metastudent - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

metastudent - peramal istilah ontologi gen daripada jujukan protein

SINOPSIS

metapelajar -i FASTA_FILE -o RESULT_FILE_PREFIX [--debug] [--keep-temp] [--senyap]
[--output-letupan] [--letupan-sahaja] [--semua-ramalan] [--ontologi=OFM or BPO or CCO or
MFO, BPO or ...] [--dengan-imej] [--blast-kickstart-databases=BLAST_RESULT_FILE(S)]
[--temp-dir=DIR] [--config=Config_file]!!! Pastikan fail fasta anda mengandungi paling banyak 500
urutan!!!

DESCRIPTION

Metastudent meramalkan istilah Gene Ontology (GO) daripada Molecular Function Ontology (MFO),
Ontologi Proses Biologi (BPO) dan Ontologi Komponen Selular (CCO) untuk protein input
jujukan mengikut inferens berasaskan homologi daripada protein yang telah diberi anotasi.

Fail data yang besar (jumlah 1 GB) yang diperlukan untuk pengendalian metapelajar dimuat turun
secara automatik pada penggunaan pertama program. Muat turun boleh dimulakan semula. Anda juga boleh
membuat panggilan yang jelas kepada
metastudentdata (secara lalai /usr/bin/metastudentdata) untuk memuat turun fail data.
Sekiranya direktori data (secara lalai /usr/share/metastudent-data) tidak boleh ditulis dan
anda bukan root, operasinya
cuba semula dengan sudo(8).

Output format
Untuk setiap ontologi yang dipilih (lihat --ontologi), satu fail output dihasilkan (lihat -o). Masing-masing
baris dalam setiap fail mengaitkan protein dengan istilah GO dan kebolehpercayaan untuk
persatuan (0.0 hingga 1.0). Format berikut digunakan:
ID>

RUJUKAN

Hamp, T., Kassner, R., Seemayer, S., Vicedo, E., Schaefer, C., Achten, D., ... & Rost, B.
(2013). Inferens berasaskan homologi menetapkan bar yang tinggi untuk ramalan fungsi protein. BMC
Bioinformatik, 14(Bekalan 3), S7.

PILIHAN

-i FASTA_FILE
Fail fasta input. Sila cuba alih keluar sebarang pemformatan khas (cth ruang putih)
dalam urutan sebelum menggunakannya sebagai input. Oleh kerana penggunaan memori yang tinggi, pastikan anda
fail fasta mengandungi paling banyak 500 jujukan.

-o RESULT_FILE_PREFIX
Awalan nama fail bagi fail output. Istilah GO disusun dalam ontologi.
Metatstudent melayan setiap ontologi secara berbeza dan mengeluarkan satu fail hasil untuk setiap satu.
Sebagai contoh, jika =./myresult dan MFO (Molecular Function Ontology) dan BPO
(Ontologi Proses Biologi) ontologi dipilih (lihat pilihan --ontologi), kemudian
metastudent mencipta dua fail output: ./myresult.MFO.txt and ./myresult.BPO.txt.

--nyahpepijat
Cetak mesej penyahpepijatan tambahan.

--kekalkan-temp
Sama ada untuk menyimpan direktori temp selepas metapelajar selesai (ia boleh
berguna apabila ralat berlaku atau digabungkan dengan --blast-kickstart-databases).

--senyap
Tiada mesej kemajuan (stdout), hanya ralat (stderr).

--output-letupan
Sama ada hendak mengeluarkan hasil larian BLAST. Berguna dalam kombinasi dengan
--blast-kickstart-databases. Format nama fail output ialah
RESULT_FILE_PREFIX. .letupan.

--letupan-sahaja
Sama ada hanya mengeluarkan hasil larian BLAST, dan tidak ada yang lain. Lihat pilihan
--output-letupan and --blast-kickstart-databases.

--semua-ramalan
Sama ada untuk mengeluarkan keputusan ramalan peramal individu. Nama fail
format fail output ialah . . .txt.

--tiada-nama
Sama ada untuk mengecualikan nama istilah GO sebenar sebagai lajur dalam ramalan output
fail.

--dengan-imej
Sama ada mahu juga menjana imej yang memaparkan istilah GO yang diramalkan sebagai graf GO.
Pilihan ini hanya boleh digunakan dengan tepat satu urutan input dan hanya apabila disambungkan
ke internet.

--ontologi=OFM or BPO or CCO or MFO, BPO or ...
Senarai ontologi yang dipisahkan koma untuk membuat ramalan. Lalai ialah
MFO,BPO,CCO. Jika digunakan dalam kombinasi dengan --blast-kickstart-databases, nombor dan
susunan ontologi mesti sepadan dengan fail permulaan.

--blast-kickstart-databases=
Memandangkan menjalankan BLAST biasanya merupakan bahagian yang mengambil masa paling lama dalam metapelajar, ini
pilihan membolehkan anda menggunakan semula output larian sebelumnya. Ini berguna untuk menguji, untuk
contoh, parameter yang berbeza atau apabila anda telah kehilangan ramalan. Jumlah
fail kickstart mesti sepadan dengan bilangan ontologi (lihat pilihan --ontologi).
Pisahkan laluan fail dengan koma. Sebagai contoh:
--blast-kickstart-databases= , (permulaan untuk kedua-duanya
ontologi) atau --blast-kickstart-databases=, (hanya mulakan BPO;
perhatikan koma).

--temp-dir=DIR
Direktori temp induk untuk digunakan dan bukannya yang ditentukan dengan tmpDir dalam
fail konfigurasi metapelajar.

--config=FAIL
Laluan ke fail konfigurasi metapelajar tersuai; mengatasi semua tetapan
fail konfigurasi ditemui dalam bahagian FILES halaman manusia ini.

Gunakan metastudent dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net