance SOP tidak disalin oleh ini
pilihan. Juga data berkaitan imej seperti Baris, Lajur dsb. ditukar semasa penukaran.
Perhatikan bahawa img2dcm tidak menyemak sebarang nilai atribut lain untuk kesahan, contohnya
tidak melihat ke dalam urutan untuk menyesuaikan sebarang atribut kepada objek baharu (imej yang dirujuk
dan lain-lain.). Oleh itu, adalah disyorkan untuk menggunakan templat dalam direktori data untuk (lama)
Objek SC dan VLP. Lihat juga bahagian 'Templat Input'.
· The --belajar-daripada and --siri-daripada pilihan (saling eksklusif) boleh digunakan untuk mengimport
maklumat pesakit, kajian dan siri daripada fail DICOM sedia ada. Jika --siri-daripada is
ditentukan, maka fail DICOM yang diberikan dibuka oleh img2dcm dan semua maklumat wajib
ke peringkat siri diimport. Ambil perhatian bahawa ini termasuk pesakit, kajian dan siri
maklumat. Dalam kes --belajar-daripada, maklumat siri dikecualikan. Yang berikut
atribut diambil alih:
Tahap Pesakit:
Nama Pesakit
ID Pesakit
Jantina Pesakit
Tarikh Lahir Pesakit
Set Watak Khusus

Tahap Pengajian:
UID Contoh Kajian
Tarikh Kajian
Masa belajar
Merujuk Nama Doktor
ID Kajian
Nombor Kesertaan

Tahap Siri (hanya dalam kes pilihan --siri-daripada):
UID Instance Siri
Nombor Siri
pengeluar
· Dengan --insert-type2 and --invent-type1 pilihan (kedua-duanya didayakan setiap lalai), tiada
atribut (atribut jenis 2) dan/atau nilai atribut tiada (untuk atribut jenis 1)
ditambah dan dicipta secara automatik oleh img2dcm. Sila ambil perhatian bahawa pilihan ini hanyalah
dinilai jika pilihan --buat-pemeriksaan didayakan (lalai). Sekiranya --tiada-cek pilihan ialah
didayakan, tiada sisipan atribut automatik akan berlaku.
· The --kunci pilihan boleh digunakan untuk menambah atribut lanjut pada fail output DICOM. ini
pilihan digunakan pada penghujung, sejurus sebelum menyimpan fail DICOM. Ia juga
mungkin untuk menentukan urutan, item dan atribut bersarang menggunakan --kunci pilihan. Dalam
kes ini, notasi 'laluan' khas perlu digunakan. Butiran mengenai tatatanda laluan ini boleh
ditemui dalam dokumentasi dcmodify.
UID
UID Kajian dan Contoh Siri baharu dijana if perlu selepas mengaplikasikan --belajar-
dari and --siri pilihan. Jika UID Contoh Kajian atau UID Contoh Siri tidak ada
selepas langkah-langkah ini, ia baru dijana, secara bebas antara satu sama lain. Sebaliknya
tingkah laku dipilih untuk UID Instance SOP yang boleh dijangka diambil alih apabila
menggunakan --set data-daripada pilihan. Ini adalah tidak kesnya, SOP Instance UID ialah tidak disalin
kepada objek baru. Ini sepatutnya menjadi tingkah laku yang diingini untuk kebanyakan kes penggunaan. Walau bagaimanapun, jika a
UID Contoh SOP tertentu harus dimasukkan ke dalam objek baharu, iaitu --kunci pilihan harus
digunakan.
Input Templates
Untuk menyokong penukaran kepada DICOM, img2dcm datang dengan beberapa templat yang telah ditetapkan
yang boleh digunakan untuk --set data-daripada pilihan (lihat fail sampel SC.buangan and VLP.dump).
Templat ini harus diisi dengan nilai yang dikehendaki dan kemudian mesti dibuang
(ditukar) kepada fail DICOM sebelum benar-benar digunakan dengan img2dcm. Penggunaan dump2dcm kepada
tukar tempat pembuangan kepada DICOM. Contoh:
dump2dcm SC.dump SC.dcm

Anda boleh menggunakan mana-mana fail DICOM sebagai templat. Sila ambil perhatian bahawa DICOM yang lengkap
set data diimport; oleh itu, perlu dipastikan bahawa hanya sifat-sifat yang ada
harus menjadi sebahagian daripada objek DICOM yang dibina. UID Kelas SOP dan Data Piksel
atribut (termasuk atribut seperti Baris, Lajur dll.) tidak disalin tetapi digantikan dengan
img2dcm semasa penukaran.
Input Plugin
. img2dcm aplikasi kini menyokong format imej JPEG dan BMP sebagai input.
JPEG Input Pasangkan
Untuk JPEG, JPEG asal daripada fail sumber tidak dinyahkod tetapi diekstrak dan sedikit
diubah (cth pengepala JFIF dipotong) untuk membolehkan penukaran pantas fail JPEG yang besar
tanpa memerlukan penyahkodan dan pengekodan semula. Pemalam JPEG memilih output yang diperlukan
pindahkan sintaks secara automatik bergantung pada pengekodan sebenar data di dalam JPEG
fail. Oleh itu, Sintaks Pemindahan berikut (dan pengekodan JPEG yang sepadan)
digunakan oleh pemalam JPEG:
· Proses Pengekodan JPEG 1 Garis Dasar, Lossy, Bukan Hierarki, Berjujukan, DCT, Huffman, 8 Bit
Kelas SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.50
· Proses Pengekodan JPEG 2 (8-bit) dan 4 (12-bit) Dilanjutkan, Lossy, Bukan Hierarki,
Sequential, DCT, Huffman, Kelas SOP 8/12 Bit = 1.2.840.10008.1.2.4.51
· Proses Pengekodan JPEG 10 (8-bit) dan 12 (12-bit) Kemajuan Penuh, lossy, Bukan Hierarki.,
Progresif, DCT, Huffman, Kelas SOP 8/12 Bit = 1.2.840.10008.1.2.4.55
Imej berwarna dan skala kelabu disokong.
Sokongan untuk Sintaks Pemindahan JPEG Lanjutan boleh dilumpuhkan (--disable-ext pilihan)
serta sokongan untuk Sintaks Pemindahan JPEG Progresif (bersara) (--disable-progr
pilihan).
Pengekodan tanpa kehilangan JPEG serta mana-mana mod pengekodan JPEG aritmetik atau hierarki adalah
tidak disokong oleh pemalam.
Maklumat JFIF (JPEG File Interchange Format) memudahkan penanda APPn pilihan dalam a
fail JPEG. Banyak kamera digital tidak menyepadukan maklumat JFIF sedemikian ke dalam JPEG
output yang mereka cipta. Sebagai contoh, JFIF mengandungi maklumat tentang nisbah bidang piksel bagi
imej yang dimampatkan. Jika anda mahukan img2dcm permohonan untuk mendesak tajuk JFIF masuk
aliran JPEG, anda boleh menggunakan pilihan --berdesak-pada-jfif yang akan menggugurkan jika tiada JFIF
maklumat boleh didapati. Secara lalai, maklumat JFIF yang tiada diabaikan.
Untuk DICOM ia adalah sejenis 'zon kelabu', sama ada penyepaduan JFIF (atau mana-mana APPn lain)
data ke dalam aliran JPEG dalaman objek DICOM dibenarkan atau tidak. Walau bagaimanapun, yang paling
pendekatan yang boleh dipercayai ialah memotong penanda tersebut dan maklumat mereka daripada aliran JPEG. ini
pendekatan juga diambil oleh img2dcm permohonan. Secara lalai, semua penanda APPn dipotong
dimatikan daripada strim JPEG asal. Walau bagaimanapun, jika anda ingin menyimpan penanda APPn lain daripada
JFIF (cth maklumat EXIF) dalam aliran DICOM, pilihan --keep-appn adakah itu
tipu helah. Ia juga sepatutnya lebih pantas sedikit daripada memotong maklumat APPn, kerana memang begitu
tidak perlu mengimbas keseluruhan strim JPEG untuk data tersebut. Maklumat JFIF ialah sentiasa
dikeluarkan oleh img2dcm.
BMP Input Pasangkan
img2dcm menyokong BMP sebagai format input. Walau bagaimanapun, setakat ini hanya imej BMP yang paling biasa
disokong. Khususnya, imej BMP yang menggunakan medan bit atau pengekodan panjang larian akan menjadi
ditolak. Imej sebegitu jarang berlaku. Semua imej input akan ditukar kepada imej DICOM
dengan model warna RGB dan sedikit kedalaman 24. Tiada pilihan khusus untuk penalaan halus
Penukaran format BMP.
Output Plugin
Kelas SOP keluaran yang dikehendaki boleh dipilih pada baris arahan. Pada masa ini, eksport
pemalam untuk kelas SOP Tangkapan Imej Sekunder (lalai, pilihan -sc), Menengah baharu
Tangkap kelas SOP Imej (pilihan -nsc) dan kelas SOP Imej Fotografi Cahaya Kelihatan
(pilihan -vl) boleh didapati. Sila ambil perhatian bahawa yang pertama ditamatkan mengikut
Piawaian DICOM tetapi dipilih sebagai lalai kerana ia disokong secara meluas. masa depan
versi img2dcm mungkin menyediakan pemalam keluaran selanjutnya untuk Kelas SOP lain.
Untuk kelas SOP Tangkapan Menengah baharu, tidak mungkin untuk menentukan yang khusus
Kelas SOP harus digunakan untuk output. Ini kerana kelas SOP baharu ini adalah
dibezakan antara satu sama lain dengan kedalaman warna (1/8/16) dan fakta sama ada imej itu
hitam/putih atau berwarna. Itulah sebabnya img2dcm memutuskan semasa penukaran, SOP keluaran yang mana
kelas sesuai untuk imej sumber yang diberikan.

CONTOH

Berikut adalah beberapa contoh yang menunjukkan bagaimana img2dcm aplikasi boleh digunakan.
1. img2dcm image.jpg out.dcm
Baca fail JPEG 'image.jpg', tukar kepada kelas Secondary Capture SOP lama dan simpan
keputusan ke fail DICOM 'out.dcm'. Ini adalah cara yang paling mudah digunakan img2dcm. Apa-apa jenis
1 dan jenis 2 atribut yang diperlukan untuk menulis objek sah kelas SOP ini ialah
dimasukkan secara automatik.
2. img2dcm -i BMP image.bmp out.dcm
Sama seperti di atas tetapi memberitahu img2dcm untuk membaca fail BMP dan bukannya JPEG.
3. img2dcm image.jpg out.dcm -vlp -k 'PatientName=Bond^James'
Sama seperti contoh pertama, tetapi menulis objek Imej Fotografi Cahaya Kelihatan ke 'out.dcm'
dan menetapkan PatientName kepada 'Bond^James' yang sebaliknya akan dibiarkan kosong.
4. img2dcm image.jpg out.dcm --series-from template.dcm -k 'PatientName=Bond^James'
Sama seperti 1), tetapi mengimport maklumat pesakit/kajian/siri daripada fail DICOM
'template.dcm'. Sila ambil perhatian bahawa atribut PatientName akan mengandungi 'Bond^James' di
penghujungnya, sebarang nilai daripada 'template.dcm' akan ditimpa. Iaitu, kerana -k
pilihan digunakan pada penghujung saluran paip penukaran (lihat di atas).
5. img2dcm image.jpg out.dcm --tiada-semak
Sama seperti 1), tetapi tidak melakukan sebarang pemeriksaan atribut dan tiada jenis 1 dan jenis 2
sisipan atribut! Jadi dalam kes ini, objek DICOM yang tidak sah akan dihasilkan. ini
boleh menjadi menarik jika fail output tidak dimaksudkan untuk disiapkan tetapi akan menjalani
transformasi selanjutnya, cth menambah atribut menggunakan dcmodify. Hanya gunakan pilihan --tidak-
cek jika anda tahu apa yang anda lakukan!
6. img2dcm image.jpg out.dcm --no-type1-invent
Sama seperti 1), tetapi tidak memasukkan atribut jenis 1 yang hilang dan/atau nilainya. Jenis 2
atribut akan disisipkan. Ambil perhatian bahawa dalam kes ini ia mesti dipastikan bahawa semua jenis 1
atribut disediakan dengan cara lain, iaitu dengan menambahkannya dengan --kunci pilihan.
Jika tidak, img2dcm akan melaporkan ralat dan akan berhenti menukar.
7. img2dcm image.jpg out.dcm --keep-appn --insist-on-jfif
Sama seperti 1), tetapi mengambil alih maklumat APPn seperti EXIF ​​ke dalam objek DICOM
terhasil aliran JPEG. Selanjutnya, --berdesak-pada-jfif akan paksa img2dcm untuk menggugurkan kandungan jika tidak
Maklumat JFIF wujud dalam fail sumber.

MASUK

Tahap output pengelogan pelbagai alatan baris arahan dan perpustakaan asas boleh
ditentukan oleh pengguna. Secara lalai, hanya ralat dan amaran ditulis kepada standard
aliran ralat. Menggunakan pilihan --verbose juga mesej maklumat seperti butiran pemprosesan
dilaporkan. Pilihan --nyahpepijat boleh digunakan untuk mendapatkan butiran lanjut tentang aktiviti dalaman,
cth untuk tujuan penyahpepijatan. Tahap pembalakan lain boleh dipilih menggunakan pilihan --log-
tahap. dalam --senyap mod hanya ralat maut dilaporkan. Dalam kejadian ralat yang sangat teruk,
permohonan biasanya akan ditamatkan. Untuk butiran lanjut tentang tahap pembalakan yang berbeza,
lihat dokumentasi modul 'oflog'.
Sekiranya output pembalakan harus ditulis ke fail (sebagai pilihan dengan putaran fail log),
kepada syslog (Unix) atau pilihan log peristiwa (Windows). --log-config boleh digunakan. ini
fail konfigurasi juga membenarkan untuk mengarahkan hanya mesej tertentu ke output tertentu
strim dan untuk menapis mesej tertentu berdasarkan modul atau aplikasi di mana ia
dijana. Contoh fail konfigurasi disediakan dalam /logger.cfg.

COMMAND LINE

Semua alatan baris arahan menggunakan tatatanda berikut untuk parameter: kurungan segi empat sama sertakan
nilai pilihan (0-1), tiga titik mengekor menunjukkan bahawa berbilang nilai dibenarkan
(1-n), gabungan kedua-duanya bermakna 0 hingga n nilai.
Pilihan baris arahan dibezakan daripada parameter dengan tanda '+' atau '-' terkemuka,
masing-masing. Biasanya, susunan dan kedudukan pilihan baris arahan adalah sewenang-wenangnya (iaitu mereka
boleh muncul di mana-mana). Walau bagaimanapun, jika pilihan adalah saling eksklusif penampilan paling kanan
digunakan. Tingkah laku ini mematuhi peraturan penilaian standard cengkerang Unix biasa.
Selain itu, satu atau lebih fail arahan boleh ditentukan menggunakan tanda '@' sebagai awalan kepada
nama fail (cth @command.txt). Hujah arahan sedemikian digantikan dengan kandungan
fail teks yang sepadan (berbilang ruang putih dianggap sebagai pemisah tunggal melainkan
ia muncul di antara dua tanda petikan) sebelum sebarang penilaian selanjutnya. Sila ambil perhatian bahawa
fail arahan tidak boleh mengandungi fail arahan lain. Pendekatan yang mudah tetapi berkesan ini
membolehkan seseorang meringkaskan gabungan biasa pilihan/parameter dan mengelakkan longish dan
baris arahan yang mengelirukan (contoh disediakan dalam fail /dumppat.txt).

PERSEKITARAN

. img2dcm utiliti akan cuba memuatkan kamus data DICOM yang dinyatakan dalam
DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran. Secara lalai, iaitu jika DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran
tidak ditetapkan, fail /dicom.dic akan dimuatkan melainkan kamus dibina
ke dalam aplikasi (lalai untuk Windows).
Tingkah laku lalai harus diutamakan dan DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran sahaja
digunakan apabila kamus data alternatif diperlukan. The DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran
mempunyai format yang sama seperti cangkerang Unix PATH pembolehubah dalam itu titik bertindih (':') memisahkan
entri. Pada sistem Windows, koma bertitik (';') digunakan sebagai pemisah. Kamus data
kod akan cuba memuatkan setiap fail yang dinyatakan dalam DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran. Ia
adalah ralat jika tiada kamus data boleh dimuatkan.

Gunakan img2dcm dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net