Ini ialah arahan mcmc_analysis yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
mcmc_analysis - Analisis MCMC
SINOPSIS
mcmc_analisis [PILIHAN] MCMC-data ...
DESCRIPTION
Program ini membaca output MCMC, daripada satu atau beberapa fail, daripada program dalam BEEP
pakej. Adalah penting bahawa lajur yang sama terdapat dalam setiap fail input.
Format input:
Output daripada lelaran MCMC pada format
di mana
ialah logaritma kebarangkalian dalam format apungan
ialah ruang putih tab yang memisahkan medan
ialah integer untuk ordinal lelaran
ialah senarai medan yang dipisahkan oleh koma bertitik yang mengandungi
parameter SKMM.
Param MCMC ditaip dan diberi nama oleh baris pertama dalam fail,
yang ada pada format
# L N [ ( )]+
Nama-nama itu sepatutnya unik, tetapi tidak semestinya. The adalah satu
of
terapung
logfloat
integer
pokok
pasangan ortologi
dan digunakan untuk membuat kesimpulan cara menghuraikan dan menganalisis baris yang lain.
Format output:
Laporan mengenai larian MCMC, dengan anggaran posterior parameter.
PILIHAN
-b [FLOAT|INT]
Peratusan (0 <= x <1), atau bilangan (x ialah integer >= 1) input yang akan
dibuang sebagai burnin. Lalai: 0.1.
-p TALI
Plot parameter bernama . Output ialah dua lajur, nombor lelaran dan
nilai parameter dalam lelaran.
-i TALI
Abaikan parameter yang dinamakan. Lihat baris pengepala dalam output MCMC untuk nama lajur. awak
boleh menamakan beberapa lajur sekali gus menggunakan format dipisahkan koma, (cth -i
Panjang, Nama). Tiada ruang dibenarkan antara nama lajur.
-t Output LaTex untuk analisis.
-l Kira dan laporkan bilangan sampel dalam fail input.
-mp NT Bilangan mata maksimum untuk diplot.
-sp Tunjukkan titik dalam plot dengan jelas.
-coda Fail keluaran untuk pakej CODA dalam R
-codatrees
Sama seperti -coda, tetapi termasuk parameter pokok. Setiap pokok dikeluarkan sebagai ID integer
(urutan lawatan dalam rantai, 1,2,...). Pastikan anda menggunakan -i untuk menyembunyikan sebarang pokok
yang mengandungi panjang/masa/kadar.
-P Rantai selari. Ini menunjukkan bahawa beberapa fail sampel (selari) disenaraikan.
URL
Halaman utama prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
Gunakan mcmc_analysis dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
