Ini ialah perintah kekal yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
kekal - simulator evolusi biologi yang berkuasa dan fleksibel
SINOPSIS
tidak dapat dilupakan
Tiada pilihan boleh dihantar melalui baris arahan.
DESCRIPTION
tidak dapat dilupakan boleh mensimulasikan evolusi nukleotida, asid amino atau kodon berbilang partition
set data melalui proses penyisipan, pemadaman, dan penggantian secara berterusan
masa. Semua model evolusi biasa disokong.
Dokumentasi penuh untuk tidak dapat dilupakan terdapat di bawah
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.
CONFIGURATION
tidak dapat dilupakan membaca tetapan untuk simulasi dijalankan daripada fail bernama control.txt dalam
direktori semasa. Fail dibahagikan kepada blok, dengan setiap blok mengawal satu
aspek khusus simulasi. Blok mungkin mengandungi sub-blok lagi. Komen boleh
diberikan dalam gaya C atau C++. Jika tidak dapat dilupakan dilaksanakan tanpa fail kawalan hadir, an
contoh fail dijana.
[TYPE] jenis
Setiap fail kawalan mesti bermula dengan a JENIS blok. Jenis yang mungkin adalah NUKLEOTIDA,
ASID AMINO, dan CODON.
[TETAPAN]
Blok ini menentukan keutamaan pengguna yang tidak penting seperti jenis fail output dan
format, benih untuk penjana nombor rawak, dan sama ada untuk mengeluarkan secara terperinci
laporan.
[MODEL] nama model
Blok ini memulakan model evolusi baharu untuk digunakan untuk simulasi. The
parameter tertentu termasuk model penggantian, kadar indel dan tapak kodon
model dikawal melalui submodel. nama model boleh menjadi mana-mana nama pilihan anda.
[POKOK] nama pokok newick
Blok ini digunakan untuk menentukan pokok panduan dengan nama yang diberikan nama pokok.
Jarak evolusi diwakili sebagai panjang cawangan untuk pokok dalam NEWICK
format.
[CAWANGAN]
Blok ini digunakan untuk mensimulasikan proses tidak pegun dan tidak homogen.
Model yang berbeza boleh ditentukan pada cawangan yang berbeza bagi pokok panduan yang membenarkan
cawangan mempunyai model penggantian yang berbeza, taburan panjang indel, kadar
heterogeniti, komposisi asas dsb.
[PARTITIONS] nama partition
Semasa setiap menjalankan beberapa partition jujukan boleh disimulasikan. Untuk setiap partition
pokok panduan, model evolusi dan panjang jujukan perlu dinyatakan.
[BERKEMBANG]
Dalam blok ini berbilang replika partition boleh dihasilkan.
HAKCIPTA
Hak Cipta © 2010 William Fletcher Lesen GPLv3+: GNU GPL versi 3 atau lebih baru.
Ini adalah perisian percuma: anda bebas untuk menukar dan mengedarkannya semula. TIADA WARANTI,
setakat yang dibenarkan oleh undang-undang. Teks lesen penuh boleh didapati di
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
PENGHARGAAN
William Fletcher dan Ziheng Yang (2009). INDELible: Simulator Biologi yang Fleksibel
Evolusi Urutan, Molekul Biologi and Evolusi 26(8): 1879-1888.
Gunakan kekal dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
