Ini ialah arahan kmer-mask yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
kmer-mask - topeng dan set penapis jujukan nukleotida mengikut kandungan kmer
SINOPSIS
kmer-topeng {-novel|-disahkan} [-mdb mer-pangkalan data] [-Cik saiz mer] [-edb pangkalan data wujud] [-m
saiz min] [-e saiz lanjutan] [-ambang rendah l] [-ambang tinggi h] [-t benang] [-v] [-h
histogram] [-naikkan pangkat|-turun pangkat|-buang] -1 dalam.1.fastq [-2 dalam.2.fastq] -o awalan keluaran
DESCRIPTION
Topeng dan set penapis jujukan (dianggap dibaca) mengikut kandungan kmer. Masking boleh
dilakukan untuk mengekalkan urutan novel yang tiada dalam pangkalan data, atau untuk mengekalkan urutan yang disahkan hadir
dalam pangkalan data. Penapisan akan mengasingkan jujukan sepenuhnya, sebahagian atau tidak bertopeng.
PILIHAN
-mdb mer-pangkalan data
load masking kmers from meryl(1) mer-pangkalan data
-Cik saiz mer
-edb pangkalan data wujud
simpan masking kmers ke an existDB(1) fail pangkalan data wujud untuk dimulakan semula dengan lebih pantas
-1 dalam.1.fastq
-2 dalam.2.fastq
input membaca fail dalam format fastq, fastq.gz, fastq.bz2 atau fastq.xz. Yang kedua ialah
pilihan, tetapi merosakkan klasifikasi output jika tidak ada.
-o keluar
awalan untuk bacaan output
keluar.bertopeng sepenuhnya.[12].cepatq
dibaca dengan pangkalan 'ambang rendah' di bawah dikekalkan
keluar.separa bertopeng.[12].cepatq
membaca di antara
keluar.dikekalkan.[12].cepatq
dibaca dengan lebih daripada asas 'hightreshold' dikekalkan
keluar.dibuang.[12].cepatq
membaca dengan status bercanggah
-m saiz min
abaikan hits pangkalan data di bawah banyak kmer berturut-turut ini (0)
-e saiz lanjutan
meluaskan hits pangkalan data merentasi banyak kmer yang hilang ini (0)
-novel KEKALKAN urutan novel yang tidak terdapat dalam pangkalan data
-disahkan
KEKALKAN urutan yang disahkan hadir dalam pangkalan data
-naikkan pangkat
promosikan bacaan yang kurang DIKEKALKAN kepada status bacaan yang lebih DIKEKALKAN
read1=fully masked dan read2=partiallymasked -> kedua-duanya bertopeng separa
-turun pangkat
turun taraf bacaan yang lebih DIKEKALKAN kepada status bacaan yang DIKETAHANKAN yang kurang
read1=fully masked dan read2=partiallymasked -> kedua-duanya bertopeng sepenuhnya
-buang
buang pasangan dengan status bercanggah (LAILAI) baca1=bertopeng sepenuhnya dan
read2=partiallymasked -> kedua-duanya dibuang
stats on stderr, nombor of urutan bersama jumlah DIKEKALKAN:
-ambang rendah t
(0.3333)
-ambang tinggi t
(0.6667)
-h histogram
tulis histogram bagi jumlah jujukan TERKINI
-t t penggunaan t mengira benang
-v menunjukkan kemajuan
Gunakan kmer-mask dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
