Ini ialah arahan mauveToXMFA yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
addUnalignedIntervals - sebahagian daripada pakej mauveAligner
alignmentProjector - sebahagian daripada pakej mauveAligner
backbone_global_to_local - sebahagian daripada pakej mauveAligner
bbAnalyze - sebahagian daripada pakej mauveAligner
createBackboneMFA - sebahagian daripada pakej mauveAligner
getAlignmentWindows - sebahagian daripada pakej mauveAligner
getOrthologList - sebahagian daripada pakej mauveAligner
makeBadgerMatrix - sebahagian daripada pakej mauveAligner
mauveToXMFA - sebahagian daripada pakej mauveAligner
mfa2xmfa - sebahagian daripada pakej mauveAligner
projectAndStrip - sebahagian daripada pakej mauveAligner
randomGeneSample - sebahagian daripada pakej mauveAligner
scoreAlignment - sebahagian daripada pakej mauveAligner
stripGapColumns - sebahagian daripada pakej mauveAligner
stripSubsetLCBs - sebahagian daripada pakej mauveAligner
toGrimmFormat - sebahagian daripada pakej mauveAligner
toMultiFastA - sebahagian daripada pakej mauveAligner
toRawSequence - sebahagian daripada pakej mauveAligner
uniqueMerCount - sebahagian daripada pakej mauveAligner
uniquifyTrees - sebahagian daripada pakej mauveAligner
xmfa2maf - sebahagian daripada pakej mauveAligner
DESCRIPTION
Alat ini tergolong dalam pakej mauveAligner. Mereka tidak didokumenkan secara eksplisit tetapi
sedang mencetak baris sinopsis yang diulang di sini.
addUnalignedIntervals <input selang fail> <keluaran selang fail>
alignmentProjector <input xmfa> <keluaran xmfa> <mfa seq input> <mfa seq keluaran> <senarai of
seqs kepada merangkumi, bermula at 0>
tulang belakang_global_to_local <xmfa fail> <tulang belakang fail> <keluaran fail>
bbAnalisis <xmfa fail> <panduan pokok> <tulang belakang seqpos fail> <tulang belakang kol fail> <beranotasi
seq indeks> <keluaran fail>
indeks seq beranotasi bermula pada 0.
createBackboneMFA <input selang fail> <keluaran MFA nama>
getAlignmentWindows <XMFA penjajaran> <tingkap panjang> <tingkap peralihan jumlah> <asas output
nama fail>
getOrthologList getOrthologList <input xmfa> <tulang belakang seq fail> <rujukan genom> <CDS
ortolog nama fail> <CDS penjajaran asas nama>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix <input xmfa> <keluaran badger fail> <LCB menyelaraskan fail>
mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve Penjajaran input> <XMFA keluaran>
mfa2xmfa <MFA penjajaran input> <XMFA penjajaran keluaran> [Tidak sejajar CepatA pengeluaran]
projekDanStrip <input xmfa> <keluaran xmfa> ...
Pengecam jujukan berangka bermula pada 0.
randomGeneSample <input xmfa> <tulang belakang seq fail> <sampel genom> <nombor of gen>
<keluaran asas nama> [rawak benih]
penjajaran skor <betul penjajaran> <dikira penjajaran> [berkembang turutan fail] [slagan]
stripGapColumns <input XMFA> <keluaran XMFA>
jalurSubsetLCBs <input xmfa> <input bbcols> <keluaran xmfa> [min AML kepada anda] [min genom]
[secara rawak subsampel kepada X kb]
kepadaGrimmFormat <Mauve Penjajaran> <genom 1 b.c panjang>... N b.c panjang>
kepadaMultiFastA <input selang fail> <keluaran asas nama>
toRawSequence <input urutan> <keluaran fail>
uniqueMerCount <Diisih laut Senarai>
uniquifyTrees <nexus input fail> <nexus output fail>
Semua pokok dalam fail input mesti mempunyai bilangan taksa dan takson yang sama
label
xmfa2maf <xmfa input> <maf keluaran>
Gunakan mauveToXMFA dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
