Ini ialah arahan padanan yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
matcher - Penjajaran tempatan Waterman-Eggert bagi dua jujukan
SINOPSIS
jodoh -urutan turutan -berturutan turutan [-fail data matriks] [-alternatif integer]
[-gapopen integer] [-gapextend integer] -fail luar menjajarkan
jodoh -membantu
DESCRIPTION
jodoh ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Penjajaran: Tempatan".
PILIHAN
Input seksyen
-urutan turutan
-berturutan turutan
-fail data matriks
Ini ialah fail matriks pemarkahan yang digunakan semasa membandingkan jujukan. Secara lalai ia adalah
fail 'EBLOSUM62' (untuk protein) atau fail 'EDNAFULL' (untuk jujukan nukleik). Ini
fail ditemui dalam direktori 'data' pemasangan EMBOSS.
Tambahan seksyen
-alternatif integer
Ini menetapkan bilangan output padanan alternatif. Secara lalai hanya yang tertinggi
penjajaran pemarkahan ditunjukkan. Nilai 2 memberi anda penjajaran munasabah lain. Dalam
beberapa kes, contohnya protein multidomain cDNA dan perbandingan DNA genomik,
mungkin terdapat penjajaran lain yang menarik dan ketara. Nilai lalai: 1
-gapopen integer
Penalti jurang ialah markah yang diambil apabila jurang dicipta. Nilai terbaik bergantung
pada pilihan matriks perbandingan. Nilai lalai 14 menganggap anda menggunakan
Matriks EBLOSUM62 untuk jujukan protein, atau nilai 16 dan matriks EDNAFULL untuk
urutan nukleotida. Nilai lalai: @($(acdprotein)? 14 : 16)
-gapextend integer
Penalti panjang jurang, atau lanjutan jurang, ditambahkan pada penalti jurang standard untuk
setiap asas atau sisa dalam jurang. Ini adalah berapa lama jurang dihukum. Biasanya anda akan
jangkakan beberapa jurang yang panjang dan bukannya banyak jurang yang pendek, jadi penalti lanjutan jurang
sepatutnya lebih rendah daripada penalti jurang. Pengecualian ialah di mana satu atau kedua-dua jujukan berada
bacaan tunggal dengan kemungkinan ralat penjujukan dalam hal ini anda menjangkakan banyak
jurang asas tunggal. Anda boleh mendapatkan hasil ini dengan menetapkan penalti jurang kepada sifar (atau sangat
rendah) dan menggunakan penalti lanjutan jurang untuk mengawal pemarkahan jurang. Nilai asal:
@($(acdprotein)? 4 : 4)
Output seksyen
-fail luar menjajarkan
Gunakan matchere dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
