indexdb_rna - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

indexdb_rna - alat untuk menapis, pemetaan dan OTU-memilih bacaan NGS (indexdb)

SINOPSIS

indexdb_rna --rujuk db.fasta,db.idx [PILIHAN]

DESCRIPTION

SortMeRNA ialah alat analisis jujukan biologi untuk penapisan, pemetaan dan pemilihan OTU
NGS membaca. Algoritma teras adalah berdasarkan benih anggaran dan membolehkan untuk cepat dan
analisis sensitif jujukan nukleotida. Aplikasi utama SortMeRNA ialah penapisan
rRNA daripada data metatranscriptomic. Aplikasi tambahan termasuk OTU-picking dan
penetapan taksonomi tersedia melalui QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA mengambil sebagai input fail bacaan (format fasta atau fastq) dan satu atau berbilang rRNA
fail pangkalan data, dan menyusun rRNA dan bacaan yang ditolak kepada dua fail yang ditentukan oleh
pengguna. Secara pilihan, ia boleh menyediakan penjajaran tempatan berkualiti tinggi bagi bacaan rRNA terhadap
pangkalan data rRNA. SortMeRNA berfungsi dengan data Illumina, 454, Ion Torrent dan PacBio, dan boleh
menghasilkan penjajaran seperti SAM dan BLAST.

PILIHAN

MANDATORY PILIHAN
--rujuk STRING,STRING
Fail rujukan FASTA, fail indeks
Contoh:
--rujuk /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
Jika menghantar berbilang fail jujukan rujukan, pisahkan dengan ':'
Contoh:
--rujuk /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

PILIHAN PILIHAN
--cepat BOOL
pilihan yang dicadangkan untuk menjajarkan ~99% spesies berkaitan (lalai: mati)

--sensitif BOOL
pilihan yang dicadangkan untuk menjajarkan ~75-98% spesies berkaitan (lalai: hidup)

--tmpdir TALI
direktori tempat menulis fail sementara

-m INT jumlah memori (dalam Mbytes) untuk membina indeks (lalai: 3072)

-L INT panjang biji (lalai: 18)

--max_pos INT
bilangan maksimum kedudukan untuk disimpan bagi setiap L-mer unik (lalai: 10000, tetapan
--max_pos 0 akan menyimpan semua kedudukan)

-v BOOL
kata kerja

-h BOOL
membantu

Gunakan indexdb_rna dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net