mauveAligner - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

mauveAligner - membina berbilang penjajaran genom dengan cekap

SINOPSIS

mauveAaligner [pilihan] ...
nama fail>

DESCRIPTION

Algoritma penjajaran mauveAligner dan progressiveMauve telah dilaksanakan sebagai
program baris arahan disertakan dengan perisian Mauve yang boleh dimuat turun. Apabila lari dari
baris arahan, program ini menyediakan pilihan yang belum tersedia dalam antara muka grafik.

PILIHAN

--output=Nama fail keluaran.
Mencetak ke skrin secara lalai

--mak-mak Cari MUM sahaja, jangan cuba menentukan blok kolinear setempat (LCB)

--tiada-rekursi Jangan lakukan pengenalan sauh rekursif (menyiratkan
--penjajaran tanpa celah)

--tiada-lcb-sambungan Jika menentukan LCB, jangan cuba melanjutkan LCB

--saiz-biji=Saiz padanan benih awal, lalai ialah log_2( purata seq. panjang )

--lelaran-sambungan maks=Hadkan sambungan LCB kepada bilangan percubaan ini,
lalai ialah 4

--menghapuskan-kemasukan Hapuskan kemasukan terpaut dalam padanan subset.

--berat=Berat LCB minimum dalam pasangan asas setiap jujukan

--match-input=Gunakan fail padanan yang ditentukan dan bukannya mencari padanan

--lcb-match-input Menunjukkan bahawa fail input padanan mengandungi padanan yang telah
dikelompokkan ke dalam LCB

--lcb-input=Gunakan fail lcb yang ditentukan dan bukannya membina LCB (melangkau LCB
Generasi)

--laluan-calar=Untuk genom besar, gunakan direktori untuk penyimpanan data sementara.
Perlu diberi dua kali atau lebih dengan laluan yang berbeza.

--id-matriks=Hasilkan statistik LCB dan tuliskannya ke fail yang ditentukan

--saiz pulau=Cari pulau yang lebih besar daripada nombor yang diberikan

--pulau-output=Output pulau fail yang diberikan (memerlukan --saiz pulau)

--saiz-tulang belakang=Cari regangan tulang belakang lebih panjang daripada bilangan bp yang diberikan

--jurang-tulang belakang maks=Benarkan tulang belakang terganggu oleh celah sehingga panjang ini
bp

--tulang belakang-output=Output pulau fail yang diberikan (memerlukan --saiz pulau)

--liputan-output=Keluarkan senarai liputan ke fail yang ditentukan (- untuk stdout)

--berulang Menghasilkan peta ulangan. Hanya satu urutan boleh ditentukan

--output-guide-tree=Tulis pokok panduan ke fail yang ditetapkan

--kolinear Andaikan bahawa jujukan input adalah kolinear--ia tidak mempunyai penyusunan semula

Ternganga penjajaran kawalan:
--penjajaran tanpa celah Jangan lakukan penjajaran celah

--max-gapped-aligner-length=Bilangan maksimum pasangan asas untuk cuba diselaraskan
penjajar bergap

--min-rekursif-jurang-panjang=Saiz minimum jurang yang akan dilakukan oleh Mauve secara rekursif
MUM berlabuh pada (Lalai ialah 200)

Ditandatangani permutasi matriks pilihan yang berikut:
--permutation-matrix-output=Tuliskan LCB sebagai matriks pilih atur yang ditandatangani kepada
fail yang diberikan

--permutasi-matriks-min-berat=Matriks pilih atur akan ditulis untuk setiap
set LCB dengan berat antara nilai ini dan nilai --berat

Penjajaran output pilihan yang berikut:
--alignment-output-dir=Mengeluarkan set fail penjajaran (satu setiap LCB) kepada a
direktori yang diberikan

--alignment-output-format=Memilih format output untuk --alignment-output-dir

--output-alignment=Tulis penjajaran format XMFA ke fail yang ditetapkan

Format output penjajaran yang disokong ialah: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Gunakan mauveAligner dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net