EnglishFrenchGermanItaliPortugueseRussiaSpanyol

Favicon OnWorks

masai_mapper - Dalam talian di Awan

Jalankan masai_mapper dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks melalui Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS

Ini ialah arahan masai_mapper yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.

JADUAL:

NAMA


masai_mapper - Masai Mapper

SINOPSIS

masai_mapper [PILIHAN]

DESCRIPTION

Masai ialah pemeta bacaan yang pantas dan tepat berdasarkan anggaran biji dan berbilang
berundur.

Lihat http://www.seqan.de/projects/masai untuk maklumat lanjut.

(c) Hak Cipta 2011-2012 oleh Enrico Siragusa.

-h, - membantu

Memaparkan mesej bantuan ini.

--versi

Paparkan maklumat versi

Pilihan Pemetaan:

-mm, --mod-pemetaan STR

Pilih mod pemetaan. Salah satu daripada semua, terbaik, dan mana-mana yang terbaik. Lalai: mana-mana-terbaik.

-mb, --blok pemetaan NUM

Bilangan maksimum bacaan untuk dipetakan sekali gus. Dalam julat [10000..inf]. Lalai:
2147483647.

-e, --kesilapan NUM

Bilangan maksimum ralat setiap bacaan. Dalam julat [0..32]. Lalai: 5.

-sl, --panjang biji NUM

Panjang benih minimum. Dalam julat [10..100]. Lalai: 33.

-ng, --tiada-jurang

Jangan selaraskan bacaan dengan jurang.

Pilihan Indeks Genom:

-x, --indeks STR

Pilih jenis indeks genom. Salah satu daripada esa, sa, qgram dan fm. Lalai: sa.

-xp, --indeks-awalan STR

Tentukan nama awalan indeks genom. Lalai: gunakan awalan nama fail genom.

Pilihan Output:

-o, --fail keluaran FAIL

Tentukan fail output. Lalai: gunakan awalan nama fail membaca. Jenis fail yang sah
ialah: mentah dan sam.

-nc, --tiada-cerutu

Jangan keluarkan rentetan CIGAR. Ini hanya menjejaskan output SAM.

Pilihan Nyahpepijat:

-nv, --tidak-sahkan

Jangan sahkan pukulan benih.

-nd, --tiada-buang

Jangan buang hasil.

-nm, --tiada-berbilang

Lumpuhkan berbilang penjejakan belakang.

VERSION

versi masai_mapper: 0.7.1 [14053] Kemas kini terakhir 2013-05-16

Gunakan masai_mapper dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net


Ad


Ad

Program dalam talian Linux & Windows terkini