Ini ialah locuspocus arahan yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
locuspocus - kira koordinat lokus untuk anotasi gen yang diberikan
SINOPSIS
locuspocus [pilihan] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]
DESCRIPTION
Pilihan asas:
-d|--nyahpepijat
cetak mesej penyahpepijatan terperinci ke terminal (ralat standard)
-h|--bantuan
cetak mesej bantuan ini dan keluar
-v|--versi
cetak nombor versi dan keluar
Penghuraian iLocus:
-l|--delta: INT
apabila menghuraikan lokus selang, gunakan delta berikut untuk memanjangkan lokus gen dan sertakan
kawasan kawal selia yang berpotensi; lalai ialah 500
-s|--skipends
apabila menghitung lokus selang, kecualikan yang tidak dinotasikan (dan mungkin tidak lengkap)
iLoci pada kedua-dua hujung jujukan
-e|--akhirnya
laporkan hanya serpihan iLocus yang tidak lengkap di hujung jujukan tanpa nota
(pelengkap daripada --skipends)
-y|--skipiiloci
jangan laporkan iLoci intergenik
Pilihan penghalusan:
-r|--halusi
secara lalai gen dikumpulkan dalam iLocus yang sama jika mereka mempunyai sebarang pertindihan; 'memperhalusi'
mod membolehkan pengendalian gen bertindih yang lebih bernuansa
-c|--cd
gunakan CDS dan bukannya UTR untuk menentukan pertindihan gen; membayangkan mod 'memperhalusi'
-m|--minoverlap: INT
bilangan minimum nukleotida dua gen mesti bertindih untuk dikumpulkan dalam yang sama
iLocus; lalai ialah 1
Pilihan keluaran:
-n|--namefmt: STR
sediakan rentetan format gaya printf untuk mengatasi format ID lalai untuk yang baru
lokus dicipta; lalai ialah 'locus%lu' (locus1, locus2, dll) untuk lokus dan 'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2, dll) untuk lokus selang; ambil perhatian bahawa rentetan format harus mengandungi a
penentu %lu tunggal untuk diisi dengan nilai integer yang tidak ditandatangani panjang
-i|--ilens: FAIL
buat fail dengan panjang setiap iLocus intergenik
-g|--peta gen: FAIL
mencetak pemetaan daripada setiap anotasi gen ke lokus yang sepadan dengan yang diberikan
fail
-o|--outfile: FILE
nama fail yang hasilnya akan ditulis; lalai ialah terminal (standard
pengeluaran)
-T|--penahan
mengekalkan ID ciri asal daripada fail input; konflik akan timbul jika input
mengandungi nilai ID pendua
-t|--transmap: FAIL
cetak pemetaan daripada setiap anotasi transkrip ke lokus yang sepadan dengan
fail yang diberikan
-V|--verbose
sertakan semua subciri lokus (gen, RNA, dll) dalam output GFF3; lalai
hanya termasuk ciri lokus
Pilihan input:
-f|--penapis: TYPE
senarai jenis ciri yang dipisahkan koma untuk digunakan dalam membina loci/iLoci; lalai ialah
'gen'
-p|--ibu bapa: CT:PT
jika ciri jenis $CT wujud tanpa ibu bapa, buat ibu bapa untuk ciri ini
dengan jenis $PT; contohnya, mRNA:gen akan mencipta ciri gen sebagai induk untuk
sebarang ciri mRNA peringkat atas; pilihan ini boleh ditentukan beberapa kali
-u|--pseudo
membetulkan pseudogen yang dilabel secara salah
Gunakan locuspocus dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
