ipdSummary - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

ipdSummary - Kesan pengubahsuaian asas DNA daripada tandatangan kinetik.

DESCRIPTION

kineticsTool memuatkan IPD yang diperhatikan pada setiap kedudukan dalam genom, dan membandingkan IPD tersebut
kepada nilai yang dijangkakan untuk DNA yang tidak diubah suai, dan mengeluarkan keputusan ujian statistik ini.
Nilai IPD yang dijangkakan untuk DNA yang tidak diubah suai boleh datang daripada sama ada an dalam siliko kawalan atau
dikuatkan kawalan. Kawalan dalam silico dilatih oleh PacBio dan dihantar dengan
pakej. Ia meramalkan ramalan IPD menggunakan konteks jujukan tempatan di sekeliling semasa
kedudukan. Set data kawalan yang diperkuat dijana dengan menyusun DNA yang tidak diubah suai dengan
urutan yang sama seperti sampel ujian. Sampel kawalan yang dikuatkan biasanya dihasilkan oleh
amplifikasi genom keseluruhan sampel asal.

Pengubahsuaian Pengesanan
Mod asas kineticsTools melakukan perbandingan bebas IPD pada setiap kedudukan pada
genom, untuk setiap helai, dan memancarkan pelbagai statistik kepada CSV dan GFF (selepas menggunakan
penapis kepentingan).

Pengubahsuaian Pengenalan
kinetikAlat Juga mempunyai a Pengubahsuaian Pengenalan mod Bahawa boleh menyahkod berbilang tapak IPD
'cap jari' ke dalam a dikurangkan menetapkan of panggilan of khusus perubahan. ini ciri mempunyai yang
berikutan faedah:

· Pengubahsuaian berbeza yang berlaku pada asas yang sama boleh dibezakan (untuk
contoh m5C dan m4C)

· Isyarat daripada satu pengubahsuaian digabungkan menjadi satu statistik, bertambah baik
kepekaan, mengalihkan puncak tambahan dan memusatkan panggilan dengan betul

PILIHAN

Sila hubungi program ini dengan - membantu untuk melihat pilihan yang ada.

ALGORITMA

Sintetik Mengawal
Kajian tentang hubungan antara IPD dan konteks jujukan mendedahkan bahawa kebanyakan daripada
variasi dalam min IPD merentas genom boleh diramalkan daripada konteks jujukan 12 asas
mengelilingi tapak aktif polimerase DNA. Batasan konteks yang berkaitan
tetingkap sepadan dengan tingkap DNA yang bersentuhan dengan polimerase, seperti yang dilihat dalam
Struktur kristal DNA/polimerase. Untuk memudahkan proses mencari pengubahsuaian DNA
dengan data PacBio, alat ini termasuk jadual carian terlatih yang memetakan 12-mer DNA
jujukan kepada min IPD yang diperhatikan dalam kimia C2.

Penapisan and Perapian
kineticsTools menggunakan Pemetaan QV yang dijana oleh BLASR dan disimpan dalam fail cmp.h5 untuk
abaikan bacaan yang tidak dipetakan dengan yakin. QV Pemetaan minimum lalai yang diperlukan ialah
10, membayangkan bahawa BLASR mempunyai 90\% keyakinan bahawa bacaan dipetakan dengan betul. Disebabkan
julat panjang baca yang wujud dalam data PacBioIni boleh diubah dalam menggunakan
--mapQvThreshold argumen baris arahan, atau melalui dialog konfigurasi SMRTPortal untuk
Pengesanan Pengubahsuaian.

Terdapat beberapa ciri data PacBio yang memerlukan perhatian khusus untuk mencapainya
prestasi pengesanan pengubahsuaian yang baik. kineticsTools memeriksa penjajaran antara
asas yang diperhatikan dan jujukan rujukan -- agar pengukuran IPD menjadi
termasuk dalam analisis, urutan bacaan PacBio mesti sepadan dengan urutan rujukan untuk k
di sekeliling pangkalan serumpun. Dalam modul semasa k = 1 Taburan IPD di beberapa lokus menjadi
dianggap sebagai campuran antara proses penggabungan 'biasa' IPD, yang sensitif
kepada konteks jujukan tempatan dan pengubahsuaian DNA dan proses 'jeda' yang mencemarkan
IPD yang mempunyai tempoh yang lebih lama (min >10x lebih lama daripada biasa), tetapi jarang berlaku
(~1% daripada IPD). Nota: Pemahaman semasa kami ialah jeda tidak membawa manfaat
maklumat tentang keadaan metilasi DNA, walau bagaimanapun analisis yang lebih teliti mungkin
dijamin. Juga ambil perhatian bahawa pengubahsuaian yang secara drastik meningkatkan Kira-kira 1% daripada
IPD yang diperhatikan dijana oleh peristiwa jeda. Capping memerhati IPD di peringkat ke-99 global
persentil didorong oleh teori daripada ujian hipotesis yang teguh. Beberapa konteks urutan
mungkin mempunyai IPD yang lebih panjang secara semula jadi, untuk mengelakkan menghadkan terlalu banyak data pada konteks tersebut, had
ambang dilaraskan mengikut konteks seperti berikut: capThreshold = maks(global99,
5*modelRamalan, persentil(Pemerhatian ipd, 75))

Statistik Ujian
Kami menguji hipotesis bahawa IPD yang diperhatikan di lokus tertentu dalam sampel mempunyai a
bermakna lebih lama daripada IPD yang diperhatikan di lokus yang sama dalam DNA yang tidak diubah suai. Jika kita telah menjana
dataset Whole Genome Amplified, yang mengalih keluar pengubahsuaian DNA, kami menggunakan kawalan kes,
ujian-t dua sampel. Alat ini juga menyediakan model 'kawalan sintetik' pra-ditentukur
yang meramalkan IPD yang tidak diubah suai, memandangkan konteks jujukan asas 12. Dalam sintetik
kes kawalan kami menggunakan ujian-t satu sampel, dengan pelarasan untuk mengambil kira ralat dalam
model kawalan sintetik.

INPUT

aligned_reads.cmp.h5
Fail cmp.h5 standard mengandungi penjajaran dan maklumat IPD membekalkan data kinetik
digunakan untuk melakukan pengesanan pengubahsuaian. Fail cmp.h5 standard kerja SMRTportal ialah
data/aligned_read.cmp.h5.

Rujukan Urutan
Alat ini memerlukan urutan rujukan yang digunakan untuk melakukan penjajaran. Pada masa ini ini mesti
dibekalkan melalui laluan ke entri repositori rujukan SMRTportal.

OUTPUT

Alat pengesanan pengubahsuaian memberikan hasil dalam pelbagai format yang sesuai untuknya
analisis statistik yang mendalam, rujukan cepat dan penggunaan oleh alat visualisasi
seperti PacBio SMRTView. Keputusan biasanya diindeks mengikut kedudukan rujukan dan
untaian rujukan. Dalam semua kes, nilai helai merujuk kepada helai yang membawa
pengubahsuaian dalam sampel DNA. Ingat bahawa kesan kinetik pengubahsuaian adalah
diperhatikan dalam urutan baca yang menjajarkan ke helai bertentangan. Jadi membaca menjajarkan kepada
untaian positif membawa maklumat tentang pengubahsuaian pada untaian negatif dan maksiat
sebaliknya, tetapi dalam kit alat ini kami sentiasa melaporkan helai yang mengandungi putatif
pengubahsuaian.

pengubahsuaian.csv
Fail modifications.csv mengandungi satu baris untuk setiap pasangan (kedudukan rujukan, helai).
yang muncul dalam set data dengan liputan sekurang-kurangnya x. x lalai kepada 3, tetapi ialah
boleh dikonfigurasikan dengan bendera '--minCoverage' kepada ipdSummary.py. Indeks kedudukan rujukan ialah
berasaskan 1 untuk keserasian dengan fail gff persekitaran R.

Output lajur
dalam siliko kawalan mod

┌────────────────┬──────────────────────────────── ──┐
│Lajur │ Penerangan │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│refId │ ID jujukan rujukan ini │
│ │ pemerhatian │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│tpl │ Kedudukan templat berasaskan 1 │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│helai │ untaian sampel asli di mana │
│ │ kinetik telah dihasilkan. '0' ialah │
│ │ helai yang asal │
│ │ FASTA, '1' ialah helai bertentangan │
│ │ daripada FASTA │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│pangkal │ pangkal serumpun pada │ ini
│ │ kedudukan dalam rujukan │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│skor │ Nilai p ubah Phred yang a │
│ │ sisihan kinetik wujud pada │ ini
│ │ kedudukan │
└────────────────┴──────────────────────────────── ──┘

│tMin │ dihadkan min bagi IPD ternormal │
│ │ diperhatikan pada kedudukan ini │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│tErr │ dihadkan ralat piawai │
│ │ IPD ternormal yang diperhatikan pada ini │
│ │ kedudukan (sisihan piawai / │
│ │ sqrt(liputan) │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│modelRamalan │ purata IPD dinormalkan yang diramalkan oleh │
│ │ model kawalan sintetik untuk │
│ │ konteks jujukan ini │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│Nisbah ipd │ tMin / modelRamalan │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│liputan │ kiraan IPD yang sah pada masa ini │
│ │ kedudukan (lihat bahagian Penapisan │
│ │ untuk butiran) │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│frac │ anggaran pecahan │
│ │ molekul yang membawa │
│ │ pengubahsuaian │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│fracLow │ 2.5% keyakinan terikat frac │
│ │ anggaran │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│fracUpp │ 97.5% terikat keyakinan frac │
│ │ anggaran │
└────────────────┴──────────────────────────────── ──┘

kawalan kes mod

┌────────────────┬──────────────────────────────── ──┐
│Lajur │ Penerangan │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│refId │ ID jujukan rujukan ini │
│ │ pemerhatian │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│tpl │ Kedudukan templat berasaskan 1 │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│helai │ untaian sampel asli di mana │
│ │ kinetik telah dihasilkan. '0' ialah │
│ │ helai yang asal │
│ │ FASTA, '1' ialah helai bertentangan │
│ │ daripada FASTA │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│pangkal │ pangkal serumpun pada │ ini
│ │ kedudukan dalam rujukan │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│skor │ Nilai p ubah Phred yang a │
│ │ sisihan kinetik wujud pada │ ini
│ │ kedudukan │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│Min kes │ min bagi IPD kes ternormal │
│ │ diperhatikan pada kedudukan ini │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│Min Kawalan │ min bagi IPD kawalan ternormal │
│ │ diperhatikan pada kedudukan ini │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│caseStd │ sisihan piawai bagi IPD kes │
│ │ diperhatikan pada kedudukan ini │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│controlStd │ sisihan piawai kawalan │
│ │ IPD diperhatikan pada kedudukan ini │
└────────────────┴──────────────────────────────── ──┘

│Nisbah ipd │ tMin / modelRamalan │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│testStatistic │ t-test statistic │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│liputan │ min kes dan kawalan │
│ │ perlindungan │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│Liputan kawalan │ kiraan IPD kawalan yang sah pada │
│ │ kedudukan ini (lihat Penapisan │
│ │ bahagian untuk butiran) │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│Liputan kes │ kiraan IPD kes yang sah pada masa ini │
│ │ kedudukan (lihat bahagian Penapisan │
│ │ untuk butiran) │
└────────────────┴──────────────────────────────── ──┘

pengubahsuaian.gff
Modifications.gff mematuhi spesifikasi GFF Versi 3 (‐
http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml). Setiap kedudukan templat / pasangan untaian yang
p-value melebihi ambang pvalue muncul sebagai satu baris. Kedudukan templat adalah berasaskan 1,
mengikut spesifikasi GFF. Lajur helai merujuk kepada helai yang membawa yang dikesan
pengubahsuaian, yang merupakan untaian bertentangan daripada yang digunakan untuk mengesan pengubahsuaian. The
Lajur keyakinan GFF ialah nilai pengesanan Phred-transformed.

Nota on genom pelayar keserasian

Fail modifications.gff tidak akan berfungsi secara langsung dengan kebanyakan penyemak imbas genom. Anda akan
berkemungkinan perlu membuat salinan fail GFF dan menukar lajur _seqid_ daripada fail
nama 'ref0000x' generik yang dijana oleh PacBio, kepada pengepala FASTA yang terdapat dalam asal
rujuk fail FASTA. Jadual pemetaan ditulis dalam pengepala pengubahsuaian.gff
memfailkan di #sequence-header tag. Isu ini akan diselesaikan dalam keluaran 1.4
kinetikAlat.

Lajur data tambahan bagi fail GFF mengandungi statistik lain yang mungkin berguna
analisis atau penapisan hiliran. Khususnya tahap liputan bacaan yang digunakan untuk
buat panggilan dan konteks jujukan +/- 20bp mengelilingi tapak.

-
│Lajur │ Penerangan │
├───────────┼─────────────────┼─────────────────┼․․
│seqid │ Fasta contig name │
├───────────┼─────────────────┼─────────────────┼․․
│sumber │ Nama alat -- 'kinModCall' │
├───────────┼─────────────────┼─────────────────┼․․
│jenis │ Jenis pengubahsuaian -- dalam │
│ │ mod pengenalan ini akan menjadi │
│ │ m6A, m4C, atau m5C untuk dikenal pasti │
│ │ asas, atau tag generik │
│ │ 'modified_base' jika kinetik │
│ │ peristiwa dikesan yang tidak │
│ │ sepadan dengan pengubahsuaian yang diketahui │
│ │ tandatangan │
├───────────┼─────────────────┼─────────────────┼․․
│mula │ Kedudukan pengubahsuaian pada contig │
├───────────┼─────────────────┼─────────────────┼․․
│akhir │ Kedudukan pengubahsuaian pada contig │
├───────────┼─────────────────┼─────────────────┼․․
│skor │ Phred mengubah p-nilai │
│ │ pengesanan - ini adalah │
│ │ nilai p pengesanan tapak tunggal │
├───────────┼─────────────────┼─────────────────┼․․
│helai │ Contoh helai yang mengandungi │
│ │ pengubahsuaian │
└───────────┴─────────────────┴─────────────────┴────╔

│fasa │ Tidak berkenaan │
├───────────┼─────────────────┼─────────────────┼․․
│atribut │ Medan tambahan yang berkaitan dengan asas │
│ │ mod. IPDRatio adalah tradisional │
│ │ IPDRatio, konteks ialah │
│ │ jujukan rujukan -20bp hingga │
│ │ +20bp sekitar pengubahsuaian, │
│ │ dan tahap liputan ialah nombor │
│ │ pemerhatian IPD yang digunakan selepas │
│ │ Memetakan penapisan QV dan │
│ │ penapisan ketepatan. Jika baris │
│ │ terhasil daripada │ yang dikenal pasti
│ │ pengubahsuaian kami juga menyertakan │
│ │ teg pengenalanQv dengan │
│ │ daripada pengubahsuaian │
│ │ prosedur pengenalan. │
│ │ pengenalanQv ialah │
│ │ kebarangkalian phred-transform │
│ │ pengenalan yang salah, untuk │
│ │ pangkalan yang dikenal pasti sebagai │
│ │ mempunyai │ tertentu
│ │ pengubahsuaian. frac, fracLow, │
│ │ fracUp adalah anggaran │
│ │ pecahan molekul yang membawa │
│ │ pengubahsuaian, dan 5% │
│ │ selang keyakinan │
│ │ anggaran. Termetilasi │
│ │ anggaran pecahan ialah │
│ │ ciri tahap beta, dan harus │
│ │ hanya digunakan untuk penerokaan │
│ │ tujuan. │
└───────────┴─────────────────┴─────────────────┴────╔

motif.gff
Jika alat Motif Finder dijalankan, ia akan menjana motifs.gff, yang merupakan versi yang diproses semula
of modifications.gff dengan perubahan berikut. Jika pengubahsuaian yang dikesan berlaku pada a
motif yang dikesan oleh pencari motif, pengubahsuaian dianotasi dengan data motif. An
atribut 'motif' ditambah yang mengandungi rentetan motif, dan atribut 'id' ditambah
mengandungi id motif, iaitu rentetan motif untuk motif tidak berpasangan atau
'motifString1/motifString2' untuk motif berpasangan. Jika contoh motif wujud dalam genom,
tetapi tidak dikesan dalam modifications.gff, entri ditambahkan pada motifs.gff, menunjukkan
kehadiran motif itu dan kinetik yang diperhatikan di tapak itu.

motif_summary.csv
Jika alat Pencari Motif dijalankan, motif_summary.csv dijana, meringkaskan yang diubah suai
motif yang ditemui oleh alat. CSV mengandungi satu baris setiap motif yang dikesan, dengan
lajur berikut

┌───────────────────┬───────────────────────────── ─────┐
│Lajur │ Penerangan │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│String motif │ Urutan motif yang dikesan │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│centerPos │ Kedudukan dalam motif │
│ │ pengubahsuaian (berasaskan 0) │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│pecahan │ Pecahan kejadian ini │
│ │ motif dengan pengubahsuaian QV di atas │
│ │ ambang QV │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│nDikesan │ Bilangan kejadian ini │
│ │ motif dengan ambang di atas │
└───────────────────┴───────────────────────────── ─────┘

│nGenom │ Bilangan kejadian ini │
│ │ motif dalam urutan rujukan │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│groupTag │ Rentetan yang mengenal pasti motif │
│ │ kumpulan. Untuk motif berpasangan ini │
│ │ ialah │
│ │" / ", │
│ │ Untuk motif tidak berpasangan ini sama dengan │
│ │ motifString │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│rentetanMotif pasangan │ motifRentetan motif berpasangan │
│ │ (motif dengan │
│ │ pelengkap songsang │
│ │ motifString) │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│meanScore │ Min Pengubahsuaian Qv yang dikesan │
│ │ kejadian │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│minNisbah Ipd │ Purata nisbah IPD yang dikesan │
│ │ kejadian │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│meanLiputan │ Purata liputan yang dikesan │
│ │ kejadian │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│objektifSkor │ Skor objektif motif ini dalam │
│ │ algoritma pencari motif │
└───────────────────┴───────────────────────────── ─────┘

Gunakan ipdSummary dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net